More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_948 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET1130  glutamine amidotransferase, class II  95.21 
 
 		 376 aa  760    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0959  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  90.69 
 
 		 376 aa  728    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0315043  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_948  glutamine amidotransferase, class II  100 
 
 		 376 aa  787    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.155092  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0213  glutamine amidotransferase, class-II  56.6 
 
 		 378 aa  437  1e-121  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16310  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  54.86 
 
 		 355 aa  429  1e-119  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000470863  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0522  glutamine amidotransferase, class-II  56.22 
 
 		 395 aa  426  1e-118  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0536  glutamine amidotransferase class-II  56.22 
 
 		 372 aa  426  1e-118  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1753  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  54.72 
 
 		 373 aa  423  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.150521 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1815  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  55.71 
 
 		 364 aa  422  1e-117  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2491  glutamine amidotransferase, class-II  55.19 
 
 		 371 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2361  glutamine amidotransferase class-II  53.56 
 
 		 364 aa  412  1e-114  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.595667  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1293  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  50.41 
 
 		 368 aa  413  1e-114  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00303282 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1338  glutamine amidotransferase, class-II  55.65 
 
 		 364 aa  414  1e-114  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.845818 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0545  glutamine amidotransferase class-II  54.31 
 
 		 369 aa  410  1e-113  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00405824 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1236  hypothetical protein  57.14 
 
 		 339 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0025  glutamine amidotransferase class-II  52.27 
 
 		 365 aa  395  1e-109  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0558  glutamine amidotransferase, class-II  49.59 
 
 		 374 aa  396  1e-109  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2026  glutamine amidotransferase, class-II  54.14 
 
 		 359 aa  397  1e-109  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805771  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0197  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  50.43 
 
 		 363 aa  366  1e-100  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.480827  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0665  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  48.41 
 
 		 350 aa  362  6e-99  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0780  glutamine amidotransferase, class-II  47.25 
 
 		 350 aa  362  8e-99  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0619068  normal  0.221507 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2136  glutamine amidotransferase, class-II  46.15 
 
 		 382 aa  352  5e-96  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1690  glutamine amidotransferase, class-II  47.55 
 
 		 349 aa  348  7e-95  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.491949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2710  glutamine amidotransferase class-II  44.38 
 
 		 350 aa  344  1e-93  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1598  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  45.75 
 
 		 363 aa  343  4e-93  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1078  glutamine amidotransferase class-II  45.48 
 
 		 363 aa  341  1e-92  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.46258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1300  glutamine amidotransferase class-II  45.3 
 
 		 361 aa  338  9e-92  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1092  glutamine amidotransferase class-II  45.65 
 
 		 363 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0869  glutamine amidotransferase class-II  44.93 
 
 		 363 aa  334  2e-90  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0521916  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0334  glutamine amidotransferase, class-II  42.69 
 
 		 350 aa  314  9.999999999999999e-85  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0892096  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1885  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  30.53 
 
 		 646 aa  153  5e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0030  glutamate synthase alpha subunit  30.71 
 
 		 670 aa  143  6e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1740  glutamate synthase alpha subunit domain protein  29.36 
 
 		 659 aa  139  6e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.627915  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1812  glutamate synthase alpha subunit  25.15 
 
 		 568 aa  88.6  2e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000275446 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1100  glutamate synthase alpha subunit  27.78 
 
 		 553 aa  87  5e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.154608 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0830  glutamate synthase alpha subunit  25.58 
 
 		 568 aa  83.6  0.000000000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.990819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1607  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  27.8 
 
 		 572 aa  83.6  0.000000000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2161  hypothetical protein  28.57 
 
 		 368 aa  77  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2598  glutamate synthase large subunit  27.75 
 
 		 368 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1155  putative glutamate synthase, large subunit (domain 1)  25.84 
 
 		 368 aa  71.2  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3524  glutamine amidotransferase class-II  26.36 
 
 		 302 aa  70.1  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234475 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2499  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  26.32 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0705172  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4806  glutamine amidotransferase class-II  27.88 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0104  hypothetical protein  26.57 
 
 		 375 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.765688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2944  glutamate synthase, large subunit  23.18 
 
 		 1513 aa  67.8  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0385  glutamate synthase (NADPH)  26.44 
 
 		 376 aa  67.8  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2274  glutamate synthase (NADPH)  29.05 
 
