99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0840 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0840  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  100 
 
 
171 aa  337  2.9999999999999998e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3420  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  98.25 
 
 
171 aa  333  7e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3236  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  70.11 
 
 
174 aa  244  3e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00411052  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2356  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  61.85 
 
 
173 aa  213  7e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2267  outer membrane protein, putative  61.05 
 
 
172 aa  207  6e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3018  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  52 
 
 
175 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0147625  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0761  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  50 
 
 
172 aa  167  8e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00282241  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1252  outer membrane protein  37.35 
 
 
171 aa  108  5e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000206392  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4026  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  34.48 
 
 
212 aa  85.9  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000318638  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2230  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.54 
 
 
179 aa  83.2  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3380  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.24 
 
 
171 aa  81.6  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2843  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  30.46 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1121  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  30.12 
 
 
188 aa  79  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00845526 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2686  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.9 
 
 
168 aa  76.6  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.327298  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1849  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.19 
 
 
179 aa  73.2  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000011443  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1649  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.47 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.335146  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1232  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.88 
 
 
173 aa  68.9  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1266  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.88 
 
 
175 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112797  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2576  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.24 
 
 
173 aa  68.2  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0793638 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1767  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.73 
 
 
168 aa  67.8  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.294291  normal  0.0229206 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1141  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.86 
 
 
193 aa  67  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1210  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.86 
 
 
193 aa  67  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1912  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.88 
 
 
175 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.753095  normal  0.41157 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2043  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.88 
 
 
175 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302964  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1082  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.97 
 
 
192 aa  64.7  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2030  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.67 
 
 
175 aa  64.3  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.306412  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2446  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.75 
 
 
175 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.197703  hitchhiker  0.00284352 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1445  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.61 
 
 
172 aa  62.8  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3746  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  23.67 
 
 
177 aa  62.8  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.81527  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1691  Outer membrane protein (OmpH-like)  25.75 
 
 
175 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.84956  normal  0.195364 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3413  ompH family outer membrane protein  26.74 
 
 
206 aa  61.6  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0794  putative outer membrane protein  26.71 
 
 
167 aa  61.6  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.31836 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1413  hypothetical protein  27.52 
 
 
184 aa  61.2  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1970  putative transmembrane protein  32.19 
 
 
169 aa  60.8  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206116  normal  0.145392 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1287  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.17 
 
 
183 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.850959  normal  0.698807 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4939  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.19 
 
 
169 aa  60.5  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0764013  normal  0.0629718 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1351  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.17 
 
 
183 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0946301  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1832  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.46 
 
 
175 aa  60.5  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2010  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.93 
 
 
165 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5320  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.93 
 
 
165 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.354278  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6067  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.93 
 
 
165 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443166  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2036  OmpH/HlpA family outer membrane protein  25.69 
 
 
177 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0642632  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1447  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.76 
 
 
184 aa  58.9  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2427  outer membrane protein  25.69 
 
 
168 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136881  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2483  outer membrane protein  25.69 
 
 
168 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.453843  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1318  OmpH/HlpA family outer membrane protein  25.69 
 
 
168 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533964  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1546  OmpH/HlpA family outer membrane protein  25.69 
 
 
177 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.4107  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2046  OmpH/HlpA family outer membrane protein  25.69 
 
 
177 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.281485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3265  OmpH/HlpA family outer membrane protein  25.69 
 
 
177 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0197181  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2573  OmpH/HlpA family outer membrane protein  25.69 
 
 
167 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0450107  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2169  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.26 
 
 
166 aa  58.2  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.641637  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0476  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.9 
 
 
213 aa  57.8  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0013663  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1595  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.29 
 
 
198 aa  56.6  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2539  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.54 
 
 
165 aa  57.4  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1872  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.48 
 
 
175 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0481618  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1329  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.24 
 
 
178 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.918072  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1444  outer membrane chaperone Skp  24.48 
 
 
177 aa  56.6  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0659855  normal  0.0459599 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1521  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.51 
 
 
167 aa  55.5  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.854687 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1442  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.83 
 
 
175 aa  55.8  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.219895  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0893  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.29 
 
 
175 aa  55.1  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00455548  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1371  outer membrane protein OmpH, putative  28.67 
 
 
177 aa  54.7  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000400708  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0247  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  23.86 
 
 
216 aa  54.7  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.590467  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2449  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.71 
 
 
172 aa  54.3  0.0000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1751  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.42 
 
 
156 aa  53.9  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00167678  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3548  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.36 
 
 
221 aa  53.9  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000196738  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2093  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  23.78 
 
 
224 aa  53.1  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000603573  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1488  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.67 
 
 
178 aa  52.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0666  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.71 
 
 
175 aa  52.4  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.156148  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3971  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  23.03 
 
 
171 aa  52.4  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.0049551  normal  0.392772 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1997  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.48 
 
 
174 aa  52  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0999432  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0405  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.87 
 
 
211 aa  51.6  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.490313  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1169  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.68 
 
 
178 aa  51.6  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1453  outer membrane protein, OmpH family  25.68 
 
 
178 aa  51.6  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0170758  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0192  cationic outer membrane protein OmpH  27.11 
 
 
174 aa  51.2  0.000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3819  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.19 
 
 
170 aa  51.2  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0060  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.92 
 
 
176 aa  50.4  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1573  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.03 
 
 
165 aa  50.4  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2608  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.43 
 
 
180 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0199  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.41 
 
 
170 aa  50.4  0.00001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0381  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.37 
 
 
187 aa  49.7  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.705598  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1767  outer membrane protein OmpH  25.15 
 
 
196 aa  47.4  0.00009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.264909 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04310  cationic outer membrane protein precursor  20.23 
 
 
275 aa  46.2  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0608  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  30 
 
 
181 aa  46.6  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.450498  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0516  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.14 
 
 
175 aa  45.4  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.547662 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2876  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.38 
 
 
165 aa  45.1  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195839  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0546  hypothetical protein  26.32 
 
 
166 aa  45.1  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0570  hypothetical protein  26.32 
 
 
166 aa  45.1  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0410  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.29 
 
 
182 aa  45.1  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.547835  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0414  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.05 
 
 
196 aa  44.3  0.0009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.236191 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2998  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.14 
 
 
175 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0595  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.3 
 
 
160 aa  42.7  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.985624  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1698  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.58 
 
 
159 aa  43.5  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2125  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  22.86 
 
 
223 aa  43.5  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.161899 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2446  outer membrane protein OmpH, putative  23.81 
 
 
168 aa  42.7  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0885473  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1168  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  21.08 
 
 
174 aa  42  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0685935  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0572  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  23.98 
 
 
167 aa  41.2  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.494441  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2335  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  30.23 
 
 
230 aa  41.2  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00737596 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0120  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.32 
 
 
152 aa  41.2  0.007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000286518  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2893  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  22.94 
 
 
168 aa  40.8  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000148222  normal  0.601214 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>