69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0655 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0655  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 377 aa  784    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.582163  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1825  putative dioxygenase oxidoreductase protein  83.65 
 
 		 379 aa  669    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.113884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4214  cupin 2 domain-containing protein  85.56 
 
 		 387 aa  678    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.358042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3243  gentisate 1,2-dioxygenase  73.35 
 
 		 368 aa  557  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.39318 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5250  cupin 2 domain-containing protein  69.27 
 
 		 373 aa  549  1e-155  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.665578 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0819  gentisate 1,2-dioxygenase  66.31 
 
 		 376 aa  525  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1387  cupin 2, barrel  55.07 
 
 		 379 aa  414  1e-114  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2813  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.11 
 
 		 350 aa  278  2e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.126651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2315  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.84 
 
 		 374 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2286  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.8 
 
 		 364 aa  261  2e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2627  putative gentisate 1,2-dioxygenase (MhbD)  39.53 
 
 		 348 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000696095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4526  putative gentisate 1,2-dioxygenase (MhbD)  39.53 
 
 		 348 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000670904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7501  gentisate 1,2-dioxygenase  39.88 
 
 		 345 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.398812 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2254  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.77 
 
 		 370 aa  258  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5802  gentisate 1,2-dioxygenase  40.29 
 
 		 364 aa  255  7e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4442  gentisate 1,2-dioxygenase  40.7 
 
 		 348 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.772688 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0146  gentisate 1,2-dioxygenase  38.79 
 
 		 370 aa  248  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765211 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4221  gentisate 1,2-dioxygenase  39.41 
 
 		 347 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4145  gentisate 1,2-dioxygenase  39.41 
 
 		 347 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121974  normal  0.0473391 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1087  gentisate 1,2-dioxygenase oxidoreductase protein  39.83 
 
 		 348 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.163907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3374  gentisate 1,2-dioxygenase  38.82 
 
 		 347 aa  243  5e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203414  normal  0.250455 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1889  gentisate 1,2-dioxygenase  39.12 
 
 		 347 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.319264 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2768  gentisate 1,2-dioxygenase  39.05 
 
 		 353 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3034  gentisate 1,2-dioxygenase  36.65 
 
 		 370 aa  239  6.999999999999999e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32690  gentisate 1,2-dioxygenase  37.87 
 
 		 353 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000796263  hitchhiker  0.0000100367 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3059  gentisate 1,2-dioxygenase  39.82 
 
 		 349 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0227445 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3270  gentisate 1,2-dioxygenase  38.69 
 
 		 342 aa  236  3e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.395363 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5864  gentisate 1,2-dioxygenase  39.47 
 
 		 348 aa  237  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0353  gentisate 1,2-dioxygenase  37.79 
 
 		 362 aa  236  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2433  gentisate 1,2-dioxygenase  38.39 
 
 		 342 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2125  gentisate 1,2-dioxygenase  37.19 
 
 		 364 aa  231  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2324  gentisate 1,2-dioxygenase  37.5 
 
 		 345 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2417  gentisate 1,2-dioxygenase  37.5 
 
 		 345 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2413  gentisate 1,2-dioxygenase  37.5 
 
 		 345 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2525  gentisate 1,2-dioxygenase  37.5 
 
 		 345 aa  227  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2368  gentisate 1,2-dioxygenase  37.5 
 
 		 345 aa  227  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0793193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0799  gentisate 1,2-dioxygenase  37.83 
 
 		 348 aa  220  3e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0053  gentisate 1,2-dioxygenase  33.61 
 
 		 353 aa  218  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0981  gentisate 1,2-dioxygenase  37.09 
 
 		 348 aa  215  9e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.352055  hitchhiker  0.000255596 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0468  cupin 2 domain-containing protein  35.54 
 
 		 361 aa  200  3e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1654  cupin 2 domain-containing protein  35.81 
 
 		 361 aa  199  7e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1628  cupin 2, barrel  35.81 
 
 		 356 aa  199  7.999999999999999e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0589  cupin 2 domain-containing protein  36.89 
 
 		 361 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1601  cupin 2 domain-containing protein  36.89 
 
 		 361 aa  196  6e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4204  cupin 2 domain-containing protein  36.36 
 
 		 370 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.469999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4624  cupin 2 domain-containing protein  32.64 
 
 		 344 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3702  cupin 2 domain-containing protein  35.22 
 
 		 345 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.105919  normal  0.217217 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5102  gentisate 1,2-dioxygenase  37.68 
 
 		 283 aa  176  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.562854 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20700  gentisate 1,2-dioxygenase  34.17 
 
 		 372 aa  176  6e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.280371  normal  0.141412 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0280  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.29 
 
 		 363 aa  175  9.999999999999999e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000844091 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2052  cupin 2 domain-containing protein  34.97 
 
 		 377 aa  175  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.748893  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55211  predicted protein  29.72 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.110005 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0738  cupin 2 domain-containing protein  33.05 
 
 		 349 aa  170  3e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190915 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57210  hypothetical protein  31.56 
 
 		 330 aa  170  4e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3145  cupin 2 domain-containing protein  33.15 
 
 		 351 aa  169  5e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.316651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3670  cupin 2 domain-containing protein  32.93 
 
 		 351 aa  169  8e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2675  cupin 2 domain-containing protein  31.88 
 
 		 343 aa  168  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3565  cupin 2, barrel  34.96 
 
 		 367 aa  168  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0167  cupin 2 domain-containing protein  34.57 
 
 		 365 aa  162  8.000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0677  cupin 2 domain-containing protein  39.61 
 
 		 255 aa  159  6e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2454  cupin 2 domain-containing protein  30.73 
 
 		 351 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2910  cupin 2 protein  32.18 
 
 		 357 aa  157  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.305706  normal  0.232695 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2476  cupin 2 domain-containing protein  33.23 
 
 		 334 aa  155  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3276  cupin 2, barrel  29.88 
 
 		 324 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525696  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1994  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 181 aa  75.9  0.000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.663759  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1707  Cupin domain protein  35.56 
 
 		 178 aa  65.5  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2861  hypothetical protein  30.49 
 
 		 159 aa  54.3  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1927  hypothetical protein  26.37 
 
 		 148 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0136451 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0679  cupin 2 domain-containing protein  25 
 
 		 134 aa  43.9  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>