77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_20700 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_20700  gentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 
372 aa  763    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.280371  normal  0.141412 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3565  cupin 2, barrel  77.69 
 
 
367 aa  591  1e-168  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0167  cupin 2 domain-containing protein  81.84 
 
 
365 aa  585  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354659  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2052  cupin 2 domain-containing protein  77.26 
 
 
377 aa  578  1e-164  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.748893  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0280  Cupin 2 conserved barrel domain protein  76.29 
 
 
363 aa  564  1.0000000000000001e-159  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000844091 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2910  cupin 2 protein  74.37 
 
 
357 aa  561  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.305706  normal  0.232695 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2254  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41 
 
 
370 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2315  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.29 
 
 
374 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3034  gentisate 1,2-dioxygenase  39.53 
 
 
370 aa  231  2e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2286  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.04 
 
 
364 aa  218  1e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0053  gentisate 1,2-dioxygenase  39.05 
 
 
353 aa  218  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24261  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7501  gentisate 1,2-dioxygenase  36.96 
 
 
345 aa  209  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.398812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3270  gentisate 1,2-dioxygenase  35.31 
 
 
342 aa  207  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.395363 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5802  gentisate 1,2-dioxygenase  35.99 
 
 
364 aa  207  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2433  gentisate 1,2-dioxygenase  35.31 
 
 
342 aa  205  9e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0146  gentisate 1,2-dioxygenase  35.92 
 
 
370 aa  205  9e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00765211 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4442  gentisate 1,2-dioxygenase  35.71 
 
 
348 aa  205  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.772688 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2813  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.64 
 
 
350 aa  204  2e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.126651  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1087  gentisate 1,2-dioxygenase oxidoreductase protein  35.71 
 
 
348 aa  204  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.163907  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1889  gentisate 1,2-dioxygenase  35.04 
 
 
347 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.319264 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2413  gentisate 1,2-dioxygenase  35.67 
 
 
345 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2417  gentisate 1,2-dioxygenase  35.67 
 
 
345 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2324  gentisate 1,2-dioxygenase  35.67 
 
 
345 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0981  gentisate 1,2-dioxygenase  35.59 
 
 
348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.352055  hitchhiker  0.000255596 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32690  gentisate 1,2-dioxygenase  37.83 
 
 
353 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000796263  hitchhiker  0.0000100367 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4214  cupin 2 domain-containing protein  37.54 
 
 
387 aa  201  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.358042  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0353  gentisate 1,2-dioxygenase  36.52 
 
 
362 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2368  gentisate 1,2-dioxygenase  35.39 
 
 
345 aa  199  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0793193  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2525  gentisate 1,2-dioxygenase  35.39 
 
 
345 aa  199  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3374  gentisate 1,2-dioxygenase  34.81 
 
 
347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203414  normal  0.250455 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2768  gentisate 1,2-dioxygenase  37.54 
 
 
353 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3059  gentisate 1,2-dioxygenase  36.68 
 
 
349 aa  197  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0227445 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2125  gentisate 1,2-dioxygenase  35.38 
 
 
364 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4221  gentisate 1,2-dioxygenase  34.81 
 
 
347 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4145  gentisate 1,2-dioxygenase  34.81 
 
 
347 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121974  normal  0.0473391 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5864  gentisate 1,2-dioxygenase  35.36 
 
 
348 aa  196  6e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0819  gentisate 1,2-dioxygenase  36.69 
 
 
376 aa  194  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4526  putative gentisate 1,2-dioxygenase (MhbD)  34.39 
 
 
348 aa  192  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000670904  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2627  putative gentisate 1,2-dioxygenase (MhbD)  34.39 
 
 
348 aa  192  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000696095  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1825  putative dioxygenase oxidoreductase protein  35.57 
 
 
379 aa  189  9e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.113884  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0799  gentisate 1,2-dioxygenase  34.17 
 
 
348 aa  189  9e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5250  cupin 2 domain-containing protein  34.55 
 
 
373 aa  188  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.665578 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4624  cupin 2 domain-containing protein  35.73 
 
 
344 aa  183  5.0000000000000004e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3243  gentisate 1,2-dioxygenase  33.24 
 
 
368 aa  172  9e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.39318 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55211  predicted protein  33.98 
 
 
331 aa  171  2e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.110005 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57210  hypothetical protein  33.62 
 
 
330 aa  163  3e-39  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0655  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.17 
 
 
377 aa  164  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.582163  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3145  cupin 2 domain-containing protein  32.38 
 
 
351 aa  164  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.316651  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3702  cupin 2 domain-containing protein  33.05 
 
 
345 aa  159  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.105919  normal  0.217217 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2675  cupin 2 domain-containing protein  33.11 
 
 
343 aa  153  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1654  cupin 2 domain-containing protein  32.38 
 
 
361 aa  151  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2476  cupin 2 domain-containing protein  31.55 
 
 
334 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1628  cupin 2, barrel  32.38 
 
 
356 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3670  cupin 2 domain-containing protein  31.58 
 
 
351 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0468  cupin 2 domain-containing protein  32.66 
 
 
361 aa  149  6e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1387  cupin 2, barrel  30.84 
 
 
379 aa  149  6e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125216  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0738  cupin 2 domain-containing protein  29.55 
 
 
349 aa  149  9e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190915 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1601  cupin 2 domain-containing protein  33.65 
 
 
361 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2454  cupin 2 domain-containing protein  32.1 
 
 
351 aa  146  7.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5102  gentisate 1,2-dioxygenase  33.68 
 
 
283 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.562854 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0589  cupin 2 domain-containing protein  33.65 
 
 
361 aa  145  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4204  cupin 2 domain-containing protein  32.31 
 
 
370 aa  142  7e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.469999  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3276  cupin 2, barrel  31.5 
 
 
324 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525696  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0677  cupin 2 domain-containing protein  34.6 
 
 
255 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1994  cupin 2 domain-containing protein  30.43 
 
 
181 aa  48.9  0.0001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.663759  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1707  Cupin domain protein  27.83 
 
 
178 aa  48.5  0.0002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2347  hypothetical protein  31.3 
 
 
358 aa  47.8  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1204  hypothetical protein  33.33 
 
 
310 aa  45.8  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.919148  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0677  hypothetical protein  28.38 
 
 
314 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0334  hypothetical protein  27.91 
 
 
318 aa  44.3  0.003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.66391  normal  0.0124994 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2861  hypothetical protein  34.85 
 
 
159 aa  44.3  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_10191  predicted protein  27.78 
 
 
295 aa  44.3  0.004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.538025  normal  0.129963 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1706  cupin 2, barrel  28.7 
 
 
148 aa  43.1  0.007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.129353  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1684  cupin 2 domain-containing protein  28.7 
 
 
162 aa  43.5  0.007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.124264  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1750  cupin 2 domain-containing protein  28.7 
 
 
162 aa  43.5  0.007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0664618  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1734  cupin 2 domain-containing protein  28.7 
 
 
162 aa  43.5  0.007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0615  hypothetical protein  28.46 
 
 
161 aa  43.1  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.964895  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>