More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5411 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_0729  beta-galactosidase  42.01 
 
 		 1023 aa  770    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0768617  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0534  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  47.7 
 
 		 1013 aa  972    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1366  beta-galactosidase  43.66 
 
 		 1026 aa  826    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0920  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  42.93 
 
 		 1005 aa  746    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0700596  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5411  beta-galactosidase  100 
 
 		 1008 aa  2078    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111624  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0998  Beta-galactosidase  43.32 
 
 		 1012 aa  747    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00145387  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1221  beta-galactosidase  34.43 
 
 		 1455 aa  620  1e-176  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1625  glycoside hydrolase family 42 protein  35.83 
 
 		 1084 aa  616  1e-175  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00573488  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1559  glycoside hydrolase family protein  35.53 
 
 		 1084 aa  616  1e-175  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000116157  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3118  glycoside hydrolase family protein  34.15 
 
 		 1043 aa  585  1.0000000000000001e-165  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4139  Beta-galactosidase  35.56 
 
 		 1129 aa  582  1e-164  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.852691 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3614  glycoside hydrolase family protein  36.15 
 
 		 1094 aa  568  1e-160  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2025  glycoside hydrolase family protein  44.88 
 
 		 640 aa  564  1.0000000000000001e-159  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00409776  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0821  glycoside hydrolase family protein  34.47 
 
 		 1079 aa  556  1e-157  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00114768  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3903  Beta-galactosidase  36.18 
 
 		 1063 aa  558  1e-157  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.120366  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4484  glycoside hydrolase family protein  33.05 
 
 		 1049 aa  556  1e-156  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.137937  normal  0.980065 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2717  Beta-galactosidase  31.92 
 
 		 1045 aa  538  1e-151  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.945973 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2370  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  32.32 
 
 		 1026 aa  535  1e-150  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0768675  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1807  Beta-galactosidase  33.37 
 
 		 1035 aa  535  1e-150  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.489965  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3226  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  34.83 
 
 		 1033 aa  531  1e-149  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.553706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2038  Beta-galactosidase  31.58 
 
 		 1046 aa  527  1e-148  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0288  glycoside hydrolase family protein  43.52 
 
 		 628 aa  526  1e-148  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000148878  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1011  Beta-galactosidase  32.51 
 
 		 1019 aa  513  1e-144  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00111283  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4018  beta-galactosidase  32.06 
 
 		 1059 aa  509  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000751059 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1917  beta-D-galactosidase  33.17 
 
 		 1044 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0154  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  32.64 
 
 		 1030 aa  504  1e-141  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3269  Beta-galactosidase  33.14 
 
 		 1076 aa  501  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00255337 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1739  beta-D-galactosidase  31.7 
 
 		 1066 aa  497  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000361485  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0824  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  32.19 
 
 		 1264 aa  498  1e-139  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.0000954733  decreased coverage  0.00757756 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2834  beta-D-galactosidase  31.69 
 
 		 1050 aa  499  1e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.677484  normal  0.179493 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1261  beta-D-galactosidase  32.44 
 
 		 1032 aa  495  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000337049  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2019  beta-D-galactosidase  32.63 
 
 		 1035 aa  495  9.999999999999999e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0466092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1629  beta-D-galactosidase  31.61 
 
 		 1066 aa  496  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.893337  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119488  Beta-galactosidase, putative  31.92 
 
 		 1164 aa  490  1e-137  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.873023  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02463  beta-galactosidase (Eurofung)  33.37 
 
 		 1023 aa  488  1e-136  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.220978 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00275  beta-D-galactosidase  32.54 
 
 		 1041 aa  489  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0715  Beta-galactosidase  31.59 
 
 		 1024 aa  489  1e-136  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3173  beta-D-galactosidase  32.11 
 
 		 1029 aa  485  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00462554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1768  beta-D-galactosidase  32.22 
 
 		 1043 aa  482  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.035592  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1362  beta-D-galactosidase  32.88 
 
 		 1043 aa  483  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00215799  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2469  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.4 
 
 		 1036 aa  480  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.362924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2720  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.68 
 
 		 1053 aa  479  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0375  beta-D-galactosidase  32.4 
 
 		 1024 aa  478  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000167859  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4911  Beta-galactosidase  34.05 
 
 		 1003 aa  476  1e-132  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.114803  normal  0.456703 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4065  glycoside hydrolase family protein  31.36 
 
 		 1045 aa  474  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.212111  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002658  beta-D-galactosidase alpha subunit  31.78 
 
 		 1032 aa  475  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.454065  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0580  glycoside hydrolase family protein  30.56 
 