 		 376 aa  67.8  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1802  glutamate synthase (ferredoxin)  29.44 
 
 		 1498 aa  67.4  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0512049  normal  0.419037 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1575  glutamine amidotransferase class-II  27.96 
 
 		 316 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5510  glutamine amidotransferase, class-II  25.23 
 
 		 302 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.623211  normal  0.154748 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1375  hypothetical protein  29.52 
 
 		 376 aa  65.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.157806  normal  0.645032 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4810  glutamine amidotransferase class-II  24.55 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  hitchhiker  0.00206329 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4893  glutamine amidotransferase, class-II  26.92 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4982  glutamine amidotransferase, class-II  26.92 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5261  glutamine amidotransferase, class-II  26.92 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.228434 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1703  Glutamate synthase (ferredoxin)  27.78 
 
 		 1518 aa  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.625118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1942  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  36.36 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1656  glutamine amidotransferase class-II  27.01 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.670859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1938  glutamine amidotransferase class-II  27.01 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.210707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2632  glutamine amidotransferase class-II  36.84 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1117  Glutamate synthase (ferredoxin)  23.47 
 
 		 1468 aa  63.2  0.000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1372  glutamate synthase (NADPH)  27.27 
 
 		 376 aa  62.8  0.000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.244449  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0393  glutamate synthase (ferredoxin)  25.84 
 
 		 1507 aa  62.8  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0729  glutamate synthase (ferredoxin)  22.99 
 
 		 1507 aa  62.8  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1725  glutamate synthase (NADPH)  24.15 
 
 		 376 aa  61.6  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.886544 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1870  putative glutamine amidotransferase  27.31 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117624  normal  0.828633 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0598  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  27.05 
 
 		 611 aa  60.5  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3450  glutamate synthase-related protein  23.2 
 
 		 1510 aa  60.5  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2583  glutamine amidotransferase, class-II protein  26.03 
 
 		 306 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0230258  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0147  glutamate synthase (ferredoxin)  24.8 
 
 		 1510 aa  60.1  0.00000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4695  glutamine amidotransferase class-II  25.47 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.903048 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6575  glutamine amidotransferase class-II  27.05 
 
 		 302 aa  59.7  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0505165 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1346  glutamine amidotransferase, class-II  25.96 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0398  amidophosphoribosyltransferase  26.79 
 
 		 480 aa  58.9  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0468  amidophosphoribosyltransferase  22.06 
 
 		 456 aa  59.3  0.0000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.350158  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1299  glutamine amidotransferase, class-II  24.04 
 
 		 302 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0375941  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2387  glutamate synthase (NADPH)  21.94 
 
 		 375 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0396  amidophosphoribosyltransferase  23.81 
 
 		 459 aa  58.5  0.0000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1536  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.48 
 
 		 610 aa  58.2  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1523  amidophosphoribosyltransferase  25.43 
 
 		 459 aa  58.5  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0119394  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0039  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.13 
 
 		 610 aa  58.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1357  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  32.35 
 
 		 591 aa  57.8  0.0000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5749  amidophosphoribosyltransferase  25.37 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4344  glutamate synthase subunit alpha  24.62 
 
 		 1486 aa  57.8  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0225673 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2248  glutamine amidotransferase class-II  26.07 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280725 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6008  glutamine amidotransferase class-II  25.85 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.362161  decreased coverage  0.00354269 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3291  glutamine amidotransferase class-II  26.67 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0265  Glutamate synthase (ferredoxin)  23.29 
 
 		 1487 aa  57.4  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.316824 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1512  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  31.48 
 
 		 609 aa  57.4  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0439  amidophosphoribosyltransferase  22.84 
 
 		 459 aa  57.4  0.0000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0808  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.46 
 
 		 609 aa  57  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0484  Glutamate synthase (ferredoxin)  25.81 
 
 		 1505 aa  57  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0610  Glutamate synthase (ferredoxin)  25 
 
 		 1510 aa  56.6  0.0000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3467  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  32.65 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.836717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2274  glutamine amidotransferase, class-II  25.96 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0107042 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0457  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  22.48 
 
 		 298 aa  55.8  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.598323  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0011  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.96 
 
 		 609 aa  55.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.855162  normal  0.0514603 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4463  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  28.66 
 
 		 609 aa  55.1  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1805  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.79 
 
 		 609 aa  55.5  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1128  glutamate synthase subunit alpha  23.87 
 
 		 1535 aa  55.1  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>