More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0624 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0624  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 420 aa  839    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.260999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2509  serine hydroxymethyltransferase  79.71 
 
 		 420 aa  692    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.336083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6691  Glycine hydroxymethyltransferase  73.73 
 
 		 418 aa  627  1e-179  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.476522  normal  0.212987 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1644  serine hydroxymethyltransferase  73.1 
 
 		 420 aa  628  1e-179  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2242  glycine hydroxymethyltransferase  72.22 
 
 		 420 aa  620  1e-176  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0554627 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0231  Glycine hydroxymethyltransferase  72.26 
 
 		 423 aa  611  9.999999999999999e-175  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.681161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1537  serine hydroxymethyltransferase  71.12 
 
 		 427 aa  610  1e-173  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.54072 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3769  Glycine hydroxymethyltransferase  65.85 
 
 		 417 aa  556  1e-157  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.452166  normal  0.168004 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1748  serine hydroxymethyltransferase  54.66 
 
 		 413 aa  449  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.207733  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2733  serine hydroxymethyltransferase  54.13 
 
 		 417 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1932  serine hydroxymethyltransferase  52.7 
 
 		 415 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000167671  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2187  Glycine hydroxymethyltransferase  51.08 
 
 		 418 aa  435  1e-121  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1160  serine hydroxymethyltransferase  53.19 
 
 		 415 aa  437  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.215239 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1442  serine hydroxymethyltransferase  53.17 
 
 		 416 aa  438  1e-121  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3102  serine hydroxymethyltransferase  52.7 
 
 		 415 aa  435  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00573934  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2744  serine hydroxymethyltransferase  53.16 
 
 		 417 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2928  serine hydroxymethyltransferase  53.16 
 
 		 417 aa  436  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2836  serine hydroxymethyltransferase  53.4 
 
 		 417 aa  436  1e-121  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.359128  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1607  serine hydroxymethyltransferase  52.45 
 
 		 415 aa  433  1e-120  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.203798  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2149  serine hydroxymethyltransferase  52.67 
 
 		 412 aa  434  1e-120  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2187  serine hydroxymethyltransferase  52.67 
 
 		 412 aa  434  1e-120  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0031  Glycine hydroxymethyltransferase  52.55 
 
 		 420 aa  434  1e-120  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1389  Glycine hydroxymethyltransferase  54.46 
 
 		 427 aa  434  1e-120  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000692081  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1377  glycine hydroxymethyltransferase  52.48 
 
 		 411 aa  433  1e-120  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1241  glycine hydroxymethyltransferase  52.48 
 
 		 414 aa  431  1e-120  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0851  glycine hydroxymethyltransferase  53.66 
 
 		 419 aa  432  1e-120  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0407045  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1617  serine hydroxymethyltransferase  54.01 
 
 		 414 aa  431  1e-119  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1680  serine hydroxymethyltransferase  51.98 
 
 		 412 aa  428  1e-119  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1605  serine hydroxymethyltransferase  51.96 
 
 		 415 aa  429  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0938811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1418  serine hydroxymethyltransferase  52.07 
 
 		 420 aa  430  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0614522  normal  0.461409 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  54.96 
 
 		 439 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1881  serine hydroxymethyltransferase  52.45 
 
 		 415 aa  431  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.662029  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  51.24 
 
 		 412 aa  430  1e-119  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  54.72 
 
 		 438 aa  426  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  54.72 
 
 		 438 aa  426  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0071  Glycine hydroxymethyltransferase  54.9 
 
 		 417 aa  425  1e-118  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.30135  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0756  serine hydroxymethyltransferase  53.06 
 
 		 425 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3425  serine hydroxymethyltransferase  52.8 
 
 		 412 aa  427  1e-118  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16130  Glycine hydroxymethyltransferase  51.6 
 
 		 412 aa  427  1e-118  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2091  serine hydroxymethyltransferase  54.28 
 
 		 429 aa  427  1e-118  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  53.04 
 
 		 411 aa  427  1e-118  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000728494  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3354  serine hydroxymethyltransferase  54 
 
 		 432 aa  427  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0554425  normal  0.88347 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0782  serine hydroxymethyltransferase  53.06 
 
 		 425 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2858  serine hydroxymethyltransferase  50.61 
 
 		 412 aa  427  1e-118  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193114 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2184  serine hydroxymethyltransferase  53.06 
 
 		 410 aa  427  1e-118  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  49.76 
 
 		 425 aa  423  1e-117  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2082  serine hydroxymethyltransferase  53.64 
 
 		 419 aa  424  1e-117  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584892  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1060  serine hydroxymethyltransferase  54.38 
 
 		 415 aa  424  1e-117  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.328734  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0253  serine hydroxymethyltransferase  53.55 
 
 		 431 aa  423  1e-117  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3162  serine hydroxymethyltransferase  52.7 
 
