More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1418 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_1418  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 420 aa  863    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0614522  normal  0.461409 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1854  serine hydroxymethyltransferase  74.88 
 
 		 412 aa  637    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3097  serine hydroxymethyltransferase  73.66 
 
 		 412 aa  627  1e-178  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0175089 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0064  serine hydroxymethyltransferase  75.12 
 
 		 412 aa  625  1e-178  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1617  serine hydroxymethyltransferase  71.46 
 
 		 414 aa  608  1e-173  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2432  serine hydroxymethyltransferase  73.9 
 
 		 412 aa  607  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.139104  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1442  serine hydroxymethyltransferase  66.5 
 
 		 416 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1605  serine hydroxymethyltransferase  66.42 
 
 		 415 aa  561  1.0000000000000001e-159  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0938811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1377  glycine hydroxymethyltransferase  66.1 
 
 		 411 aa  561  1.0000000000000001e-159  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1607  serine hydroxymethyltransferase  66.18 
 
 		 415 aa  557  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.203798  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1881  serine hydroxymethyltransferase  64.95 
 
 		 415 aa  555  1e-157  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.662029  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3425  serine hydroxymethyltransferase  64.88 
 
 		 412 aa  552  1e-156  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1748  serine hydroxymethyltransferase  66.1 
 
 		 413 aa  553  1e-156  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.207733  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  64.63 
 
 		 411 aa  551  1e-156  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000728494  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1932  serine hydroxymethyltransferase  63.68 
 
 		 415 aa  547  1e-154  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000167671  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2184  serine hydroxymethyltransferase  64.63 
 
 		 410 aa  546  1e-154  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2316  serine hydroxymethyltransferase  61.65 
 
 		 412 aa  542  1e-153  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1895  serine hydroxymethyltransferase  64.39 
 
 		 410 aa  543  1e-153  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4826  serine hydroxymethyltransferase  63.81 
 
 		 417 aa  543  1e-153  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020982  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1160  serine hydroxymethyltransferase  62.68 
 
 		 415 aa  543  1e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.215239 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3102  serine hydroxymethyltransferase  61.74 
 
 		 415 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00573934  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3835  serine hydroxymethyltransferase  62.93 
 
 		 413 aa  539  9.999999999999999e-153  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00110618  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5441  serine hydroxymethyltransferase  62.2 
 
 		 413 aa  535  1e-151  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000358223  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5438  serine hydroxymethyltransferase  62.2 
 
 		 413 aa  536  1e-151  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000338182  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5558  serine hydroxymethyltransferase  62.2 
 
 		 413 aa  535  1e-151  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129833  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5494  serine hydroxymethyltransferase  62.2 
 
 		 413 aa  535  1e-151  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000315106  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5407  serine hydroxymethyltransferase  62.2 
 
 		 413 aa  535  1e-151  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.91777e-61 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16130  Glycine hydroxymethyltransferase  63.73 
 
 		 412 aa  535  1e-151  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5165  serine hydroxymethyltransferase  61.95 
 
 		 414 aa  534  1e-150  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00104225  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4998  serine hydroxymethyltransferase  61.95 
 
 		 414 aa  532  1e-150  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  9.16492e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5015  serine hydroxymethyltransferase  61.95 
 
 		 414 aa  533  1e-150  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468931  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5114  serine hydroxymethyltransferase  61.95 
 
 		 413 aa  532  1e-150  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000619413  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2768  Glycine hydroxymethyltransferase  62.59 
 
 		 418 aa  533  1e-150  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1813  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 		 414 aa  534  1e-150  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1060  serine hydroxymethyltransferase  63.7 
 
 		 415 aa  533  1e-150  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.328734  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  60.98 
 
 		 412 aa  530  1e-149  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4177  serine hydroxymethyltransferase  61.46 
 
 		 413 aa  531  1e-149  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000212054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5513  serine hydroxymethyltransferase  61.71 
 
 		 413 aa  530  1e-149  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000594889  unclonable  1.27286e-25 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2082  serine hydroxymethyltransferase  62.77 
 
 		 419 aa  529  1e-149  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584892  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1719  serine hydroxymethyltransferase  61.8 
 
 		 412 aa  525  1e-148  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2149  serine hydroxymethyltransferase  61.07 
 
 		 412 aa  526  1e-148  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2390  serine hydroxymethyltransferase  61.22 
 
 		 416 aa  525  1e-148  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0832592 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2187  serine hydroxymethyltransferase  61.07 
 
 		 412 aa  526  1e-148  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0031  Glycine hydroxymethyltransferase  62.16 
 
 		 420 aa  526  1e-148  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0071  Glycine hydroxymethyltransferase  64.48 
 
 		 417 aa  522  1e-147  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.30135  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0810  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 		 414 aa  524  1e-147  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.210619  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1463  glycine hydroxymethyltransferase  60.54 
 
 		 415 aa  521  1e-146  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1008  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 		 413 aa  518  1e-146  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1680  serine hydroxymethyltransferase  60.25 
 
 		 412 aa  518  1e-146  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0745  serine hydroxymethyltransferase  59.61 
 
