More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6218 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6218  ECF family sigma factor  100 
 
 
199 aa  396  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.086452  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  69.18 
 
 
179 aa  214  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6011  RNA polymerase sigma factor  67.92 
 
 
179 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784268  normal  0.0725494 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4552  RNA polymerase sigma factor  54.61 
 
 
193 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.513735  decreased coverage  0.00114083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4484  RNA polymerase sigma factor  53.95 
 
 
193 aa  156  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.76377  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3095  RNA polymerase sigma factor  56.88 
 
 
176 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.1452  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3822  RNA polymerase sigma factor  56.88 
 
 
176 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1370  RNA polymerase sigma factor  43.75 
 
 
192 aa  145  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1650  RNA polymerase sigma factor  44.74 
 
 
187 aa  141  8e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00656272  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1376  RNA polymerase sigma factor  44.62 
 
 
187 aa  141  8e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.924678  hitchhiker  0.0000700282 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3671  RNA polymerase sigma factor  57.25 
 
 
177 aa  135  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568526  normal  0.645134 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3928  RNA polymerase sigma factor  51.43 
 
 
211 aa  135  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.9635 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3972  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.45 
 
 
175 aa  121  9e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.892642  normal  0.300179 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.93 
 
 
173 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.93 
 
 
173 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.93 
 
 
173 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.93 
 
 
173 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.67 
 
 
167 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.274442  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.93 
 
 
173 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.93 
 
 
173 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.93 
 
 
173 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.23 
 
 
163 aa  115  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5735  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.83 
 
 
170 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.61786 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  46.06 
 
 
173 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3835  RNA polymerase sigma factor  38.24 
 
 
187 aa  112  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.72947  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.97 
 
 
176 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0627094 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  41.33 
 
 
183 aa  112  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0228  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.56 
 
 
173 aa  111  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.1 
 
 
180 aa  111  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2784  sigma-24 (FecI)  42.94 
 
 
176 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.313744 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.54 
 
 
176 aa  109  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.89 
 
 
181 aa  109  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.14 
 
 
172 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.4 
 
 
168 aa  108  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.204704  normal  0.0212517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2662  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.4 
 
 
168 aa  108  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.396888 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1709  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.67 
 
 
172 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0521  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  42.57 
 
 
166 aa  108  8.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1666  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.33 
 
 
176 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47725  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2723  RNA polymerase sigma factor  35.2 
 
 
185 aa  107  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6886  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.82 
 
 
227 aa  107  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3666  sigma-24 (FecI)  45.83 
 
 
168 aa  107  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000713997  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4026  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.94 
 
 
198 aa  107  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108875  normal  0.868186 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5400  RNA polymerase sigma M factor  42.95 
 
 
165 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0284  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.93 
 
 
211 aa  107  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.725237  normal  0.366803 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2548  sigma-24 (FecI-like)  40.49 
 
 
183 aa  106  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339201  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2284  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.99 
 
 
189 aa  105  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.212351 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3241  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.61 
 
 
190 aa  105  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5260  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.59 
 
 
169 aa  105  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.232851  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07700  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  37.29 
 
 
238 aa  105  5e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.044969  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2755  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.95 
 
 
171 aa  105  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0854  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.71 
 
 
175 aa  104  8e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.94 
 
 
181 aa  104  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.07 
 
 
172 aa  103  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.448739  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.94 
 
 
209 aa  103  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0179  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.75 
 
 
199 aa  103  2e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0548  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.42 
 
 
256 aa  103  2e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1254  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.22 
 
 
171 aa  103  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2492  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.23 
 
 
270 aa  103  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.595064  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1671  sigma-24 (FecI)  42.07 
 
 
172 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.200883 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.58 
 
 
246 aa  102  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  34.71 
 
 
190 aa  102  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3163  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.56 
 
 
182 aa  102  4e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0261464  normal  0.157663 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.67 
 
 
179 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.891873  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  37.66 
 
 
295 aa  102  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  36.13 
 
 
190 aa  102  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  36.13 
 
 
190 aa  102  5e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0903  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.38 
 
 
234 aa  101  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.255496  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  36.63 
 
 
182 aa  101  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1810  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.98 
 
 
250 aa  101  7e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.816651  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.19 
 
 
209 aa  101  9e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.27 
 
 
224 aa  100  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.26 
 
 
240 aa  100  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.14 
 
 
252 aa  100  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0439737  normal  0.0420679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2467  ECF family RNA polymerase sigma factor  44.81 
 
 
162 aa  100  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2391  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.95 
 
 
173 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.4 
 
 
185 aa  100  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.140737 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1778  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.75 
 
 
248 aa  100  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.667573 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5415  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.84 
 
 
211 aa  99.8  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6484  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.68 
 
 
182 aa  99.8  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.743744  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.98 
 
 
237 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.98 
 
 
237 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.491366  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2820  RNA polymerase sigma factor  41.45 
 
 
197 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.98 
 
 
237 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0562007  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13250  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.75 
 
 
255 aa  99.4  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.787212 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.2 
 
 
209 aa  99.8  3e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0071  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.17 
 
 
171 aa  99.4  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5390  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.36 
 
 
181 aa  99.4  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122052  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.68 
 
 
182 aa  99.8  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.345458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.38 
 
 
246 aa  99  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.33 
 
 
201 aa  99.4  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.524534 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.62 
 
 
233 aa  99  4e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38 
 
 
240 aa  99  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0084  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.17 
 
 
171 aa  99  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0118305  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0294  ECF sigma factor PrtI  43.17 
 
 
171 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000544982  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0084  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.17 
 
 
171 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.57 
 
 
246 aa  98.6  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2681  sigma factor, RpoE  42.31 
 
 
168 aa  98.2  6e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.8 
 
 
212 aa  98.2  6e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.31 
 
 
168 aa  98.2  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.193487 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.65 
 
 
209 aa  98.2  7e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>