More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4328 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4328  short chain dehydrogenase protein  100 
 
 
262 aa  532  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
267 aa  245  4.9999999999999997e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.802669  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
281 aa  169  6e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.320524  normal  0.08809 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1506  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
279 aa  137  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00711463  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3821  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
295 aa  132  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.370306  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
271 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_48977  predicted protein  34.93 
 
 
354 aa  110  3e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.921701  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
267 aa  106  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1872  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
241 aa  105  7e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.105262 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
340 aa  102  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 
280 aa  100  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0155651  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
340 aa  99  7e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0147442  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
342 aa  99  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891974  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.18 
 
 
249 aa  99  8e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
340 aa  98.6  9e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.16 
 
 
239 aa  97.8  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  34.44 
 
 
276 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
267 aa  96.3  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.257261 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.04 
 
 
262 aa  96.3  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.207826 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
243 aa  95.1  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  30.48 
 
 
239 aa  95.1  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0250  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.24 
 
 
240 aa  94.4  2e-18  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.183431  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  33.89 
 
 
276 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21780  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.84 
 
 
242 aa  94.4  2e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 
274 aa  93.6  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2119  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.82 
 
 
241 aa  93.6  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0243149  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  30.48 
 
 
239 aa  93.2  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.04 
 
 
243 aa  92.8  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30 
 
 
239 aa  92.8  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.84 
 
 
266 aa  92.4  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.871012  hitchhiker  0.000000000383418 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.16 
 
 
279 aa  92.4  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.74 
 
 
274 aa  92.4  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2359  short chain dehydrogenase  33.53 
 
 
277 aa  92  8e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
276 aa  92  9e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 
261 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0372396  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  31.22 
 
 
1367 aa  91.3  1e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 
277 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  33.52 
 
 
1270 aa  91.3  2e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.57 
 
 
242 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.57 
 
 
242 aa  91.3  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.57 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.57 
 
 
242 aa  91.3  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.57 
 
 
242 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.57 
 
 
242 aa  91.3  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.57 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1950  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.59 
 
 
284 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.417893  normal  0.0791039 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.57 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.57 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
249 aa  90.5  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.63 
 
 
261 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
250 aa  90.5  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.109628  normal  0.14985 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
261 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
256 aa  89.7  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
247 aa  89.7  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.96 
 
 
267 aa  89.4  5e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.848764  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0142  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.22 
 
 
255 aa  89.4  5e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5733  short chain dehydrogenase  30.93 
 
 
333 aa  89.7  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1843  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.88 
 
 
234 aa  89.4  6e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.136671  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.13 
 
 
239 aa  89.4  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.59 
 
 
305 aa  89.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
276 aa  89  7e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3352  short chain dehydrogenase  30.49 
 
 
262 aa  89  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.589811  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.99 
 
 
244 aa  89  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11580  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.97 
 
 
248 aa  88.6  9e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
267 aa  88.6  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5725  short chain dehydrogenase  34.71 
 
 
277 aa  88.6  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519964  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.74 
 
 
270 aa  88.2  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
239 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.14 
 
 
305 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 
295 aa  88.6  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6478  short chain dehydrogenase  34.71 
 
 
277 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0193628  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3237  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
262 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.85457  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5048  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.81 
 
 
279 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.96036  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
241 aa  87  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3900  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.64 
 
 
327 aa  87.4  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.155231 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1732  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.13 
 
 
257 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
257 aa  87.8  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
257 aa  87.4  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
241 aa  87.8  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.119808  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.09 
 
 
258 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1571  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  29.03 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0843  short chain dehydrogenase  34.32 
 
 
275 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767433  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  30.92 
 
 
265 aa  87  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5106  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.17 
 
 
262 aa  87  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311622  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 
278 aa  86.7  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.07 
 
 
238 aa  87  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0189  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
257 aa  86.7  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
239 aa  86.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3871  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
263 aa  86.3  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
261 aa  86.7  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.59 
 
 
305 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  29.41 
 
 
334 aa  86.7  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
287 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
240 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  30.14 
 
 
305 aa  86.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15900  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.99 
 
 
241 aa  86.3  5e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.166031  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>