69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3145 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3145  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 
351 aa  721    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.316651  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3670  cupin 2 domain-containing protein  82.34 
 
 
351 aa  607  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2476  cupin 2 domain-containing protein  78.31 
 
 
334 aa  545  1e-154  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2454  cupin 2 domain-containing protein  72.65 
 
 
351 aa  543  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3702  cupin 2 domain-containing protein  74.49 
 
 
345 aa  527  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.105919  normal  0.217217 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0738  cupin 2 domain-containing protein  56.61 
 
 
349 aa  412  1e-114  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190915 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2675  cupin 2 domain-containing protein  54.65 
 
 
343 aa  396  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5102  gentisate 1,2-dioxygenase  50.88 
 
 
283 aa  291  8e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.562854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2417  gentisate 1,2-dioxygenase  38.6 
 
 
345 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2413  gentisate 1,2-dioxygenase  38.6 
 
 
345 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2324  gentisate 1,2-dioxygenase  38.6 
 
 
345 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2433  gentisate 1,2-dioxygenase  37.68 
 
 
342 aa  223  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2525  gentisate 1,2-dioxygenase  38.6 
 
 
345 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2368  gentisate 1,2-dioxygenase  38.6 
 
 
345 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0793193  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3270  gentisate 1,2-dioxygenase  37.1 
 
 
342 aa  219  7e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.395363 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0799  gentisate 1,2-dioxygenase  36.61 
 
 
348 aa  216  5e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0146  gentisate 1,2-dioxygenase  36.39 
 
 
370 aa  202  6e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00765211 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0981  gentisate 1,2-dioxygenase  34.73 
 
 
348 aa  202  7e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.352055  hitchhiker  0.000255596 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32690  gentisate 1,2-dioxygenase  36.87 
 
 
353 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000796263  hitchhiker  0.0000100367 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3059  gentisate 1,2-dioxygenase  37.39 
 
 
349 aa  199  5e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0227445 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3374  gentisate 1,2-dioxygenase  39.05 
 
 
347 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203414  normal  0.250455 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4145  gentisate 1,2-dioxygenase  40.51 
 
 
347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121974  normal  0.0473391 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4221  gentisate 1,2-dioxygenase  40.51 
 
 
347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2125  gentisate 1,2-dioxygenase  34.31 
 
 
364 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2768  gentisate 1,2-dioxygenase  36.47 
 
 
353 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7501  gentisate 1,2-dioxygenase  33.64 
 
 
345 aa  196  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.398812 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5802  gentisate 1,2-dioxygenase  36.74 
 
 
364 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4442  gentisate 1,2-dioxygenase  37.85 
 
 
348 aa  193  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.772688 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0053  gentisate 1,2-dioxygenase  36.21 
 
 
353 aa  192  7e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24261  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3034  gentisate 1,2-dioxygenase  32.56 
 
 
370 aa  192  7e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2254  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.83 
 
 
370 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4526  putative gentisate 1,2-dioxygenase (MhbD)  34.72 
 
 
348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000670904  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2627  putative gentisate 1,2-dioxygenase (MhbD)  34.72 
 
 
348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000696095  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1087  gentisate 1,2-dioxygenase oxidoreductase protein  35.4 
 
 
348 aa  188  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.163907  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2286  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.73 
 
 
364 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1889  gentisate 1,2-dioxygenase  38.29 
 
 
347 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.319264 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4624  cupin 2 domain-containing protein  35.52 
 
 
344 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2315  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.86 
 
 
374 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5864  gentisate 1,2-dioxygenase  34.91 
 
 
348 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0353  gentisate 1,2-dioxygenase  32.45 
 
 
362 aa  180  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2813  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.4 
 
 
350 aa  177  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.126651  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55211  predicted protein  33.44 
 
 
331 aa  177  3e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.110005 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5250  cupin 2 domain-containing protein  34.27 
 
 
373 aa  169  6e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.665578 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57210  hypothetical protein  33.13 
 
 
330 aa  167  2e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1825  putative dioxygenase oxidoreductase protein  32.68 
 
 
379 aa  166  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.113884  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4214  cupin 2 domain-containing protein  32.49 
 
 
387 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.358042  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20700  gentisate 1,2-dioxygenase  32.38 
 
 
372 aa  164  3e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.280371  normal  0.141412 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2052  cupin 2 domain-containing protein  31.79 
 
 
377 aa  162  8.000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.748893  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0819  gentisate 1,2-dioxygenase  32.03 
 
 
376 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3565  cupin 2, barrel  33.33 
 
 
367 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1387  cupin 2, barrel  32.01 
 
 
379 aa  160  3e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125216  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3243  gentisate 1,2-dioxygenase  33.15 
 
 
368 aa  159  9e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.39318 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0655  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.15 
 
 
377 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.582163  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2910  cupin 2 protein  32.07 
 
 
357 aa  157  4e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.305706  normal  0.232695 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4204  cupin 2 domain-containing protein  32.21 
 
 
370 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.469999  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0167  cupin 2 domain-containing protein  31.88 
 
 
365 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354659  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0280  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.61 
 
 
363 aa  138  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000844091 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1601  cupin 2 domain-containing protein  30.62 
 
 
361 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0589  cupin 2 domain-containing protein  30.62 
 
 
361 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1654  cupin 2 domain-containing protein  30.62 
 
 
361 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1628  cupin 2, barrel  30.62 
 
 
356 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0468  cupin 2 domain-containing protein  30.29 
 
 
361 aa  133  5e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3276  cupin 2, barrel  28.81 
 
 
324 aa  112  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525696  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0677  cupin 2 domain-containing protein  29.74 
 
 
255 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1994  cupin 2 domain-containing protein  26.28 
 
 
181 aa  53.1  0.000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.663759  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1707  Cupin domain protein  25.19 
 
 
178 aa  52.4  0.00001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0679  cupin 2 domain-containing protein  33.77 
 
 
134 aa  45.1  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1816  cupin 2 domain-containing protein  28 
 
 
123 aa  44.7  0.003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.337557  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4263  gentisate 1 2-dioxygenase-like protein  28.89 
 
 
366 aa  43.1  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>