More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3574 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3574  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
387 aa  787    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410724  normal  0.113329 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0994  putative mandelate racemase / muconatelactonizing enzyme  50.78 
 
 
392 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973014  normal  0.486209 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4537  galactonate dehydratase  52.45 
 
 
385 aa  404  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2688  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.25 
 
 
393 aa  363  4e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1554  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.25 
 
 
393 aa  363  4e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.124139  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.94 
 
 
384 aa  203  4e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  34.73 
 
 
384 aa  203  5e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  34.66 
 
 
382 aa  202  8e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6937  galactonate dehydratase  38.61 
 
 
381 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00161206  normal  0.967512 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  35.17 
 
 
382 aa  199  7e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.68 
 
 
400 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.28 
 
 
392 aa  195  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  32.52 
 
 
381 aa  194  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4035  galactonate dehydratase  33.8 
 
 
382 aa  193  3e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2751  galactonate dehydratase  33.93 
 
 
382 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2990  galactonate dehydratase  33.25 
 
 
382 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.554919  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  33.16 
 
 
382 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  33.16 
 
 
382 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2580  galactonate dehydratase  33.25 
 
 
382 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  32.74 
 
 
382 aa  190  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  33.16 
 
 
382 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.75 
 
 
382 aa  189  9e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.37 
 
 
388 aa  187  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3848  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.61 
 
 
388 aa  187  3e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.161688 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.87 
 
 
381 aa  187  4e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  32.72 
 
 
382 aa  187  4e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  33.5 
 
 
378 aa  186  9e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  31.73 
 
 
382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.73 
 
 
382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  31.73 
 
 
382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  31.73 
 
 
382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  31.73 
 
 
382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  31.73 
 
 
382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.05 
 
 
382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3904  galactonate dehydratase  32.14 
 
 
382 aa  184  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  31.73 
 
 
382 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0025  galactonate dehydratase  33.52 
 
 
382 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  35.83 
 
 
382 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3772  galactonate dehydratase  31.57 
 
 
382 aa  183  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.451307 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  32.67 
 
 
382 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  32.67 
 
 
382 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  32.21 
 
 
502 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.39 
 
 
415 aa  182  8.000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  35.83 
 
 
382 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  32.51 
 
 
382 aa  181  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  33.97 
 
 
382 aa  182  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  31.95 
 
 
382 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  32.42 
 
 
382 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  32.33 
 
 
382 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  32.67 
 
 
382 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  32.42 
 
 
382 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  32.42 
 
 
382 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  30.99 
 
 
382 aa  180  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  32.33 
 
 
382 aa  180  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5329  galactonate dehydratase  32.66 
 
 
382 aa  180  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  32.33 
 
 
382 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00121  galactonate dehydratase  32.66 
 
 
382 aa  179  5.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220191  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.17 
 
 
388 aa  179  8e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  32.17 
 
 
382 aa  179  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  32.08 
 
 
382 aa  178  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  31.69 
 
 
382 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  32.08 
 
 
382 aa  178  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5013  galactonate dehydratase  32.1 
 
 
381 aa  177  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  32.08 
 
 
382 aa  178  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  32.08 
 
 
382 aa  178  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  31.66 
 
 
382 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1380  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.39 
 
 
381 aa  176  7e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2179  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.9 
 
 
382 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0507727  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1989  galactonate dehydratase  31.9 
 
 
401 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.217877  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  31.64 
 
 
382 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3948  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.41 
 
 
451 aa  174  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3665  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.34 
 
 
387 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0044  galactonate dehydratase  31.59 
 
 
382 aa  174  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.360565 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  32.33 
 
 
381 aa  173  5.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0951  galactonate dehydratase  31.9 
 
 
382 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1901  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.96 
 
 
395 aa  172  6.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4403  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32 
 
 
406 aa  172  7.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.73485  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2909  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.89 
 
 
415 aa  172  7.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.119891 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.88 
 
 
391 aa  172  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.36 
 
 
405 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.679243  normal  0.849067 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.84 
 
 
405 aa  171  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.02 
 
 
382 aa  170  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1036  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.17 
 
 
404 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1675  starvation sensing protein RspA  30.07 
 
 
404 aa  170  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1607  starvation sensing protein RspA  30.31 
 
 
404 aa  170  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1992  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.32 
 
 
405 aa  170  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.589725 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1834  starvation sensing protein RspA  30.07 
 
 
404 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.768737  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4867  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.72 
 
 
387 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.823236  normal  0.123267 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  30.42 
 
 
402 aa  169  7e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4500  starvation sensing protein  29.6 
 
 
404 aa  169  8e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.244455  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03730  D-mannonate dehydratase  30.32 
 
 
411 aa  169  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.723045 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.22 
 
 
404 aa  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0487555  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1667  starvation sensing protein RspA  29.83 
 
 
404 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4521  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.06 
 
 
406 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1616  starvation sensing protein RspA  30.07 
 
 
404 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0802  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.64 
 
 
404 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33.43 
 
 
386 aa  168  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.17 
 
 
404 aa  168  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2407  mandelate racemase/muconate-lactonizing protein  31.71 
 
 
409 aa  168  2e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360808  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.16 
 
 
403 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>