More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6890 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6890  ABC transporter related  100 
 
 
226 aa  461  1e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.430612 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3012  ABC transporter related  65.74 
 
 
217 aa  296  2e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.134737 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0341  ABC transporter related  63.93 
 
 
226 aa  288  5.0000000000000004e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08621  lipoprotein releasing system ATP-binding protein  61.99 
 
 
222 aa  282  3.0000000000000004e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0759  hypothetical protein  61.57 
 
 
231 aa  277  7e-74  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0982  ABC transporter related protein  61.03 
 
 
220 aa  268  4e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.452379 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2735  ABC transporter related  63.08 
 
 
223 aa  258  5.0000000000000005e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.31749  normal  0.728727 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2233  ABC-type lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  62.19 
 
 
201 aa  258  6e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.991286 
 
 
-
 
NC_002950  PG1692  ABC transporter, ATP-binding protein  55.5 
 
 
219 aa  248  6e-65  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.623229 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003991  lipoprotein releasing system ATP-binding protein LolD  53.18 
 
 
235 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01531  hypothetical protein  52.73 
 
 
235 aa  237  9e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1456  ABC transporter related  51.35 
 
 
256 aa  236  2e-61  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.00934987  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1576  ABC transporter related  52.51 
 
 
223 aa  236  3e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1577  ABC transporter related  52.91 
 
 
226 aa  235  4e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.039457 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1480  ATPase  53.57 
 
 
235 aa  235  5.0000000000000005e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2396  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  53.92 
 
 
239 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.261186  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3422  ABC transporter related  52.73 
 
 
224 aa  234  6e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0838  ABC transporter related protein  52.27 
 
 
224 aa  234  7e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3238  ABC transporter related  53.42 
 
 
223 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0758948  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1632  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  52.47 
 
 
233 aa  232  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.961804  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2174  lipoprotein releasing system ATP-binding protein  52.73 
 
 
227 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638459  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0860  ABC transporter-related protein  52.02 
 
 
228 aa  232  4.0000000000000004e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0674344  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25440  putative lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  52.27 
 
 
227 aa  230  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0693  lipoprotein-releasing system ATP-binding protein  52.66 
 
 
238 aa  229  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.359  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0461  ABC transporter-related protein  53.73 
 
 
227 aa  230  2e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.880159  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1546  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  52.27 
 
 
238 aa  230  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0365689  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1333  lipoprotein releasing system ATP-binding protein LolD  53.92 
 
 
229 aa  230  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0369942  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2530  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  52.23 
 
 
233 aa  228  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457106  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1239  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  52.23 
 
 
233 aa  228  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000767258  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2009  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  52.23 
 
 
233 aa  228  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.56693  normal  0.0495903 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14700  lipoprotein-releasing ABC transporter  52.7 
 
 
232 aa  228  4e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.072484  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2484  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  52.23 
 
 
233 aa  228  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000399068  normal  0.0488273 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1239  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  52.23 
 
 
233 aa  228  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000867827  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01113  outer membrane-specific lipoprotein transporter subunit  52.23 
 
 
233 aa  228  5e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2206  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  52.23 
 
 
233 aa  228  5e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.165489  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01121  hypothetical protein  52.23 
 
 
233 aa  228  5e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1708  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  52.07 
 
 
234 aa  228  8e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000319183  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1601  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  52.07 
 
 
234 aa  227  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000492682  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2862  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  52.07 
 
 
234 aa  227  1e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.228509  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3973  ABC transporter related protein  53.33 
 
 
275 aa  227  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155103  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1497  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  52.23 
 
 
233 aa  227  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000137035  normal  0.884927 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1810  putative ATP-binding component of ABC transporter  51.71 
 
 
228 aa  226  2e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.512088  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2002  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  50.67 
 
 
234 aa  225  4e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.286552  normal  0.0212812 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2670  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  50.23 
 
 
233 aa  225  5.0000000000000005e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1739  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  49.77 
 
 
228 aa  225  5.0000000000000005e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.221594 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2358  ABC transporter-related protein  51.35 
 
 
225 aa  224  6e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816057 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1733  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  50.69 
 
