76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3243 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3243  gentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 		 368 aa  768    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.39318 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4214  cupin 2 domain-containing protein  76.58 
 
 		 387 aa  603  1.0000000000000001e-171  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.358042  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1825  putative dioxygenase oxidoreductase protein  77.2 
 
 		 379 aa  598  1e-170  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.113884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0655  Cupin 2 conserved barrel domain protein  73.35 
 
 		 377 aa  556  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.582163  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5250  cupin 2 domain-containing protein  70.33 
 
 		 373 aa  553  1e-156  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.665578 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0819  gentisate 1,2-dioxygenase  69.78 
 
 		 376 aa  546  1e-154  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1387  cupin 2, barrel  54.72 
 
 		 379 aa  424  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2813  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.28 
 
 		 350 aa  278  1e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.126651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2286  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.24 
 
 		 364 aa  268  2e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2254  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.36 
 
 		 370 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2315  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.03 
 
 		 374 aa  250  3e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7501  gentisate 1,2-dioxygenase  38.89 
 
 		 345 aa  249  6e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.398812 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1087  gentisate 1,2-dioxygenase oxidoreductase protein  39.65 
 
 		 348 aa  242  7e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.163907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5802  gentisate 1,2-dioxygenase  38.64 
 
 		 364 aa  242  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3059  gentisate 1,2-dioxygenase  40.75 
 
 		 349 aa  241  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0227445 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0146  gentisate 1,2-dioxygenase  37.5 
 
 		 370 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765211 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3034  gentisate 1,2-dioxygenase  37.18 
 
 		 370 aa  238  1e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4526  putative gentisate 1,2-dioxygenase (MhbD)  36.81 
 
 		 348 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000670904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2627  putative gentisate 1,2-dioxygenase (MhbD)  36.81 
 
 		 348 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000696095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4442  gentisate 1,2-dioxygenase  38.48 
 
 		 348 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.772688 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3270  gentisate 1,2-dioxygenase  37.83 
 
 		 342 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.395363 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2433  gentisate 1,2-dioxygenase  37.54 
 
 		 342 aa  233  5e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2525  gentisate 1,2-dioxygenase  37.54 
 
 		 345 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2368  gentisate 1,2-dioxygenase  37.54 
 
 		 345 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0793193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2324  gentisate 1,2-dioxygenase  37.54 
 
 		 345 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2417  gentisate 1,2-dioxygenase  37.54 
 
 		 345 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2413  gentisate 1,2-dioxygenase  37.54 
 
 		 345 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2768  gentisate 1,2-dioxygenase  36.16 
 
 		 353 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0353  gentisate 1,2-dioxygenase  36.84 
 
 		 362 aa  227  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1889  gentisate 1,2-dioxygenase  37.17 
 
 		 347 aa  227  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.319264 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32690  gentisate 1,2-dioxygenase  36.16 
 
 		 353 aa  226  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000796263  hitchhiker  0.0000100367 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3374  gentisate 1,2-dioxygenase  37.17 
 
 		 347 aa  225  9e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203414  normal  0.250455 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4221  gentisate 1,2-dioxygenase  37.17 
 
 		 347 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4145  gentisate 1,2-dioxygenase  37.17 
 
 		 347 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121974  normal  0.0473391 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5864  gentisate 1,2-dioxygenase  37.61 
 
 		 348 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0799  gentisate 1,2-dioxygenase  40.41 
 
 		 348 aa  223  6e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0981  gentisate 1,2-dioxygenase  38.07 
 
 		 348 aa  219  7e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.352055  hitchhiker  0.000255596 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0589  cupin 2 domain-containing protein  38.02 
 
 		 361 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0468  cupin 2 domain-containing protein  35.84 
 
 		 361 aa  216  4e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1654  cupin 2 domain-containing protein  36.13 
 
 		 361 aa  216  7e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1628  cupin 2, barrel  36.13 
 
 		 356 aa  216  7e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1601  cupin 2 domain-containing protein  38.02 
 
 		 361 aa  215  9e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2125  gentisate 1,2-dioxygenase  35.47 
 
 		 364 aa  211  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0053  gentisate 1,2-dioxygenase  33.52 
 
 		 353 aa  209  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24261  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4204  cupin 2 domain-containing protein  35.2 
 
 		 370 aa  202  8e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.469999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2052  cupin 2 domain-containing protein  34.48 
 
 		 377 aa  189  9e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.748893  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3565  cupin 2, barrel  35.29 
 
 		 367 aa  185  9e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0280  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000844091 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20700  gentisate 1,2-dioxygenase  33.24 
 
 		 372 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.280371  normal  0.141412 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55211  predicted protein  32.87 
 
 		 331 aa  181  2e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.110005 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2910  cupin 2 protein  33.05 
 
 		 357 aa  179  4.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.305706  normal  0.232695 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57210  hypothetical protein  32.49 
 
 		 330 aa  176  4e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0167  cupin 2 domain-containing protein  33.9 
 
 		 365 aa  175  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3702  cupin 2 domain-containing protein  33.05 
 
 		 345 aa  174  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.105919  normal  0.217217 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4624  cupin 2 domain-containing protein  31.95 
 
 		 344 aa  172  5.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3145  cupin 2 domain-containing protein  33.15 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.316651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0677  cupin 2 domain-containing protein  39.17 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5102  gentisate 1,2-dioxygenase  36.36 
 
 		 283 aa  166  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.562854 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2454  cupin 2 domain-containing protein  32.21 
 
 		 351 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3670  cupin 2 domain-containing protein  31.92 
 
 		 351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2675  cupin 2 domain-containing protein  30.95 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2476  cupin 2 domain-containing protein  33.13 
 
 		 334 aa  159  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0738  cupin 2 domain-containing protein  31.9 
 
 		 349 aa  158  1e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190915 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3276  cupin 2, barrel  29.91 
 
 		 324 aa  119  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525696  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1707  Cupin domain protein  42.22 
 
 		 178 aa  76.6  0.0000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1994  cupin 2 domain-containing protein  35.77 
 
 		 181 aa  72.4  0.00000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.663759  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2861  hypothetical protein  30.85 
 
 		 159 aa  63.2  0.000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1927  hypothetical protein  29.35 
 
 		 148 aa  57  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0136451 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0679  cupin 2 domain-containing protein  34.21 
 
 		 134 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1706  cupin 2, barrel  26.32 
 
 		 148 aa  46.6  0.0007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.129353  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1734  cupin 2 domain-containing protein  26.32 
 
 		 162 aa  46.2  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1750  cupin 2 domain-containing protein  26.32 
 
 		 162 aa  46.2  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0664618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1684  cupin 2 domain-containing protein  26.32 
 
 		 162 aa  46.2  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.124264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0568  cupin 2 domain-containing protein  26.04 
 
 		 148 aa  44.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0522  cupin 2 domain-containing protein  26.04 
 
 		 162 aa  44.3  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.722857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4258  gentisate 1 2-dioxygenase-like protein  22.12 
 
 		 368 aa  43.1  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.87042 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>