137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2043 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_2043  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  100 
 
 
175 aa  347  7e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302964  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1912  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  100 
 
 
175 aa  347  7e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.753095  normal  0.41157 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2030  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  97.71 
 
 
175 aa  340  7e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.306412  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1266  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  96.57 
 
 
175 aa  337  2.9999999999999998e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112797  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6067  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  97.58 
 
 
165 aa  318  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443166  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2010  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  97.58 
 
 
165 aa  318  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5320  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  97.58 
 
 
165 aa  318  3e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.354278  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1546  OmpH/HlpA family outer membrane protein  89.08 
 
 
177 aa  290  6e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.4107  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2046  OmpH/HlpA family outer membrane protein  89.08 
 
 
177 aa  290  6e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.281485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3265  OmpH/HlpA family outer membrane protein  89.08 
 
 
177 aa  290  6e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0197181  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2036  OmpH/HlpA family outer membrane protein  89.08 
 
 
177 aa  289  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0642632  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1691  Outer membrane protein (OmpH-like)  82.18 
 
 
175 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.84956  normal  0.195364 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2446  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  81.61 
 
 
175 aa  281  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.197703  hitchhiker  0.00284352 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1329  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  80.57 
 
 
178 aa  271  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.918072  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2427  outer membrane protein  87.88 
 
 
168 aa  270  1e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136881  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2483  outer membrane protein  87.88 
 
 
168 aa  270  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.453843  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1318  OmpH/HlpA family outer membrane protein  87.88 
 
 
168 aa  270  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2573  OmpH/HlpA family outer membrane protein  88.41 
 
 
167 aa  269  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0450107  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1413  hypothetical protein  74 
 
 
184 aa  218  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1351  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  75.17 
 
 
183 aa  216  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0946301  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1287  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  74.5 
 
 
183 aa  215  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.850959  normal  0.698807 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1444  outer membrane chaperone Skp  72.73 
 
 
177 aa  211  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0659855  normal  0.0459599 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1872  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  70.42 
 
 
175 aa  204  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0481618  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2169  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  60 
 
 
166 aa  187  5.999999999999999e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.641637  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1970  putative transmembrane protein  62.32 
 
 
169 aa  184  7e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206116  normal  0.145392 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4939  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  54.04 
 
 
169 aa  175  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0764013  normal  0.0629718 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1997  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  57.33 
 
 
174 aa  173  9e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0999432  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1767  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  53.33 
 
 
168 aa  171  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.294291  normal  0.0229206 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2686  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  52.44 
 
 
168 aa  171  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.327298  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2576  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  48.78 
 
 
173 aa  161  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0793638 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1232  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  48.17 
 
 
173 aa  160  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2841  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  60.87 
 
 
174 aa  159  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1447  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  53.79 
 
 
184 aa  157  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1442  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  50.9 
 
 
175 aa  152  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.219895  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1751  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  50 
 
 
156 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00167678  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1832  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  55.22 
 
 
175 aa  151  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0516  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  50.9 
 
 
175 aa  151  4e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.547662 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0794  putative outer membrane protein  48.17 
 
 
167 aa  144  5e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.31836 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2608  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  54.93 
 
 
180 aa  142  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0666  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  49.12 
 
 
175 aa  140  6e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.156148  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3819  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  45.83 
 
 
170 aa  137  6e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1521  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  42.07 
 
 
167 aa  123  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.854687 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1445  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  39.88 
 
 
172 aa  107  6e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1168  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  38.65 
 
 
174 aa  97.4  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0685935  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1488  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  40.91 
 
 
178 aa  96.3  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0817  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  37.95 
 
 
178 aa  93.6  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.242751  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1277  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  36.25 
 
 
177 aa  92.8  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1854  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  38.13 
 
 
176 aa  92  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2446  outer membrane protein OmpH, putative  35.76 
 
 
168 aa  86.7  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0885473  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0570  hypothetical protein  31.48 
 
 
166 aa  79.3  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0546  hypothetical protein  31.48 
 
 
166 aa  79.3  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2893  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  31.98 
 
 
168 aa  77.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000148222  normal  0.601214 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1357  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  30.67 
 
 
165 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591306  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0060  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  31.76 
 
 
176 aa  77  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1459  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  32.12 
 
 
165 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000199693  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1454  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  32.12 
 
 
165 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1490  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  32.12 
 
 
165 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000751414  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1279  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.93 
 
 
165 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000429908  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1638  outer membrane protein OmpH  32.5 
 
 
168 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0761  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.22 
 
 
172 aa  72.4  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00282241  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2632  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  32.5 
 
 
165 aa  72  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000020022  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2699  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  32.5 
 
 
165 aa  72  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000309047  hitchhiker  0.00333472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2806  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  32.5 
 
 
165 aa  72  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000137224  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3152  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  30.63 
 
 
164 aa  71.6  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000722219  normal  0.0243335 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2876  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.83 
 
 
165 aa  71.6  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195839  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1148  outer membrane protein OmpH  31.06 
 
 
168 aa  71.2  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000604382  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2626  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  30.49 
 
 
164 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00178513  normal  0.905788 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3272  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.66 
 
 
166 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000377724  hitchhiker  0.00131424 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1563  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.71 
 
 
165 aa  67.8  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000425102  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0536  periplasmic chaperone  30.06 
 
 
165 aa  66.6  0.0000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.201411  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0840  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.88 
 
 
171 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0716  periplasmic chaperone  31.68 
 
 
164 aa  66.2  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000710981  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1252  outer membrane protein  32.93 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000206392  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3781  periplasmic chaperone  29.45 
 
 
176 aa  65.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000038296  hitchhiker  0.00155188 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3420  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.27 
 
 
171 aa  65.5  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1453  outer membrane protein, OmpH family  28.1 
 
 
178 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0170758  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2356  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.33 
 
 
173 aa  62.8  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1169  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.1 
 
 
178 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2967  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.74 
 
 
170 aa  61.6  0.000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.939427  normal  0.289934 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0410  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.14 
 
 
182 aa  61.2  0.000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.547835  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2267  outer membrane protein, putative  26.06 
 
 
172 aa  59.3  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2843  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.77 
 
 
178 aa  58.9  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1022  periplasmic chaperone  30.94 
 
 
165 aa  58.2  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0216507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3426  periplasmic chaperone  30.94 
 
 
165 aa  58.2  0.00000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000698403  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1075  periplasmic chaperone  30.94 
 
 
165 aa  58.2  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000246284  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0950  periplasmic chaperone  27.97 
 
 
165 aa  57  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000063017  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3018  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  30 
 
 
175 aa  56.6  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0147625  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3971  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.11 
 
 
171 aa  55.5  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.0049551  normal  0.392772 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2539  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.24 
 
 
165 aa  55.5  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1492  hypothetical protein  27.44 
 
 
168 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17170  hypothetical protein  27.44 
 
 
168 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4390  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.71 
 
 
214 aa  54.3  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000436364  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002755  outer membrane chaperone Skp (OmpH) precursor  26.95 
 
 
169 aa  54.3  0.0000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.179008  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03228  hypothetical protein  26.24 
 
 
166 aa  53.1  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0247  periplasmic chaperone  31.06 
 
 
161 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.414945 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0247  periplasmic chaperone  31.06 
 
 
161 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.103395  normal  0.490215 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0266  periplasmic chaperone  31.06 
 
 
161 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000300705  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3413  ompH family outer membrane protein  27.32 
 
 
206 aa  52.4  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0251  periplasmic chaperone  31.06 
 
 
161 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.963542  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0263  periplasmic chaperone  31.06 
 
 
161 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.4974 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>