 
253 aa  224  6e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000305672  normal  0.724903 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02358  ABC transporter ATP-binding subunit  51.6 
 
 
242 aa  224  6e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000106167  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1677  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  56.06 
 
 
233 aa  224  8e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000705959  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2155  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  52.75 
 
 
231 aa  224  9e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1905  ABC transporter  53.18 
 
 
232 aa  223  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.030671  hitchhiker  0.00477686 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3446  ABC transporter, ATP-binding protein  48.6 
 
 
227 aa  224  1e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00000000207745  normal  0.0995359 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1796  ABC transporter related protein  53.74 
 
 
229 aa  223  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2150  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  50.89 
 
 
233 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166466  hitchhiker  0.000506788 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2258  lipoprotein releasing system ATP-binding protein LolD  50.69 
 
 
230 aa  223  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2476  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  49.78 
 
 
235 aa  223  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3858  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  51.6 
 
 
232 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1318  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  50.89 
 
 
233 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.113611  hitchhiker  0.00161216 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1333  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  50.89 
 
 
233 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00479967 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1295  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  50.89 
 
 
233 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0289168  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1966  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  50.89 
 
 
233 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00198197  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1633  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  50.23 
 
 
233 aa  222  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00322127  normal  0.820935 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2784  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  50.22 
 
 
235 aa  223  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0359571  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2830  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  50.22 
 
 
231 aa  223  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0931795  normal  0.0149457 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1473  ABC transporter, ATP-binding protein  50.23 
 
 
228 aa  222  3e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2286  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  50.23 
 
 
253 aa  222  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00104581  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1439  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  50.45 
 
 
236 aa  222  4.9999999999999996e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.239297 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2110  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein LolD  52.73 
 
 
227 aa  221  7e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.327519  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3587  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  51.82 
 
 
232 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1672  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  51.82 
 
 
232 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.50356  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2155  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  51.82 
 
 
232 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.390667  normal  0.080358 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2397  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  48.43 
 
 
232 aa  220  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0175  ABC transporter related  49.77 
 
 
226 aa  220  9.999999999999999e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0570775  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0425  ABC transporter related  52.74 
 
 
234 aa  220  9.999999999999999e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1813  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  49.77 
 
 
253 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0357978  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1366  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  54.55 
 
 
230 aa  220  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1696  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  51.36 
 
 
232 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0743106 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1608  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  51.36 
 
 
237 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.109115  normal  0.0760989 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2238  hypothetical protein  48.86 
 
 
227 aa  219  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2210  hypothetical protein  48.86 
 
 
227 aa  220  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3744  ABC transporter related  52.74 
 
 
230 aa  219  1.9999999999999999e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.319618  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0943  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  48.85 
 
 
227 aa  218  3.9999999999999997e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2202  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.98 
 
 
227 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.15426 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2269  ABC transporter, ATP-binding protein  51.4 
 
 
224 aa  218  5e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1685  ABC transporter related  51.57 
 
 
237 aa  218  5e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.000000384234  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1814  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  46.96 
 
 
236 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0451036  normal  0.0825777 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5400  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  50.23 
 
 
238 aa  217  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122098  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0782  ABC lipoprotein exporter, ATPase subunit, LolD  48.62 
 
 
226 aa  217  1e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000690329  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1542  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  49.77 
 
 
237 aa  217  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal  0.32706 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1250  putative ATP-binding component of a transport system  50.23 
 
 
227 aa  216  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.40949e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0788  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  48.62 
 
 
226 aa  216  2e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00288546  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1099  ABC transporter related  51.57 
 
 
230 aa  216  2e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12888  ABC transporter, ATP-binding protein  48.4 
 
 
228 aa  216  2e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.567138  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2392  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  50.69 
 
 
231 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000179176  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1649  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  49.57 
 
 
235 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.473335  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1955  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  50.69 
 
 
231 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00212141  normal  0.0513198 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0264  ATPase  50.25 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2403  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  50.69 
 
 
231 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.017802  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2508  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  50.69 
 
 
231 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.214498  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0759  ABC transporter related  48.18 
 
 
230 aa  215  5e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0004925  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>