More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1411 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02173  predicted enolase  100 
 
 
405 aa  842    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1411  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
401 aa  841    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.697139  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2635  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  96.26 
 
 
401 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.944785 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3388  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  99.25 
 
 
401 aa  836    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2531  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  96.26 
 
 
401 aa  815    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.420884  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2427  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  96.26 
 
 
401 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1402  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
401 aa  841    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.25889  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2519  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  96.26 
 
 
401 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2389  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  99.75 
 
 
405 aa  840    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  96.26 
 
 
401 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.267716  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2401  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  99 
 
 
401 aa  835    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02132  hypothetical protein  100 
 
 
405 aa  842    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09220  Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  63.18 
 
 
394 aa  519  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.986442  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1207  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.94 
 
 
392 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1493  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  62.16 
 
 
395 aa  517  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.227667  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.5 
 
 
403 aa  513  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6403  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  62.44 
 
 
392 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.44 
 
 
392 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297392  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3399  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.44 
 
 
392 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.645647  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6636  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.44 
 
 
392 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.159226  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0636  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.84 
 
 
422 aa  509  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5689  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.25 
 
 
392 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.905556 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3468  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.69 
 
 
392 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128866 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1030  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  61.19 
 
 
392 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778904  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6625  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.7 
 
 
394 aa  495  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0174  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.03 
 
 
398 aa  425  1e-118  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.348827 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50672  hypothetical protein unknown function  43.04 
 
 
429 aa  337  2.9999999999999997e-91  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.482129 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05750  racemase, putative  43.47 
 
 
423 aa  318  1e-85  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0461425  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05672  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_7G04350)  41.96 
 
 
425 aa  317  3e-85  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0812172  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33.33 
 
 
390 aa  177  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.09 
 
 
372 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
401 aa  171  2e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  33.33 
 
 
391 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  33.33 
 
 
391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1685  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.21 
 
 
400 aa  157  3e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.322016  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.27 
 
 
390 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.56 
 
 
390 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.56 
 
 
390 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 
390 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.77 
 
 
390 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 
390 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.99 
 
 
390 aa  145  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.59 
 
 
390 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 
372 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.45 
 
 
391 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.79 
 
 
370 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2709  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29 
 
 
398 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0606445  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3926  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.56 
 
 
409 aa  130  3e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.17 
 
 
377 aa  126  9e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.08 
 
 
378 aa  124  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.82 
 
 
378 aa  121  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2579  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.6 
 
 
405 aa  119  7.999999999999999e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.81 
 
 
384 aa  119  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.87 
 
 
425 aa  118  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281448  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.23 
 
 
403 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.2 
 
 
411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.13 
 
 
373 aa  116  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0244  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.53 
 
 
383 aa  116  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0781522  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.65 
 
 
405 aa  115  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.96 
 
 
375 aa  115  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.69 
 
 
403 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.32 
 
 
389 aa  113  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.88 
 
 
423 aa  112  8.000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.51 
 
 
400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3671  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.07 
 
 
388 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.84 
 
 
375 aa  111  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.06 
 
 
388 aa  110  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  33.19 
 
 
362 aa  109  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.25 
 
 
398 aa  108  1e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  28.49 
 
 
393 aa  108  1e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3887  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.3 
 
 
393 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.54 
 
 
388 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.580739 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.48 
 
 
378 aa  108  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4153  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.3 
 
 
393 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.48 
 
 
387 aa  107  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.44 
 
 
392 aa  107  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.43 
 
 
381 aa  106  8e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3008  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.18 
 
 
417 aa  105  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334254  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.21 
 
 
387 aa  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.93 
 
 
378 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.4 
 
 
396 aa  103  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0977  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.4 
 
 
399 aa  103  5e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000913378  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.2 
 
 
386 aa  103  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4412  galactonate dehydratase  27.62 
 
 
375 aa  103  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.737612  normal  0.426328 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.03 
 
 
383 aa  102  9e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.2 
 
 
399 aa  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.851358  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.61 
 
 
382 aa  102  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.41 
 
 
368 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3574  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.18 
 
 
387 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410724  normal  0.113329 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6459  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.07 
 
 
377 aa  101  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0253922  hitchhiker  0.000000313702 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
377 aa  100  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.3 
 
 
369 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  31.71 
 
 
382 aa  100  5e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.88 
 
 
373 aa  100  6e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4577  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  27.33 
 
 
360 aa  100  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.145361  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.1 
 
 
405 aa  100  6e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4063  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.27 
 
 
399 aa  100  7e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.546488  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.9 
 
 
389 aa  99.8  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.88 
 
 
369 aa  99.8  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3046  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.32 
 
 
386 aa  99.8  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.958371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>