More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1236 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1236  hypothetical protein  100 
 
 		 339 aa  704    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2491  glutamine amidotransferase, class-II  89.64 
 
 		 371 aa  640    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1753  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  90.27 
 
 		 373 aa  652    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.150521 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2361  glutamine amidotransferase class-II  63.02 
 
 		 364 aa  446  1.0000000000000001e-124  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.595667  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1815  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  61.79 
 
 		 364 aa  442  1e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16310  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  61.9 
 
 		 355 aa  444  1e-123  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000470863  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0536  glutamine amidotransferase class-II  59.52 
 
 		 372 aa  436  1e-121  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1338  glutamine amidotransferase, class-II  61.31 
 
 		 364 aa  436  1e-121  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.845818 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0522  glutamine amidotransferase, class-II  59.52 
 
 		 395 aa  436  1e-121  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1293  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  58.68 
 
 		 368 aa  422  1e-117  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00303282 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0545  glutamine amidotransferase class-II  60.18 
 
 		 369 aa  420  1e-116  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00405824 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0025  glutamine amidotransferase class-II  59.09 
 
 		 365 aa  417  9.999999999999999e-116  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1130  glutamine amidotransferase, class II  57.74 
 
 		 376 aa  403  1e-111  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_948  glutamine amidotransferase, class II  57.14 
 
 		 376 aa  401  1e-111  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.155092  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0959  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  56.59 
 
 		 376 aa  398  9.999999999999999e-111  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0315043  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2026  glutamine amidotransferase, class-II  57.57 
 
 		 359 aa  398  9.999999999999999e-111  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805771  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0558  glutamine amidotransferase, class-II  54.05 
 
 		 374 aa  397  1e-109  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0197  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  53.85 
 
 		 363 aa  371  1e-102  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.480827  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0213  glutamine amidotransferase, class-II  53.39 
 
 		 378 aa  371  1e-101  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0780  glutamine amidotransferase, class-II  51.8 
 
 		 350 aa  365  1e-100  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0619068  normal  0.221507 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0665  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  51.05 
 
 		 350 aa  360  2e-98  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2710  glutamine amidotransferase class-II  48.81 
 
 		 350 aa  345  5e-94  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2136  glutamine amidotransferase, class-II  49.7 
 
 		 382 aa  342  8e-93  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1690  glutamine amidotransferase, class-II  51.79 
 
 		 349 aa  339  2.9999999999999998e-92  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.491949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1300  glutamine amidotransferase class-II  47.99 
 
 		 361 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1078  glutamine amidotransferase class-II  46.05 
 
 		 363 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.46258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1598  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  45.76 
 
 		 363 aa  325  8.000000000000001e-88  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1092  glutamine amidotransferase class-II  44.92 
 
 		 363 aa  323  4e-87  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0869  glutamine amidotransferase class-II  45.2 
 
 		 363 aa  319  3e-86  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0521916  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0334  glutamine amidotransferase, class-II  45.54 
 
 		 350 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0892096  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1740  glutamate synthase alpha subunit domain protein  32.37 
 
 		 659 aa  156  4e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.627915  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0030  glutamate synthase alpha subunit  33.24 
 
 		 670 aa  142  6e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1885  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  35.56 
 
 		 646 aa  135  9.999999999999999e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1812  glutamate synthase alpha subunit  31.28 
 
 		 568 aa  100  3e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000275446 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1100  glutamate synthase alpha subunit  29.82 
 
 		 553 aa  96.7  6e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.154608 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0830  glutamate synthase alpha subunit  31.9 
 
 		 568 aa  96.3  7e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.990819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1607  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  28.7 
 
 		 572 aa  88.6  1e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1656  glutamine amidotransferase class-II  29.13 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.670859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1575  glutamine amidotransferase class-II  29.95 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3524  glutamine amidotransferase class-II  26.91 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234475 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1938  glutamine amidotransferase class-II  29.91 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.210707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1942  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  31.46 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2161  hypothetical protein  27.03 
 
 		 368 aa  76.3  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2598  glutamate synthase large subunit  25.68 
 
 		 368 aa  75.9  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1346  glutamine amidotransferase, class-II  28.1 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2499  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  29.15 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0705172  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1155  putative glutamate synthase, large subunit (domain 1)  27.03 
 
 		 368 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3467  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  27.88 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.836717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0468  amidophosphoribosyltransferase  31.08 
 
