More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1496 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET1614  homocitrate synthase  97.59 
 
 		 415 aa  841    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.989328  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1496  2-isopropylmalate/homocitrate/Re-citrate synthase  100 
 
 		 415 aa  852    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.115829  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1360  2-isopropylmalate synthase  96.39 
 
 		 415 aa  829    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000911015  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0401  pyruvate carboxyltransferase  59.8 
 
 		 416 aa  491  1e-137  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.3494 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  39.55 
 
 		 382 aa  242  7.999999999999999e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  39.44 
 
 		 381 aa  232  1e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  36.29 
 
 		 383 aa  229  8e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  36.25 
 
 		 377 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  37.37 
 
 		 380 aa  217  4e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  35.84 
 
 		 387 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  36.08 
 
 		 381 aa  211  2e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  37.4 
 
 		 383 aa  210  4e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  35.93 
 
 		 386 aa  209  1e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  35.09 
 
 		 385 aa  204  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  35.58 
 
 		 383 aa  200  3.9999999999999996e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  35.98 
 
 		 382 aa  199  7e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  35.88 
 
 		 383 aa  199  7.999999999999999e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  33.58 
 
 		 377 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  33.58 
 
 		 377 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  34.74 
 
 		 382 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  32.67 
 
 		 378 aa  197  3e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  35.56 
 
 		 390 aa  197  3e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  33.25 
 
 		 372 aa  194  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  35.53 
 
 		 383 aa  194  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  33.5 
 
 		 377 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  35.71 
 
 		 400 aa  189  9e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  33.83 
 
 		 380 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  33.33 
 
 		 389 aa  184  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  31.59 
 
 		 377 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  31.11 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  31.91 
 
 		 377 aa  178  2e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  32.43 
 
 		 384 aa  176  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  33.61 
 
 		 492 aa  173  5e-42  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0279  homocitrate synthase  33.17 
 
 		 381 aa  172  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  33.33 
 
 		 492 aa  171  2e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  33.77 
 
 		 394 aa  170  5e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  32.79 
 
 		 492 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  31.99 
 
 		 492 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  31.55 
 
 		 397 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2715  2-isopropylmalate synthase  34.76 
 
 		 520 aa  162  8.000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2310  homocitrate synthase  31.98 
 
 		 395 aa  162  9e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1743  2-isopropylmalate synthase  32.52 
 
 		 510 aa  162  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.461114  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  31.46 
 
 		 392 aa  161  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  32.22 
 
 		 378 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0745  2-isopropylmalate synthase  32.97 
 
 		 524 aa  161  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1070  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  33.42 
 
 		 505 aa  160  3e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3405  2-isopropylmalate synthase  32.35 
 
 		 520 aa  160  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3535  2-isopropylmalate synthase  32.35 
 
 		 520 aa  160  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2936  2-isopropylmalate synthase  32.35 
 
 		 520 aa  160  4e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1391  2-isopropylmalate synthase  33.33 
 
 		 511 aa  160  4e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  33.61 
 
 		 492 aa  159  8e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  32.91 
 
 		 378 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  32.74 
 
 		 386 aa  158  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  32.74 
 
 		 386 aa  158  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1329  2-isopropylmalate synthase  32.34 
 
 		 527 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  29.87 
 
 		 377 aa  156  7e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  30.35 
 
 		 413 aa  156  8e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2516  2-isopropylmalate synthase  31.73 
 
 		 511 aa  156  8e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0190  pyruvate carboxyltransferase  32.85 
 
 		 393 aa  155  9e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  32.48 
 
 		 393 aa  154  2e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1258  homocitrate synthase  32.28 
 
 		 390 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0632  2-isopropylmalate synthase  32.88 
 
 		 525 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.310101  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0306  2-isopropylmalate synthase  34.05 
 
 		 503 aa  153  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.168492 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0982  pyruvate carboxyltransferase  31.63 
 
 		 389 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.952279  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7741  homocitrate synthase  31 
 
 		 378 aa  153  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0079  2-isopropylmalate synthase  32.51 
 
 		 523 aa  153  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999327 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00076  2-isopropylmalate synthase  32.51 
 
 		 523 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3524  2-isopropylmalate synthase  32.51 
 
 		 523 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00075  hypothetical protein  32.51 
 
 		 523 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0068  2-isopropylmalate synthase  32.51 
 
 		 523 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0077  2-isopropylmalate synthase  32.51 
 
 		 523 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3583  2-isopropylmalate synthase  32.51 
 
 		 523 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000384081 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0079  2-isopropylmalate synthase  32.51 
 
 		 523 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  29.87 
 
 		 390 aa  152  7e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0081  2-isopropylmalate synthase  32.51 
 
 		 523 aa  153  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4208  2-isopropylmalate synthase  32.66 
 
 		 526 aa  152  8.999999999999999e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2112  2-isopropylmalate synthase  33.09 
 
 		 524 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2796  2-isopropylmalate synthase  31.71 
 
 		 520 aa  152  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.731216 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1485  2-isopropylmalate synthase  32.43 
 
 		 524 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.221108 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1791  2-isopropylmalate synthase  31.25 
 
 		 514 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.265436 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  32.27 
 
 		 376 aa  152  1e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0622  2-isopropylmalate synthase  31.97 
 
 		 523 aa  152  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0282494 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0596  2-isopropylmalate synthase  31.83 
 
 		 532 aa  152  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2259  2-isopropylmalate synthase  32.84 
 
 		 524 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.044795  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0384  2-isopropylmalate synthase  31.93 
 
 		 513 aa  152  1e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0594  2-isopropylmalate synthase  32.33 
 
 		 524 aa  151  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2666  2-isopropylmalate synthase  32.25 
 
 		 521 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2901  2-isopropylmalate synthase  32.09 
 
 		 520 aa  151  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.162698 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2674  2-isopropylmalate synthase  32.09 
 
 		 520 aa  152  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  0.154507 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  30.42 
 
 		 384 aa  150  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0367  2-isopropylmalate synthase  31.68 
 
 		 513 aa  150  3e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3330  2-isopropylmalate synthase  32.59 
 
 		 524 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3235  2-isopropylmalate synthase  31.12 
 
 		 521 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.134931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1190  2-isopropylmalate synthase  32.01 
 
 		 503 aa  150  3e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.636554  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3607  2-isopropylmalate synthase  32.14 
 
 		 532 aa  150  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3795  2-isopropylmalate synthase  31.87 
 
 		 532 aa  150  5e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  30.9 
 
 		 379 aa  150  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0125  2-isopropylmalate synthase  32.51 
 
 		 523 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.16499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0129  2-isopropylmalate synthase  32.51 
 
 		 523 aa  149  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0122  2-isopropylmalate synthase  32.51 
 
 		 523 aa  149  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.624748  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>