More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1207 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  82.65 
 
 
403 aa  684    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5689  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  92.56 
 
 
392 aa  755    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.905556 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3468  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  89.54 
 
 
392 aa  743    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128866 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  84.44 
 
 
392 aa  696    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297392  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1493  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  84.87 
 
 
395 aa  698    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.227667  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6625  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  79.19 
 
 
394 aa  669    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1030  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  91.82 
 
 
392 aa  752    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778904  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09220  Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  82.49 
 
 
394 aa  685    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.986442  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6403  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  84.18 
 
 
392 aa  695    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3399  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  84.69 
 
 
392 aa  698    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.645647  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6636  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  84.18 
 
 
392 aa  695    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.159226  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0636  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  82.7 
 
 
422 aa  681    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1207  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
392 aa  811    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2401  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  61.94 
 
 
401 aa  519  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2427  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  62.19 
 
 
401 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2519  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  62.19 
 
 
401 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  62.19 
 
 
401 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.267716  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2635  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  62.19 
 
 
401 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.944785 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2389  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  62.19 
 
 
405 aa  519  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02173  predicted enolase  61.94 
 
 
405 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1411  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.94 
 
 
401 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.697139  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1402  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.94 
 
 
401 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.25889  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02132  hypothetical protein  61.94 
 
 
405 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2531  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  61.94 
 
 
401 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.420884  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3388  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  61.94 
 
 
401 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0174  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.04 
 
 
398 aa  500  1e-140  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.348827 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50672  hypothetical protein unknown function  48.59 
 
 
429 aa  390  1e-107  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.482129 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05672  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_7G04350)  49.11 
 
 
425 aa  377  1e-103  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0812172  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05750  racemase, putative  46.17 
 
 
423 aa  365  1e-100  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0461425  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.42 
 
 
401 aa  231  1e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.58 
 
 
390 aa  210  3e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3926  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.08 
 
 
409 aa  204  2e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.76 
 
 
390 aa  199  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  36.15 
 
 
391 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  36.15 
 
 
391 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  35.29 
 
 
390 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.5 
 
 
390 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.29 
 
 
390 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.21 
 
 
390 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.62 
 
 
390 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.21 
 
 
390 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.59 
 
 
390 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1685  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.96 
 
 
400 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.322016  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.21 
 
 
372 aa  176  4e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2709  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.02 
 
 
398 aa  176  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0606445  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.27 
 
 
391 aa  172  6.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.77 
 
 
372 aa  162  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.9 
 
 
370 aa  156  7e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.36 
 
 
378 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.44 
 
 
389 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.81 
 
 
389 aa  150  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.79 
 
 
388 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.22 
 
 
384 aa  147  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.4 
 
 
386 aa  147  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.21 
 
 
403 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.29 
 
 
373 aa  144  3e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.49 
 
 
377 aa  144  4e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.76 
 
 
368 aa  143  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.73 
 
 
387 aa  142  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3671  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.22 
 
 
388 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.77 
 
 
373 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.67 
 
 
388 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.580739 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.61 
 
 
403 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.94 
 
 
389 aa  139  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  30.86 
 
 
362 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.57 
 
 
398 aa  132  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.7 
 
 
377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.55 
 
 
387 aa  130  6e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.75 
 
 
378 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.77 
 
 
375 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.91 
 
 
390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.38 
 
 
381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  33.94 
 
 
382 aa  127  3e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.17 
 
 
423 aa  126  6e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.47 
 
 
405 aa  126  6e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.36 
 
 
370 aa  126  6e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.61 
 
 
370 aa  126  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3046  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.11 
 
 
386 aa  126  7e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.958371  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.8 
 
 
384 aa  126  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.14 
 
 
375 aa  125  9e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.7 
 
 
384 aa  125  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.3 
 
 
411 aa  125  1e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.29 
 
 
374 aa  123  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.63 
 
 
392 aa  122  8e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
379 aa  122  9e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  29.11 
 
 
384 aa  122  9.999999999999999e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.21 
 
 
382 aa  122  9.999999999999999e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.31 
 
 
369 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.39 
 
 
378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.06 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.61 
 
 
369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.51 
 
 
371 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  28.42 
 
 
383 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.43 
 
 
381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  27.94 
 
 
393 aa  120  6e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30 
 
 
369 aa  119  7e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  29.53 
 
 
382 aa  119  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.71 
 
 
372 aa  119  7e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.55 
 
 
367 aa  119  7.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2579  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.39 
 
 
405 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>