More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0636 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0636  putative succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  100 
 
 
648 aa  1352    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.156837 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0679  fumarate reductase flavoprotein subunit  56.31 
 
 
621 aa  702    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.918858  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0210  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  41.35 
 
 
579 aa  456  1e-127  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2952  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  41.7 
 
 
600 aa  451  1e-125  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.090106  decreased coverage  0.000187391 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04830  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.64 
 
 
595 aa  446  1.0000000000000001e-124  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1776  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  40 
 
 
584 aa  442  1e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0965  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  40.07 
 
 
583 aa  443  1e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.297334  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2323  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.67 
 
 
592 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1202  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  40.44 
 
 
599 aa  440  9.999999999999999e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000072111 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0770  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  40 
 
 
593 aa  440  9.999999999999999e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.130049 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4846  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.9 
 
 
584 aa  436  1e-121  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892416  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2514  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  39.71 
 
 
585 aa  437  1e-121  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.136164  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5588  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.36 
 
 
591 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3829  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.12 
 
 
591 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.726427  normal  0.325233 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6854  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.36 
 
 
591 aa  438  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.232059 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3313  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.12 
 
 
591 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.775913 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1129  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.83 
 
 
599 aa  438  1e-121  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4363  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.36 
 
 
591 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13349  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  40.51 
 
 
590 aa  435  1e-120  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.287952 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5838  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.69 
 
 
591 aa  434  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4358  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.67 
 
 
592 aa  433  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4491  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.67 
 
 
592 aa  433  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238917 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2150  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.95 
 
 
592 aa  432  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05360  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  40.89 
 
 
595 aa  435  1e-120  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0259373  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0662  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.69 
 
 
591 aa  432  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.536777  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1825  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.67 
 
 
592 aa  433  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.231317  normal  0.587479 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2893  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.36 
 
 
591 aa  435  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21330  succinate dehydrogenase subunit A  40.55 
 
 
591 aa  435  1e-120  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2484  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.41 
 
 
592 aa  433  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.076646 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4431  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.02 
 
 
591 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1228  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.9 
 
 
584 aa  435  1e-120  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.394279  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2149  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.67 
 
 
592 aa  433  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.44337  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2255  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  38.7 
 
 
584 aa  435  1e-120  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.794625  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3592  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.02 
 
 
591 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322313  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4646  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.69 
 
 
591 aa  434  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.303055  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3936  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.02 
 
 
591 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.373287  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0785  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  41.04 
 
 
576 aa  432  1e-120  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1245  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.9 
 
 
584 aa  435  1e-120  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.193625  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1254  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.9 
 
 
584 aa  435  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1587  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.9 
 
 
584 aa  432  1e-120  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.243588  normal  0.596865 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2470  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.52 
 
 
591 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.328563  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1309  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  39.07 
 
 
583 aa  432  1e-119  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0985993  normal  0.361254 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1994  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.85 
 
 
592 aa  431  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.398561  normal  0.821237 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1747  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.52 
 
 
591 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0791  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.52 
 
 
591 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.127831  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0679  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.97 
 
 
584 aa  432  1e-119  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00348299  normal  0.0897043 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3602  succinate dehydrogenase subunit A  39.83 
 
 
598 aa  430  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.229588 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1831  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.52 
 
 
591 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.385612  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2168  succinate dehydrogenase subunit A  39.34 
 
 
596 aa  430  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.274751 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1623  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.52 
 
 
591 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.829702  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0501  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.52 
 
 
591 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.426579  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6464  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  40.07 
 
 
583 aa  431  1e-119  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.723061  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2332  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.52 
 
 
591 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.790132  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3034  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  39.74 
 
 
597 aa  426  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3954  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.98 
 
 
610 aa  423  1e-117  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0196 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0760  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  37.98 
 
 
592 aa  423  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25820  succinate dehydrogenase subunit A  50.75 
 
 
612 aa  424  1e-117  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.722118  normal  0.667788 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2425  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  39.2 
 
 
601 aa  422  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1437  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  39.81 
 
 
577 aa  422  1e-117  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.217137  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0819  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  40.65 
 
 
609 aa  422  1e-117  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2029  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  40.61 
 
 
596 aa  422  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.21  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0312  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  40.45 
 
 
585 aa  420  1e-116  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1799  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  38.67 
 
 
601 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00602  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.9 
 
 
596 aa  421  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2285  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  38.73 
 
 
601 aa  421  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2202  succinate dehydrogenase subunit A  39.64 
 
 
602 aa  419  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443729  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2795  succinate dehydrogenase subunit A  38.73 
 
 
601 aa  421  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0609564 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1428  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  37.33 
 
 
602 aa  418  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0100  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.79 
 
 
616 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.576611  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1061  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  38.01 
 
 
592 aa  418  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.760541  normal  0.0367901 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2104  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.84 
 
 
574 aa  416  9.999999999999999e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0119641 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4352  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  37.38 
 
 
601 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.602613  normal  0.276031 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0988  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  40.45 
 
 
611 aa  413  1e-114  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0631467  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0109  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.6 
 
 
616 aa  414  1e-114  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.461726  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1015  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  50.13 
 
 
610 aa  415  1e-114  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2704  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  38.17 
 
 
602 aa  414  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.017234 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2863  succinate dehydrogenase subunit A  38.23 
 
 
594 aa  411  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2471  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  38.96 
 
 
587 aa  409  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.926493  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1310  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.94 
 
 
595 aa  412  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.194206  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1537  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.79 
 
 
596 aa  404  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1467  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  40.45 
 
 
587 aa  403  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.38125  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1569  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.42 
 
 
575 aa  403  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.272912  hitchhiker  0.000112727 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0344  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.9 
 
 
596 aa  400  9.999999999999999e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1204  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.82 
 
 
594 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.431605  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0263  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.77 
 
 
616 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2362  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  39.13 
 
 
595 aa  397  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1881  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.25 
 
 
603 aa  397  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0315  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.36 
 
 
598 aa  397  1e-109  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.62165  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0380  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.79 
 
 
596 aa  399  1e-109  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0887  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.9 
 
 
583 aa  396  1e-109  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3527  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.86 
 
 
602 aa  397  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1878  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  39.12 
 
 
591 aa  395  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.178355  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1184  succinate dehydrogenase subunit A  38.21 
 
 
584 aa  394  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0936  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  35.53 
 
 
578 aa  394  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2749  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.54 
 
 
612 aa  392  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1435  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.23 
 
 
597 aa  392  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2474  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.36 
 
 
575 aa  394  1e-108  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00000557801  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0569  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.5 
 
 
600 aa  392  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508772  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3032  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.33 
 
 
604 aa  392  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2548  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  36.94 
 
 
597 aa  389  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.393014  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>