 		 456 aa  72.8  0.000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.350158  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2248  glutamine amidotransferase class-II  29.61 
 
 		 301 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280725 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4810  glutamine amidotransferase class-II  29.72 
 
 		 297 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  hitchhiker  0.00206329 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1138  glutamine amidotransferase, class-II  29.91 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.16804 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0396  amidophosphoribosyltransferase  30.69 
 
 		 459 aa  70.1  0.00000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4695  glutamine amidotransferase class-II  29.58 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.903048 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1523  amidophosphoribosyltransferase  30.69 
 
 		 459 aa  69.7  0.00000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0119394  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4806  glutamine amidotransferase class-II  26.85 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3016  Glutamate synthase (ferredoxin)  25.24 
 
 		 1524 aa  69.3  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2274  glutamine amidotransferase, class-II  26.57 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0107042 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0457  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  27.98 
 
 		 298 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.598323  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0439  amidophosphoribosyltransferase  29.7 
 
 		 459 aa  68.2  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2583  glutamine amidotransferase, class-II protein  26.57 
 
 		 306 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0230258  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1870  putative glutamine amidotransferase  28.24 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117624  normal  0.828633 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2694  Glutamate synthase (NADH)  27.73 
 
 		 1569 aa  66.2  0.0000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5919  glutamine amidotransferase class-II  27.72 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.116128  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6575  glutamine amidotransferase class-II  25.82 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0505165 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1299  glutamine amidotransferase, class-II  24.07 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0375941  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0729  glutamate synthase (ferredoxin)  27.5 
 
 		 1507 aa  63.9  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1117  Glutamate synthase (ferredoxin)  26.56 
 
 		 1468 aa  63.5  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0230  amidophosphoribosyltransferase  22.22 
 
 		 463 aa  63.5  0.000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0884272  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5749  amidophosphoribosyltransferase  26.17 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3291  glutamine amidotransferase class-II  25.93 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6008  glutamine amidotransferase class-II  26.17 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.362161  decreased coverage  0.00354269 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5638  glutamine amidotransferase class-II  25.35 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.52916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1699  glutamine amidotransferase class-II  25.94 
 
 		 296 aa  62  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5510  glutamine amidotransferase, class-II  23.11 
 
 		 302 aa  62  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.623211  normal  0.154748 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0039  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.02 
 
 		 610 aa  61.6  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0167  glutamine amidotransferase class-II  26.92 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5261  glutamine amidotransferase, class-II  25.93 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.228434 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2632  glutamine amidotransferase class-II  33.9 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3033  glutamine amidotransferase, class-II  26.78 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.572778 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2274  glutamate synthase (NADPH)  22.22 
 
 		 376 aa  60.8  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4893  glutamine amidotransferase, class-II  25.93 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1725  glutamate synthase (NADPH)  22.69 
 
 		 376 aa  60.8  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.886544 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4982  glutamine amidotransferase, class-II  25.93 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0610  Glutamate synthase (ferredoxin)  26.12 
 
 		 1510 aa  59.3  0.00000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0147  glutamate synthase (ferredoxin)  27.48 
 
 		 1510 aa  58.9  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2944  glutamate synthase, large subunit  27.84 
 
 		 1513 aa  58.2  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4206  amidophosphoribosyltransferase  23.67 
 
 		 485 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.975393  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0049  glutamate synthase, large subunit  23.6 
 
 		 1583 aa  57.8  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4338  amidophosphoribosyltransferase  23.67 
 
 		 485 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0054  glutamate synthase, large subunit  23.6 
 
 		 1583 aa  57.4  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.673781  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0657  glutamate synthase (NADPH) large subunit  24.43 
 
 		 1509 aa  57.4  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0412975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4361  amidophosphoribosyltransferase  23.67 
 
 		 485 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3450  glutamate synthase-related protein  27.93 
 
 		 1510 aa  57  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0292  amidophosphoribosyltransferase  25.98 
 
 		 459 aa  57  0.0000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.95663  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1988  Glutamate synthase (ferredoxin)  26.51 
 
 		 1497 aa  57  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0598  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  27.06 
 
 		 611 aa  57.4  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0007  amidophosphoribosyltransferase  23.74 
 
 		 487 aa  57.4  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.30048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2711  glutamate synthase (ferredoxin)  24.6 
 
 		 1574 aa  56.6  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0818  glutamate synthase (NADH) large subunit  26.5 
 
 		 1506 aa  57  0.0000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>