More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4063 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  96.99 
 
 		 399 aa  816    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.851358  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0192  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  81.95 
 
 		 399 aa  714    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4063  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 399 aa  834    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.546488  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0977  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.93 
 
 		 399 aa  632  1e-180  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000913378  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.18 
 
 		 399 aa  613  9.999999999999999e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5328  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.75 
 
 		 415 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.27 
 
 		 415 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1541  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C- domain protein  42.96 
 
 		 417 aa  360  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.315954  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0947  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.48 
 
 		 417 aa  358  7e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0680792  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.77 
 
 		 412 aa  345  6e-94  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.213701  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1377  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.63 
 
 		 438 aa  342  5e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.488669 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3948  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.12 
 
 		 451 aa  339  4e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1008  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.36 
 
 		 450 aa  338  8e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.570237  normal  0.309423 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4410  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.64 
 
 		 429 aa  320  1.9999999999999998e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.164749  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0909  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.99 
 
 		 433 aa  290  3e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.598164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3318  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.86 
 
 		 411 aa  290  3e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0708913 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07140  D-mannonate dehydratase  38.96 
 
 		 402 aa  288  8e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.06 
 
 		 404 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.06 
 
 		 404 aa  284  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0487555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0802  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.06 
 
 		 404 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1036  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.06 
 
 		 404 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1619  starvation-sensing protein RspA  36.82 
 
 		 404 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000210785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2407  mandelate racemase/muconate-lactonizing protein  37.25 
 
 		 409 aa  281  1e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1834  starvation sensing protein RspA  37.06 
 
 		 404 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.768737  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3278  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.45 
 
 		 403 aa  281  2e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0790  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.03 
 
 		 409 aa  281  2e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1675  starvation sensing protein RspA  37.06 
 
 		 404 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01550  predicted dehydratase  36.57 
 
 		 404 aa  280  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2062  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.57 
 
 		 404 aa  280  3e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0579559  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1654  starvation-sensing protein RspA  36.57 
 
 		 404 aa  280  3e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0315691  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2049  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.57 
 
 		 404 aa  280  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.362051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1788  starvation-sensing protein RspA  36.57 
 
 		 404 aa  280  3e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.533189  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01540  hypothetical protein  36.57 
 
 		 404 aa  280  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1607  starvation sensing protein RspA  36.82 
 
 		 404 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3563  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.57 
 
 		 404 aa  280  4e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.851149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1667  starvation sensing protein RspA  36.82 
 
 		 404 aa  279  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1616  starvation sensing protein RspA  37.06 
 
 		 404 aa  279  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01410  D-mannonate dehydratase  37.29 
 
 		 412 aa  279  7e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.57 
 
 		 404 aa  279  8e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4500  starvation sensing protein  35.82 
 
 		 404 aa  278  9e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.244455  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2974  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  38.4 
 
 		 403 aa  278  1e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0179307  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03730  D-mannonate dehydratase  36.65 
 
 		 411 aa  276  3e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.723045 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.06 
 
 		 403 aa  276  6e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1427  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.06 
 
 		 403 aa  275  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4132  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.44 
 
 		 407 aa  273  3e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0168136  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.87 
 
 		 404 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1424  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme  36.97 
 
 		 402 aa  273  5.000000000000001e-72  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1364  starvation sensing protein  36.97 
 
 		 402 aa  273  5.000000000000001e-72  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.185612  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2983  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.41 
 
 		 411 aa  273  6e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0331585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0504  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.54 
 
 		 409 aa  272  6e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.82 
 
 		 405 aa  272  9e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.21 
 
 		 402 aa  272  1e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0037  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.07 
 
 		 403 aa  270  2.9999999999999997e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0048  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.31 
 
 		 405 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.396103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4403  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.18 
 
 		 406 aa  269  8e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.73485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.22 
 
 		 403 aa  268  8.999999999999999e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0553665 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1889  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.91 
 
 		 402 aa  268  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0204033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.41 
 
 		 402 aa  266  5e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4722  Galactonate dehydratase  36.88 
 
 		 402 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44454  normal  0.932737 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2883  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.12 
 
 		 403 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0617503  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3978  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  37.24 
 
 		 403 aa  264  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.610383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1693  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.15 
 
 		 402 aa  262  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.721451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1064  galactokinase  35.66 
 
 		 402 aa  260  3e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03854  starvation sensing protein  36.91 
 
 		 419 aa  259  6e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  35.98 
 
 		 402 aa  259  6e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0510  starvation sensing protein RspA  37.16 
 
 		 402 aa  259  7e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.631035  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2096  starvation sensing protein RspA  37.16 
 
 		 402 aa  259  7e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2001  starvation sensing protein RspA  37.16 
 
 		 402 aa  259  7e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5132  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.97 
 
 		 402 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3561  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.34 
 
 		 431 aa  257  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2128  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.72 
 
 		 402 aa  257  3e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  36.72 
 
 		 423 aa  257  3e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0398096  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.36 
 
 		 402 aa  255  9e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316488  normal  0.738385 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0766  starvation sensing protein RspA  36.66 
 
 		 402 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0583  starvation sensing protein RspA  36.66 
 
 		 402 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0980874  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0694  starvation sensing protein RspA  36.66 
 
 		 402 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.58786  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1648  starvation sensing protein RspA  36.66 
 
 		 402 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3675  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.32 
 
 		 402 aa  240  2.9999999999999997e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468042  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.65 
 
 		 382 aa  176  9e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.41 
 
 		 384 aa  168  1e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  29.1 
 
 		 384 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0044  galactonate dehydratase  29.95 
 
 		 382 aa  166  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.360565 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  29.7 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  29.7 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.7 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  29.7 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  29.7 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3904  galactonate dehydratase  29.7 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  29.7 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  29.7 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  29.21 
 
 		 382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  29.21 
 
 		 382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.13 
 
 		 388 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  29.21 
 
 		 382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  30.4 
 
 		 382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  28.64 
 
 		 382 aa  164  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0025  galactonate dehydratase  30.11 
 
 		 382 aa  164  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4537  galactonate dehydratase  30.77 
 
 		 385 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.9 
 
 		 382 aa  161  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  29.89 
 
 		 382 aa  160  4e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>