174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2543 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2543  putative binding protein  100 
 
 
352 aa  701    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.721383 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3168  ABC transporter, periplasmic binding protein  48.7 
 
 
343 aa  301  2e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3906  WD-40 repeat-containing protein  48.7 
 
 
343 aa  301  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3098  hypothetical protein  27.27 
 
 
364 aa  86.3  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.616034 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3124  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.57 
 
 
362 aa  85.1  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.45434  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2986  NMT1/THI5 like domain protein  27.27 
 
 
354 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0769  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.21 
 
 
354 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3175  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.42 
 
 
367 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311198  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7630  hypothetical protein  26.92 
 
 
363 aa  74.7  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.958132  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  28.51 
 
 
371 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  28.03 
 
 
674 aa  71.2  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  24.12 
 
 
360 aa  70.1  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2117  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  26.25 
 
 
342 aa  70.1  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  29.95 
 
 
330 aa  68.6  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4355  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  25.91 
 
 
334 aa  68.2  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.0000418029  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1170  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  25.93 
 
 
356 aa  68.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0662412  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  23.33 
 
 
343 aa  63.9  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.17 
 
 
1075 aa  62.8  0.000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.94 
 
 
338 aa  62.8  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2733  NMT1/THI5 like domain protein  25.39 
 
 
349 aa  62  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.546218  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  27.46 
 
 
328 aa  60.8  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1093  twin-arginine translocation pathway signal  28.31 
 
 
346 aa  60.8  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4595  NMT1/THI5 like domain protein  25.16 
 
 
323 aa  60.5  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  25.35 
 
 
349 aa  59.7  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5403  hypothetical protein  30.88 
 
 
329 aa  58.9  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164568  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  25.6 
 
 
593 aa  58.2  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2868  NMT1/THI5 like domain protein  26.18 
 
 
364 aa  58.2  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.51119  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2641  alkanesulfonates-binding protein  29.08 
 
 
328 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.245447  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4269  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.13 
 
 
341 aa  57.8  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.933987  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2312  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  25.75 
 
 
328 aa  57  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.355114  hitchhiker  0.0000000431055 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0785  putative ABC transporter, substrate-binding protein  21.15 
 
 
333 aa  57  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.299641  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  32.3 
 
 
334 aa  57  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0288  NMT1/THI5 like domain protein  27.2 
 
 
327 aa  57  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.133462  hitchhiker  0.0000957197 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  32.3 
 
 
334 aa  57  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0798  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  20.83 
 
 
333 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0638  ABC transporter, substrate-binding protein  20.83 
 
 
333 aa  56.6  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4102  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.43 
 
 
336 aa  56.6  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000394257 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2931  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  28.57 
 
 
328 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4546  putative ABC transporter, substrate-binding protein  20.83 
 
 
333 aa  56.6  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0574771  normal  0.650232 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0882  putative ABC transporter, substrate-binding protein  20.83 
 
 
333 aa  56.2  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00238227  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2065  NMT1/THI5 like domain protein  24.52 
 
 
327 aa  56.2  0.0000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.411496  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2967  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  28.57 
 
 
328 aa  56.2  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.588828  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0638  ABC transporter, substrate-binding protein  20.83 
 
 
333 aa  56.2  0.0000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2349  NMT1/THI5 like domain protein  24.83 
 
 
333 aa  56.2  0.0000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2098  NMT1/THI5 like domain protein  34.78 
 
 
359 aa  56.2  0.0000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2960  sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein, putative  30 
 
 
328 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.641077  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0805  putative ABC transporter, substrate-binding protein  20.83 
 
 
333 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5096200000000002e-46 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1882  NMT1/THI5 like domain-containing protein  34.78 
 
 
361 aa  55.8  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.4783 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.62 
 
 
331 aa  55.8  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5921  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.64 
 
 
302 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  0.23339 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0694  ABC transporter substrate-binding protein  20.83 
 
 
333 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2920  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  30 
 
 
328 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.10374e-18 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0728  ABC transporter substrate-binding protein  20.83 
 
 
333 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.245129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  28.07 
 
 
348 aa  55.5  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0666  NMT1/THI5 like domain protein  23.7 
 
 
359 aa  55.5  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2664  alkanesulfonates-binding protein  30 
 
 
328 aa  54.3  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760849  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3878  membrane lipoprotein lipid attachment site  26.36 
 
 
339 aa  54.3  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0644  NMT1/THI5-like domain-containing protein  21.15 
 
 
333 aa  54.3  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2620  NMT1/THI5 like domain protein  24.09 
 
 
328 aa  53.5  0.000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.985405  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2713  sulfonate ABC transporter sulfonate-binding protein  29.33 
 
 
328 aa  53.1  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.38086  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2921  sulfonate ABC transporter sulfonate-binding protein  29.33 
 
 
328 aa  53.1  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 
340 aa  53.1  0.000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1084  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  25.42 
 
 
340 aa  53.1  0.000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0619  NMT1/THI5 like domain protein  24.01 
 
 
339 aa  53.1  0.000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0121  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  24.63 
 
 
356 aa  52.4  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30906  predicted protein  27.27 
 
 
339 aa  52.4  0.00001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.407472  normal  0.0307188 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1999  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28 
 
 
331 aa  52.4  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1138  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.98 
 
 
345 aa  52.4  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.847412  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4526  NMT1/THI5-like domain-containing protein  21.64 
 
 
336 aa  52.4  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.600337  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  25.45 
 
 
332 aa  51.2  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5352  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.83 
 
 
329 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  29.92 
 
 
326 aa  51.2  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  23.73 
 
 
354 aa  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5441  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.83 
 
 
329 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.558403 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5731  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.83 
 
 
329 aa  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1836  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transport systems, periplasmic component  24.03 
 
 
340 aa  51.6  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2789  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.43 
 
 
330 aa  51.6  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2778  NMT1/THI5 like domain protein  25.24 
 
 
325 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08009  thiamine biosynthesis protein (Eurofung)  28.48 
 
 
341 aa  50.8  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.504438  normal  0.187766 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  22.66 
 
 
1065 aa  51.2  0.00003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34300  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  28.1 
 
 
319 aa  50.8  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2129  hypothetical protein  28.51 
 
 
341 aa  51.2  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0615  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.85 
 
 
333 aa  50.8  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3110  twin-arginine translocation pathway signal  24.92 
 
 
346 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  25.95 
 
 
340 aa  50.4  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  25.84 
 
 
344 aa  50.4  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1075  NMT1/THI5 like domain-containing protein  25 
 
 
325 aa  50.4  0.00005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.469481 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3755  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.19 
 
 
335 aa  50.1  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.91 
 
 
915 aa  49.7  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11510  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  23.28 
 
 
336 aa  49.7  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000048144  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1211  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.29 
 
 
321 aa  49.7  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  22.34 
 
 
328 aa  49.3  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2052  NMT1/THI5 like domain protein  26.55 
 
 
340 aa  48.9  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.196348  normal  0.0508257 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3204  membrane lipoprotein lipid attachment site  24.36 
 
 
336 aa  48.9  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0443411  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1180  putative ABC transporter, periplasmic protein  25.23 
 
 
323 aa  49.3  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40070  periplasmic sulfonate-binding protein of ABC transporter  27.54 
 
 
320 aa  48.9  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4555  NMT1/THI5 like domain protein  29.11 
 
 
337 aa  48.9  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  24.74 
 
 
361 aa  48.9  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2293  membrane lipoprotein lipid attachment site  25 
 
 
336 aa  48.9  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3812  NMT1/THI5 like domain protein  25.98 
 
 
365 aa  48.9  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.424332 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>