68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1170 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1170  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 
356 aa  722    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0662412  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3098  hypothetical protein  25.6 
 
 
364 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.616034 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0769  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.23 
 
 
354 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7630  hypothetical protein  26.67 
 
 
363 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.958132  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3175  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.97 
 
 
367 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311198  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2986  NMT1/THI5 like domain protein  24.78 
 
 
354 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3124  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.19 
 
 
362 aa  94.4  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.45434  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3168  ABC transporter, periplasmic binding protein  27.07 
 
 
343 aa  69.3  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3906  WD-40 repeat-containing protein  27.07 
 
 
343 aa  69.3  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2543  putative binding protein  25.93 
 
 
352 aa  67.8  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.721383 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  28.39 
 
 
348 aa  58.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  28.64 
 
 
344 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4355  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  22.65 
 
 
334 aa  57.4  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.0000418029  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  30.18 
 
 
341 aa  53.9  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 
340 aa  53.9  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5012  ABC transporter substrate-binding protein  26.49 
 
 
343 aa  53.9  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4459  NMT1/THI5 like domain protein  29.73 
 
 
335 aa  53.5  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0725563  normal  0.370588 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4593  NMT1/THI5 like domain protein  29.73 
 
 
335 aa  53.5  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  45.33 
 
 
334 aa  52.8  0.000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  45.33 
 
 
334 aa  52.8  0.000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2219  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  26.32 
 
 
341 aa  52.4  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0766615  normal  0.160433 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.67 
 
 
338 aa  52.4  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  32.46 
 
 
349 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  32.46 
 
 
349 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0857  putative nitrate transport protein NrtA  26.01 
 
 
353 aa  52  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1757  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  26.32 
 
 
346 aa  51.2  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.502422  normal  0.0158469 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3678  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  26.32 
 
 
344 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.987849 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2117  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  26.83 
 
 
342 aa  51.2  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  29.59 
 
 
340 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0363  putative sulfonate/nitrate/taurine transport system substrate-binding protein  26.92 
 
 
317 aa  50.8  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4151  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.32 
 
 
344 aa  50.8  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  0.147422 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  29.59 
 
 
341 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  22.7 
 
 
343 aa  50.4  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  28.16 
 
 
349 aa  50.1  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4254  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  25.49 
 
 
344 aa  49.7  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000917513  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0815  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  22.54 
 
 
326 aa  49.7  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4112  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  25.49 
 
 
344 aa  49.7  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.463971  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3263  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.49 
 
 
344 aa  49.7  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0622389  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  31.93 
 
 
349 aa  48.9  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2165  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  28.89 
 
 
345 aa  48.5  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  27.23 
 
 
346 aa  48.1  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  24.05 
 
 
354 aa  47.8  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  25.95 
 
 
332 aa  47.4  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3362  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.11 
 
 
332 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0884862  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  27.57 
 
 
340 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.17 
 
 
344 aa  46.6  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0117  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.45 
 
 
347 aa  46.6  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3812  NMT1/THI5 like domain protein  25.32 
 
 
365 aa  46.6  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3869  NMT1/THI5 like domain protein  26.62 
 
 
337 aa  46.2  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.478553  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.84 
 
 
346 aa  45.8  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  30.29 
 
 
361 aa  45.4  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 
347 aa  45.4  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 
347 aa  45.8  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  34.41 
 
 
333 aa  45.8  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2673  putative ABC transporter, substrate binding protein  29.41 
 
 
326 aa  46.2  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.416834  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4336  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.17 
 
 
344 aa  46.2  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379972  normal  0.507879 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  27.88 
 
 
371 aa  45.8  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1820  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  30.5 
 
 
327 aa  45.1  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0934  ABC related periplasmic binding protein  41.67 
 
 
330 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3865  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  42.86 
 
 
330 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  30.32 
 
 
332 aa  44.3  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  25.68 
 
 
342 aa  43.5  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2286  phosphonate ABC transporter, phosphonate-binding protein  34.15 
 
 
318 aa  43.5  0.006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.00000000000165538  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3267  taurine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.71 
 
 
356 aa  43.5  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471303 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1570  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 
353 aa  43.1  0.007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  30.98 
 
 
332 aa  43.1  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0129  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  35.8 
 
 
318 aa  42.7  0.009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0134  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  35.8 
 
 
318 aa  42.7  0.009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>