 		 415 aa  520  1e-146  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0573  serine hydroxymethyltransferase  61.82 
 
 		 417 aa  519  1e-146  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1241  glycine hydroxymethyltransferase  59.27 
 
 		 414 aa  518  1e-146  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3162  serine hydroxymethyltransferase  61.67 
 
 		 413 aa  514  1.0000000000000001e-145  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.243328  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3468  serine hydroxymethyltransferase  63.81 
 
 		 418 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.624379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2147  glycine hydroxymethyltransferase  63.9 
 
 		 415 aa  516  1.0000000000000001e-145  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0686  serine hydroxymethyltransferase  59.62 
 
 		 424 aa  513  1e-144  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.138461  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0902  serine hydroxymethyltransferase  61.48 
 
 		 416 aa  511  1e-144  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2187  serine hydroxymethyltransferase  59.02 
 
 		 417 aa  513  1e-144  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.911574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0841  glycine hydroxymethyltransferase  60.49 
 
 		 417 aa  512  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.33053  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0851  glycine hydroxymethyltransferase  60.88 
 
 		 419 aa  513  1e-144  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0407045  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0085  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 		 422 aa  511  1e-143  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2733  serine hydroxymethyltransferase  61.43 
 
 		 417 aa  509  1e-143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2928  serine hydroxymethyltransferase  60.88 
 
 		 417 aa  510  1e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2836  serine hydroxymethyltransferase  60.88 
 
 		 417 aa  511  1e-143  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.359128  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2744  serine hydroxymethyltransferase  60.64 
 
 		 417 aa  508  1e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2392  glycine hydroxymethyltransferase  59.17 
 
 		 415 aa  509  1e-143  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4712  serine hydroxymethyltransferase  60.49 
 
 		 417 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1912  serine hydroxymethyltransferase  60.1 
 
 		 430 aa  505  9.999999999999999e-143  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.637321  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0209  serine hydroxymethyltransferase  61.06 
 
 		 427 aa  506  9.999999999999999e-143  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40970  serine hydroxymethyltransferase  59.66 
 
 		 417 aa  505  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0023  serine hydroxymethyltransferase  61.56 
 
 		 436 aa  505  9.999999999999999e-143  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1155  serine hydroxymethyltransferase  57.27 
 
 		 436 aa  505  9.999999999999999e-143  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2858  serine hydroxymethyltransferase  57.32 
 
 		 412 aa  506  9.999999999999999e-143  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193114 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0207  serine hydroxymethyltransferase  61.06 
 
 		 427 aa  505  9.999999999999999e-143  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0322  serine hydroxymethyltransferase  60.74 
 
 		 417 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.457346  decreased coverage  0.0000286459 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1025  serine hydroxymethyltransferase  58.54 
 
 		 422 aa  503  1e-141  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0389  serine hydroxymethyltransferase  56.98 
 
 		 436 aa  503  1e-141  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285606 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  60.48 
 
 		 433 aa  501  1e-141  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5243  serine hydroxymethyltransferase  59.41 
 
 		 417 aa  502  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383038  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4877  serine hydroxymethyltransferase  58.92 
 
 		 417 aa  502  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.402887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  60.48 
 
 		 429 aa  501  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0417  serine hydroxymethyltransferase  58.94 
 
 		 420 aa  502  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0344  serine hydroxymethyltransferase  60.74 
 
 		 417 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.963128 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1851  serine hydroxymethyltransferase  60.34 
 
 		 417 aa  504  1e-141  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0345  serine hydroxymethyltransferase  60.74 
 
 		 417 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.911009 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1871  Glycine hydroxymethyltransferase  60 
 
 		 417 aa  504  1e-141  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0163056  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0759  serine hydroxymethyltransferase  58.78 
 
 		 417 aa  501  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60890  serine hydroxymethyltransferase  59.41 
 
 		 417 aa  503  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04405  serine hydroxymethyltransferase  60.34 
 
 		 417 aa  503  1e-141  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0671  serine hydroxymethyltransferase  58.44 
 
 		 417 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1468  serine hydroxymethyltransferase  58.41 
 
 		 423 aa  499  1e-140  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0461  serine hydroxymethyltransferase  59.51 
 
 		 417 aa  498  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2327  Glycine hydroxymethyltransferase  59.37 
 
 		 413 aa  498  1e-140  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000566706  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0702  serine hydroxymethyltransferase  58.44 
 
 		 417 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0603318  normal  0.0336909 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0703  serine hydroxymethyltransferase  58.44 
 
 		 417 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3274  serine hydroxymethyltransferase  65.27 
 
 		 412 aa  501  1e-140  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000462006  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4885  serine hydroxymethyltransferase  60.25 
 
 		 417 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.551008 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0373  serine hydroxymethyltransferase  60.25 
 
 		 419 aa  499  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.238829  normal  0.155765 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3262  serine hydroxymethyltransferase  59.71 
 
 		 454 aa  498  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2187  Glycine hydroxymethyltransferase  58.92 
 
 		 418 aa  500  1e-140  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>