 		 413 aa  424  1e-117  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.243328  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2390  serine hydroxymethyltransferase  53.68 
 
 		 416 aa  421  1e-117  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0832592 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2240  serine hydroxymethyltransferase  53.14 
 
 		 436 aa  421  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435156  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  53.96 
 
 		 437 aa  424  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1895  serine hydroxymethyltransferase  52.57 
 
 		 410 aa  422  1e-117  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1551  serine hydroxymethyltransferase  54.26 
 
 		 416 aa  422  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5438  serine hydroxymethyltransferase  51.09 
 
 		 413 aa  419  1e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000338182  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5441  serine hydroxymethyltransferase  51.09 
 
 		 413 aa  419  1e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000358223  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1854  serine hydroxymethyltransferase  52.07 
 
 		 412 aa  420  1e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2147  glycine hydroxymethyltransferase  54.41 
 
 		 415 aa  419  1e-116  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4998  serine hydroxymethyltransferase  51.09 
 
 		 414 aa  419  1e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  9.16492e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5015  serine hydroxymethyltransferase  51.09 
 
 		 414 aa  420  1e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468931  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4270  serine hydroxymethyltransferase  52.43 
 
 		 417 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3097  serine hydroxymethyltransferase  52.55 
 
 		 412 aa  418  1e-116  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0175089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5243  serine hydroxymethyltransferase  52.18 
 
 		 417 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383038  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5407  serine hydroxymethyltransferase  51.09 
 
 		 413 aa  419  1e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.91777e-61 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4027  glycine hydroxymethyltransferase  51.7 
 
 		 421 aa  421  1e-116  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17117  normal  0.0123375 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2659  serine hydroxymethyltransferase  52.78 
 
 		 440 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719136  normal  0.877467 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3835  serine hydroxymethyltransferase  51.34 
 
 		 413 aa  419  1e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00110618  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0745  serine hydroxymethyltransferase  51.46 
 
 		 415 aa  419  1e-116  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02801  serine hydroxymethyltransferase  49.39 
 
 		 423 aa  419  1e-116  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.632622  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18300  serine hydroxymethyltransferase  53.61 
 
 		 425 aa  419  1e-116  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0624646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5494  serine hydroxymethyltransferase  51.09 
 
 		 413 aa  419  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000315106  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2327  Glycine hydroxymethyltransferase  50.37 
 
 		 413 aa  416  9.999999999999999e-116  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000566706  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1719  serine hydroxymethyltransferase  50 
 
 		 412 aa  417  9.999999999999999e-116  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  53.72 
 
 		 431 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4632  serine hydroxymethyltransferase  51.7 
 
 		 417 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.10278  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5165  serine hydroxymethyltransferase  50.85 
 
 		 414 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00104225  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4513  serine hydroxymethyltransferase  51.21 
 
 		 417 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0695784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000232  serine hydroxymethyltransferase  52.78 
 
 		 431 aa  415  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1344  serine hydroxymethyltransferase  52.46 
 
 		 417 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.538197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  54.28 
 
 		 427 aa  418  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4877  serine hydroxymethyltransferase  51.21 
 
 		 417 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.402887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5558  serine hydroxymethyltransferase  50.85 
 
 		 413 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129833  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3712  serine hydroxymethyltransferase  56.01 
 
 		 426 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.611147  normal  0.0114471 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02811  serine hydroxymethyltransferase  49.27 
 
 		 423 aa  417  9.999999999999999e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5513  serine hydroxymethyltransferase  50.85 
 
 		 413 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000594889  unclonable  1.27286e-25 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0759  serine hydroxymethyltransferase  52.3 
 
 		 417 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1008  serine hydroxymethyltransferase  52.23 
 
 		 413 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0307  serine hydroxymethyltransferase  50.98 
 
 		 414 aa  417  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.209874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24721  serine hydroxymethyltransferase  52.68 
 
 		 424 aa  416  9.999999999999999e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1833  serine hydroxymethyltransferase  51.57 
 
 		 423 aa  417  9.999999999999999e-116  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.785323  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05971  serine hydroxymethyltransferase  52.54 
 
 		 431 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2110  serine hydroxymethyltransferase  53.62 
 
 		 434 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40970  serine hydroxymethyltransferase  51.94 
 
 		 417 aa  415  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60890  serine hydroxymethyltransferase  51.7 
 
 		 417 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3495  serine hydroxymethyltransferase  52.42 
 
 		 434 aa  411  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02841  serine hydroxymethyltransferase  49.88 
 
 		 416 aa  413  1e-114  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  51.08 
 
 		 427 aa  412  1e-114  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3717  serine hydroxymethyltransferase  56.33 
 
 		 418 aa  412  1e-114  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.982412  normal  0.848378 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71460  serine hydroxymethyltransferase  51.97 
 
 		 417 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0197843  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>