More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2187 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2187  Glycine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 418 aa  867    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1442  serine hydroxymethyltransferase  60.59 
 
 		 416 aa  518  1e-146  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2928  serine hydroxymethyltransferase  60.84 
 
 		 417 aa  518  1e-146  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1607  serine hydroxymethyltransferase  59.41 
 
 		 415 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.203798  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1881  serine hydroxymethyltransferase  59.66 
 
 		 415 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.662029  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3102  serine hydroxymethyltransferase  59.9 
 
 		 415 aa  514  1.0000000000000001e-145  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00573934  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1377  glycine hydroxymethyltransferase  60.88 
 
 		 411 aa  517  1.0000000000000001e-145  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0307  serine hydroxymethyltransferase  59.32 
 
 		 414 aa  515  1.0000000000000001e-145  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.209874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1605  serine hydroxymethyltransferase  59.66 
 
 		 415 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0938811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2744  serine hydroxymethyltransferase  60.1 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0499  serine hydroxymethyltransferase  60.78 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.757005  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2836  serine hydroxymethyltransferase  60.59 
 
 		 417 aa  518  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.359128  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1748  serine hydroxymethyltransferase  60.88 
 
 		 413 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.207733  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1160  serine hydroxymethyltransferase  59.9 
 
 		 415 aa  513  1e-144  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.215239 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0810  serine hydroxymethyltransferase  61.86 
 
 		 414 aa  513  1e-144  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.210619  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16130  Glycine hydroxymethyltransferase  60.29 
 
 		 412 aa  509  1e-143  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2733  serine hydroxymethyltransferase  59.36 
 
 		 417 aa  510  1e-143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1264  serine hydroxymethyltransferase  59.42 
 
 		 426 aa  509  1e-143  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2768  Glycine hydroxymethyltransferase  64.23 
 
 		 418 aa  504  9.999999999999999e-143  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2187  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 		 412 aa  506  9.999999999999999e-143  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2149  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 		 412 aa  506  9.999999999999999e-143  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1932  serine hydroxymethyltransferase  59.17 
 
 		 415 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000167671  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1025  serine hydroxymethyltransferase  59.36 
 
 		 422 aa  504  1e-141  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1008  serine hydroxymethyltransferase  57.95 
 
 		 413 aa  503  1e-141  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0279  serine hydroxymethyltransferase  60 
 
 		 414 aa  501  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.681758  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1854  serine hydroxymethyltransferase  60.64 
 
 		 412 aa  501  1e-140  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4826  serine hydroxymethyltransferase  59.2 
 
 		 417 aa  500  1e-140  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020982  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1418  serine hydroxymethyltransferase  58.92 
 
 		 420 aa  500  1e-140  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0614522  normal  0.461409 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1617  serine hydroxymethyltransferase  61.19 
 
 		 414 aa  499  1e-140  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2082  serine hydroxymethyltransferase  59.71 
 
 		 419 aa  501  1e-140  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584892  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1719  serine hydroxymethyltransferase  59.02 
 
 		 412 aa  497  1e-139  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2147  glycine hydroxymethyltransferase  58.77 
 
 		 415 aa  495  1e-139  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  59.17 
 
 		 411 aa  498  1e-139  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000728494  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1060  serine hydroxymethyltransferase  59.36 
 
 		 415 aa  497  1e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.328734  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2165  serine hydroxymethyltransferase  57.59 
 
 		 414 aa  494  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.675395  normal  0.0470902 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  58.13 
 
 		 412 aa  497  1e-139  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3835  serine hydroxymethyltransferase  57.7 
 
 		 413 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00110618  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0031  Glycine hydroxymethyltransferase  57.46 
 
 		 420 aa  490  1e-137  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0729  serine hydroxymethyltransferase  58.21 
 
 		 415 aa  491  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5441  serine hydroxymethyltransferase  57.21 
 
 		 413 aa  488  1e-137  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000358223  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5438  serine hydroxymethyltransferase  57.21 
 
 		 413 aa  489  1e-137  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000338182  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1942  serine hydroxymethyltransferase  56.76 
 
 		 415 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2075  serine hydroxymethyltransferase  56.76 
 
 		 415 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2668  serine hydroxymethyltransferase  56.76 
 
 		 415 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3250  serine hydroxymethyltransferase  56.76 
 
 		 415 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0834  serine hydroxymethyltransferase  56.76 
 
 		 415 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3196  serine hydroxymethyltransferase  56.76 
 
 		 415 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1379  serine hydroxymethyltransferase  56.76 
 
 		 415 aa  490  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3097  serine hydroxymethyltransferase  59.17 
 
 		 412 aa  490  1e-137  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0175089 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0023  serine hydroxymethyltransferase  57.87 
 
 		 436 aa  488  1e-137  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2680  serine hydroxymethyltransferase  57.92 
 
 		 508 aa  488  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0323  serine hydroxymethyltransferase  57.49 
 
