42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1596 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_1596  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 		 112 aa  220  6e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000735944  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3888  hypothetical protein  85.84 
 
 		 113 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000176936  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1673  XRE family transcriptional regulator  67.26 
 
 		 113 aa  139  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000189543  normal  0.0572625 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1266  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 112 aa  130  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000461097  normal  0.0226828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1308  XRE family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 112 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019995  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1716  Cro/CI family transcriptional regulator  56.48 
 
 		 112 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000130124  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4003  XRE family transcriptional regulator  56.48 
 
 		 112 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000134059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1317  XRE family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 106 aa  121  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000865545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21850  putative transcriptional regulator  54.29 
 
 		 103 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000342125  hitchhiker  0.00251437 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1864  putative transcriptional regulator  49.04 
 
 		 103 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0233232  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35190  DNA-binding protein  54.84 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  33.04 
 
 		 130 aa  51.6  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  33.9 
 
 		 124 aa  50.1  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 490 aa  48.1  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 		 503 aa  46.6  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  49.02 
 
 		 478 aa  46.6  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 490 aa  45.8  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1778  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.815074 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  45.1 
 
 		 489 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 256 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  28.68 
 
 		 138 aa  42.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 477 aa  42.4  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 165 aa  42  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1519  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 109 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0937641 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 111 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  55.88 
 
 		 474 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0826  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 446 aa  41.2  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.150864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  41.18 
 
 		 488 aa  41.2  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  38.46 
 
 		 484 aa  41.2  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 115 aa  40.8  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 488 aa  40.8  0.007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 443 aa  40.8  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  46 
 
 		 504 aa  40.4  0.007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0019  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 144 aa  40.8  0.007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0401744  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44 
 
 		 481 aa  40.4  0.008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 69 aa  40.4  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 69 aa  40.4  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 69 aa  40.4  0.008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  55.88 
 
 		 475 aa  40.4  0.009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 124 aa  40.4  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 69 aa  40.4  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 504 aa  40  0.01  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>