42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1673 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1673  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 113 aa  219  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000189543  normal  0.0572625 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1596  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  68.14 
 
 		 112 aa  152  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000735944  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3888  hypothetical protein  63.72 
 
 		 113 aa  142  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000176936  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1308  XRE family transcriptional regulator  61.06 
 
 		 112 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019995  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1317  XRE family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 106 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000865545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1266  XRE family transcriptional regulator  60.17 
 
 		 112 aa  127  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000461097  normal  0.0226828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1716  Cro/CI family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 112 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000130124  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4003  XRE family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 112 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000134059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21850  putative transcriptional regulator  53.12 
 
 		 103 aa  93.6  9e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000342125  hitchhiker  0.00251437 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1864  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 103 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0233232  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35190  DNA-binding protein  56.9 
 
 		 65 aa  66.2  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 		 130 aa  52.8  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  33.05 
 
 		 124 aa  48.1  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 503 aa  47  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  31.36 
 
 		 124 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 263 aa  45.4  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 165 aa  45.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 115 aa  44.3  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 490 aa  43.9  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  37.31 
 
 		 489 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1647  DNA-binding protein  26.73 
 
 		 115 aa  42.7  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.68181  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0019  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0401744  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 195 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  54.29 
 
 		 474 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  30.69 
 
 		 124 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 478 aa  42  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0405  transcriptional regulator, XRE family  30.36 
 
 		 123 aa  41.6  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267838  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  30.15 
 
 		 138 aa  41.2  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3781  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 		 279 aa  41.2  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1778  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 88 aa  41.2  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.815074 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 207 aa  40.8  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1221  XRE family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 477 aa  40.8  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3114  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 120 aa  40.8  0.007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 256 aa  40.4  0.007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17420  predicted transcriptional regulator  48.89 
 
 		 414 aa  40.8  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.697974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  33.72 
 
 		 206 aa  40.4  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0012  transcriptional regulator  39.02 
 
 		 131 aa  40.4  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388282  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 504 aa  40  0.01  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 505 aa  40  0.01  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 154 aa  40  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  37.25 
 
 		 504 aa  40  0.01  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>