 		 415 aa  488  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2184  serine hydroxymethyltransferase  57.39 
 
 		 410 aa  489  1e-137  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5494  serine hydroxymethyltransferase  57.21 
 
 		 413 aa  488  1e-137  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000315106  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3234  serine hydroxymethyltransferase  56.76 
 
 		 415 aa  490  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0806  serine hydroxymethyltransferase  57.49 
 
 		 415 aa  488  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2311  Glycine hydroxymethyltransferase  56.37 
 
 		 466 aa  485  1e-136  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000314902  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4998  serine hydroxymethyltransferase  57.14 
 
 		 414 aa  486  1e-136  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  9.16492e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5015  serine hydroxymethyltransferase  57.39 
 
 		 414 aa  488  1e-136  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468931  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5114  serine hydroxymethyltransferase  56.97 
 
 		 413 aa  485  1e-136  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000619413  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0790  serine hydroxymethyltransferase  57.43 
 
 		 415 aa  486  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3895  serine hydroxymethyltransferase  57.97 
 
 		 415 aa  488  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0678  serine hydroxymethyltransferase  57.92 
 
 		 415 aa  487  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.478588 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2858  serine hydroxymethyltransferase  57.46 
 
 		 412 aa  486  1e-136  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193114 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0775  serine hydroxymethyltransferase  57.49 
 
 		 415 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0739852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3914  serine hydroxymethyltransferase  56.52 
 
 		 415 aa  487  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355744  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0700  serine hydroxymethyltransferase  57.73 
 
 		 431 aa  485  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0504784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4177  serine hydroxymethyltransferase  57.88 
 
 		 413 aa  486  1e-136  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000212054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0745  serine hydroxymethyltransferase  56.83 
 
 		 415 aa  485  1e-136  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1895  serine hydroxymethyltransferase  57.14 
 
 		 410 aa  486  1e-136  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1551  serine hydroxymethyltransferase  56.73 
 
 		 416 aa  487  1e-136  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2581  serine hydroxymethyltransferase  57.25 
 
 		 415 aa  486  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.848716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0683  serine hydroxymethyltransferase  57.73 
 
 		 431 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5407  serine hydroxymethyltransferase  56.97 
 
 		 413 aa  486  1e-136  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.91777e-61 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4955  glycine hydroxymethyltransferase  56.39 
 
 		 415 aa  482  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5165  serine hydroxymethyltransferase  56.9 
 
 		 414 aa  482  1e-135  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00104225  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0902  serine hydroxymethyltransferase  56.35 
 
 		 416 aa  483  1e-135  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0603  serine hydroxymethyltransferase  57.21 
 
 		 416 aa  483  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2754  serine hydroxymethyltransferase  58.42 
 
 		 415 aa  482  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2432  serine hydroxymethyltransferase  60.15 
 
 		 412 aa  482  1e-135  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.139104  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5558  serine hydroxymethyltransferase  56.72 
 
 		 413 aa  482  1e-135  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129833  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5513  serine hydroxymethyltransferase  56.72 
 
 		 413 aa  483  1e-135  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000594889  unclonable  1.27286e-25 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2927  serine hydroxymethyltransferase  57.25 
 
 		 415 aa  481  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1463  glycine hydroxymethyltransferase  56.5 
 
 		 415 aa  484  1e-135  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0722  serine hydroxymethyltransferase  57.67 
 
 		 436 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.59476  normal  0.142236 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3425  serine hydroxymethyltransferase  57.46 
 
 		 412 aa  479  1e-134  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2044  serine hydroxymethyltransferase  56.9 
 
 		 414 aa  481  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.110649  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40970  serine hydroxymethyltransferase  56.12 
 
 		 417 aa  480  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2992  serine hydroxymethyltransferase  56.66 
 
 		 414 aa  481  1e-134  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.802435  normal  0.346056 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2658  serine hydroxymethyltransferase  55.66 
 
 		 414 aa  478  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0261213  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3468  serine hydroxymethyltransferase  59.71 
 
 		 418 aa  481  1e-134  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.624379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3363  serine hydroxymethyltransferase  58.17 
 
 		 415 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1155  serine hydroxymethyltransferase  55.24 
 
 		 436 aa  479  1e-134  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1660  serine hydroxymethyltransferase  56.9 
 
 		 414 aa  481  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.445565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5200  serine hydroxymethyltransferase  58.21 
 
 		 415 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0765  serine hydroxymethyltransferase  57 
 
 		 415 aa  480  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186767  normal  0.156833 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0127  Glycine hydroxymethyltransferase  54.78 
 
 		 435 aa  480  1e-134  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3171  serine hydroxymethyltransferase  58.35 
 
 		 434 aa  476  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0295  serine hydroxymethyltransferase  56.93 
 
 		 414 aa  477  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2390  serine hydroxymethyltransferase  57.71 
 
 		 416 aa  477  1e-133  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0832592 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>