50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1778 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_1778  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 88 aa  174  3e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.815074 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1317  XRE family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 106 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000865545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1266  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 112 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000461097  normal  0.0226828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1716  Cro/CI family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 112 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000130124  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 145 aa  45.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1308  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 112 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019995  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4003  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 112 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000134059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1596  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50 
 
 		 112 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000735944  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  36.84 
 
 		 484 aa  45.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 176 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 256 aa  44.3  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35190  DNA-binding protein  48.94 
 
 		 65 aa  44.3  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 76 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 505 aa  43.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  42.31 
 
 		 143 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 161 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 207 aa  42.4  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 130 aa  42.7  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  39.62 
 
 		 196 aa  42.7  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  35.59 
 
 		 474 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 300 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 161 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 161 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 229 aa  42.4  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  38.71 
 
 		 124 aa  42  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1529  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 139 aa  42  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.17746 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 212 aa  42  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1519  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 109 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0937641 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 182 aa  42  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5593  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 118 aa  42  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 177 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  35.71 
 
 		 461 aa  41.2  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 187 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1673  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 113 aa  41.6  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000189543  normal  0.0572625 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2293  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 184 aa  41.6  0.004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.351634 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  36.23 
 
 		 140 aa  41.6  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  35.71 
 
 		 461 aa  41.2  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 461 aa  41.2  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 255 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 477 aa  41.2  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 177 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 134 aa  40.8  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 187 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 		 163 aa  40.8  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 503 aa  40.4  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 124 aa  40  0.009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 78 aa  40.4  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 137 aa  40.4  0.009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  42.59 
 
 		 282 aa  40.4  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 187 aa  40.4  0.009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>