 		 1077 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0665  beta-galactosidase  31.87 
 
 		 1112 aa  466  9.999999999999999e-131  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0928  beta-D-galactosidase  30.94 
 
 		 1028 aa  464  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000620353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1013  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.05 
 
 		 1033 aa  464  1e-129  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.188379  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3466  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  35.26 
 
 		 968 aa  465  1e-129  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.52907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0408  beta-D-galactosidase  31.91 
 
 		 1024 aa  465  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  0.0000000000000144327  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0368  beta-D-galactosidase  31.91 
 
 		 1024 aa  466  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000219694  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00298  beta-D-galactosidase  32.14 
 
 		 1024 aa  461  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000026518  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00302  hypothetical protein  32.14 
 
 		 1024 aa  461  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000375259  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3262  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  32.14 
 
 		 1024 aa  461  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000877394  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4102  Beta-galactosidase  31.81 
 
 		 1108 aa  461  9.999999999999999e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.283499  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0417  beta-D-galactosidase  31.62 
 
 		 1024 aa  457  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000241482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1218  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  33.63 
 
 		 1041 aa  458  1e-127  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000962199  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3281  beta-D-galactosidase  32.05 
 
 		 1024 aa  459  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000245928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3917  glycoside hydrolase family protein  34.43 
 
 		 1020 aa  454  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1044  beta-D-galactosidase  30.26 
 
 		 1031 aa  451  1e-125  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.230358  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2733  beta-D-galactosidase  31.7 
 
 		 1036 aa  451  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000508239  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1433  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  34.39 
 
 		 1003 aa  447  1.0000000000000001e-124  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4961  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  33.7 
 
 		 1018 aa  442  9.999999999999999e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1973  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  31.83 
 
 		 1030 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.75541  hitchhiker  0.00919107 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3370  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  31.34 
 
 		 1030 aa  438  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02945  cryptic beta-D-galactosidase, alpha subunit  31.1 
 
 		 1030 aa  439  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4390  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  31.1 
 
 		 1030 aa  437  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2714  Beta-galactosidase  31.93 
 
 		 1020 aa  438  1e-121  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.204643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0624  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  31 
 
 		 1030 aa  437  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2493  Beta-galactosidase  32.41 
 
 		 1043 aa  437  1e-121  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02895  hypothetical protein  31.1 
 
 		 1030 aa  439  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3543  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  31 
 
 		 1030 aa  439  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0625  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31 
 
 		 1030 aa  435  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1316  beta-D-galactosidase  30.62 
 
 		 1036 aa  435  1e-120  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3258  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  31 
 
 		 1030 aa  434  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3719  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  32.26 
 
 		 1004 aa  427  1e-118  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1666  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.31 
 
 		 1289 aa  423  1e-117  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3379  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  33.53 
 
 		 992 aa  420  1e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03201  beta-galactosidase (Eurofung)  31.28 
 
 		 1030 aa  414  1e-114  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.112028 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30036  Beta-galactosidase (Lactase)  29.45 
 
 		 1021 aa  412  1e-113  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0855272  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0896  beta-galactosidase  30.95 
 
 		 1017 aa  408  1.0000000000000001e-112  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0750  beta-galactosidase  27.12 
 
 		 1009 aa  404  1e-111  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0186034  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0766  beta-galactosidase  27.84 
 
 		 1012 aa  400  9.999999999999999e-111  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.156765  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0195  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  29.24 
 
 		 1329 aa  398  1e-109  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14320  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  31.65 
 
 		 992 aa  394  1e-108  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26640  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  32.39 
 
 		 996 aa  377  1e-103  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3187  glycoside hydrolase family protein  29.48 
 
 		 1022 aa  337  5e-91  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3257  glycoside hydrolase family protein  29.87 
 
 		 1017 aa  334  5e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4634  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  34.21 
 
 		 1424 aa  293  1e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.893507  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3909  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  29.13 
 
 		 1600 aa  238  5.0000000000000005e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_3832  predicted protein  34.26 
 
 		 349 aa  198  5.000000000000001e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1283  glycoside hydrolase family protein  26.57 
 
 		 987 aa  179  3e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.64034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3122  Beta-galactosidase  28.45 
 
 		 972 aa  171  6e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4225  glycoside hydrolase family protein  27.11 
 
 		 951 aa  170  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.812558  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2782  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  24.71 
 
 		 920 aa  163  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.396863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2734  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  24.77 
 
 		 920 aa  161  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2026  glycoside hydrolase family 42 protein  30.94 
 
 		 326 aa  144  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4083  glycoside hydrolase family protein  28.81 
 
 		 832 aa  141  7e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>