75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1087 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1087  gentisate 1,2-dioxygenase oxidoreductase protein  100 
 
 		 348 aa  709    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.163907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5802  gentisate 1,2-dioxygenase  80.88 
 
 		 364 aa  578  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5864  gentisate 1,2-dioxygenase  81.9 
 
 		 348 aa  579  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4442  gentisate 1,2-dioxygenase  79.83 
 
 		 348 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.772688 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3374  gentisate 1,2-dioxygenase  81.07 
 
 		 347 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203414  normal  0.250455 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4145  gentisate 1,2-dioxygenase  81.36 
 
 		 347 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121974  normal  0.0473391 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4221  gentisate 1,2-dioxygenase  81.36 
 
 		 347 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1889  gentisate 1,2-dioxygenase  80.47 
 
 		 347 aa  567  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.319264 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0146  gentisate 1,2-dioxygenase  77.91 
 
 		 370 aa  556  1e-157  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765211 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2627  putative gentisate 1,2-dioxygenase (MhbD)  72.33 
 
 		 348 aa  532  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000696095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4526  putative gentisate 1,2-dioxygenase (MhbD)  72.33 
 
 		 348 aa  532  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000670904  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0353  gentisate 1,2-dioxygenase  66.67 
 
 		 362 aa  452  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2768  gentisate 1,2-dioxygenase  64.66 
 
 		 353 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32690  gentisate 1,2-dioxygenase  65.88 
 
 		 353 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000796263  hitchhiker  0.0000100367 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2324  gentisate 1,2-dioxygenase  60.58 
 
 		 345 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2417  gentisate 1,2-dioxygenase  60.58 
 
 		 345 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2525  gentisate 1,2-dioxygenase  60.58 
 
 		 345 aa  434  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2413  gentisate 1,2-dioxygenase  60.58 
 
 		 345 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2368  gentisate 1,2-dioxygenase  60.58 
 
 		 345 aa  434  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0793193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2125  gentisate 1,2-dioxygenase  62.1 
 
 		 364 aa  428  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3270  gentisate 1,2-dioxygenase  60.36 
 
 		 342 aa  430  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.395363 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2433  gentisate 1,2-dioxygenase  60.36 
 
 		 342 aa  431  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3059  gentisate 1,2-dioxygenase  60.34 
 
 		 349 aa  420  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0227445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7501  gentisate 1,2-dioxygenase  56.18 
 
 		 345 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.398812 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0799  gentisate 1,2-dioxygenase  57.65 
 
 		 348 aa  383  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0053  gentisate 1,2-dioxygenase  49.86 
 
 		 353 aa  361  8e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0981  gentisate 1,2-dioxygenase  55.88 
 
 		 348 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.352055  hitchhiker  0.000255596 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4624  cupin 2 domain-containing protein  49.25 
 
 		 344 aa  322  6e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2813  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.93 
 
 		 350 aa  273  4.0000000000000004e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.126651  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1825  putative dioxygenase oxidoreductase protein  42.69 
 
 		 379 aa  260  3e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.113884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2286  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.94 
 
 		 364 aa  256  3e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4214  cupin 2 domain-containing protein  41.23 
 
 		 387 aa  255  9e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.358042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2254  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.3 
 
 		 370 aa  251  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1387  cupin 2, barrel  39.08 
 
 		 379 aa  249  7e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0819  gentisate 1,2-dioxygenase  41.67 
 
 		 376 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5250  cupin 2 domain-containing protein  39.47 
 
 		 373 aa  239  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.665578 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2315  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.54 
 
 		 374 aa  239  5e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0655  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.83 
 
 		 377 aa  229  4e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.582163  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3243  gentisate 1,2-dioxygenase  39.65 
 
 		 368 aa  229  6e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.39318 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3034  gentisate 1,2-dioxygenase  39.27 
 
 		 370 aa  227  3e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2910  cupin 2 protein  36.13 
 
 		 357 aa  206  7e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.305706  normal  0.232695 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20700  gentisate 1,2-dioxygenase  35.71 
 
 		 372 aa  204  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.280371  normal  0.141412 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3702  cupin 2 domain-containing protein  40.18 
 
 		 345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.105919  normal  0.217217 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1654  cupin 2 domain-containing protein  38.85 
 
 		 361 aa  193  3e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1628  cupin 2, barrel  38.85 
 
 		 356 aa  193  3e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4204  cupin 2 domain-containing protein  39.3 
 
 		 370 aa  192  7e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.469999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2052  cupin 2 domain-containing protein  36.56 
 
 		 377 aa  192  8e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.748893  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3670  cupin 2 domain-containing protein  38.14 
 
 		 351 aa  191  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0280  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.2 
 
 		 363 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000844091 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1601  cupin 2 domain-containing protein  38.22 
 
 		 361 aa  189  5e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0589  cupin 2 domain-containing protein  38.22 
 
 		 361 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0468  cupin 2 domain-containing protein  38.22 
 
 		 361 aa  188  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3145  cupin 2 domain-containing protein  35.4 
 
 		 351 aa  188  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.316651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3565  cupin 2, barrel  34.78 
 
 		 367 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0167  cupin 2 domain-containing protein  34.44 
 
 		 365 aa  186  4e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2454  cupin 2 domain-containing protein  36.36 
 
 		 351 aa  182  8.000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2675  cupin 2 domain-containing protein  35.44 
 
 		 343 aa  182  9.000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2476  cupin 2 domain-containing protein  37.39 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55211  predicted protein  32.58 
 
 		 331 aa  179  7e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.110005 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0738  cupin 2 domain-containing protein  37 
 
 		 349 aa  179  7e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190915 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57210  hypothetical protein  32.95 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5102  gentisate 1,2-dioxygenase  40 
 
 		 283 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.562854 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3276  cupin 2, barrel  32.15 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525696  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0677  cupin 2 domain-containing protein  39.42 
 
 		 255 aa  146  5e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4263  gentisate 1 2-dioxygenase-like protein  29.63 
 
 		 366 aa  50.8  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1684  cupin 2 domain-containing protein  30.59 
 
 		 162 aa  50.4  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.124264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1750  cupin 2 domain-containing protein  30.59 
 
 		 162 aa  50.4  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0664618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1734  cupin 2 domain-containing protein  30.59 
 
 		 162 aa  50.4  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1706  cupin 2, barrel  30.23 
 
 		 148 aa  50.1  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.129353  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1994  cupin 2 domain-containing protein  30.83 
 
 		 181 aa  50.1  0.00005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.663759  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1707  Cupin domain protein  21.28 
 
 		 178 aa  48.9  0.0001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0334  hypothetical protein  27.64 
 
 		 318 aa  48.5  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.66391  normal  0.0124994 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0679  cupin 2 domain-containing protein  34 
 
 		 134 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0522  cupin 2 domain-containing protein  37.5 
 
 		 162 aa  47.4  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.722857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0568  cupin 2 domain-containing protein  37.5 
 
 		 148 aa  47  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>