More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0195 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
267 aa  538  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.802669  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4328  short chain dehydrogenase protein  49.81 
 
 
262 aa  235  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
281 aa  203  2e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.320524  normal  0.08809 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
280 aa  181  9.000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 
280 aa  164  9e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0155651  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1506  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
279 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00711463  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3821  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.85 
 
 
295 aa  150  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.370306  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_48977  predicted protein  34.87 
 
 
354 aa  133  3e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.921701  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
271 aa  124  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.26 
 
 
241 aa  121  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
239 aa  119  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
239 aa  119  7e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
270 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.349709 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.02 
 
 
238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4049  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
238 aa  113  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
264 aa  112  5e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 
342 aa  112  5e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891974  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
340 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0147442  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.04 
 
 
354 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.718494 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
340 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.79 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00333155 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.17 
 
 
265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0429  short chain dehydrogenase  34.08 
 
 
267 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
290 aa  109  6e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000187582  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
263 aa  108  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.196422  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 
245 aa  108  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.7 
 
 
238 aa  108  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
233 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.37 
 
 
277 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
291 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389698  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
291 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0648553 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
291 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.526015 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
249 aa  107  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 
266 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.871012  hitchhiker  0.000000000383418 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
269 aa  107  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.14599 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13074  short chain dehydrogenase  31.11 
 
 
287 aa  107  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.486367 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  34.32 
 
 
335 aa  106  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2026  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.13 
 
 
227 aa  106  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.293852 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
246 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
278 aa  105  6e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
295 aa  105  7e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  34.85 
 
 
270 aa  105  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
258 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  34.47 
 
 
270 aa  104  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
248 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
274 aa  104  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0528  short chain dehydrogenase  29.34 
 
 
287 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1571  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  31.18 
 
 
243 aa  105  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
248 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0540  short chain dehydrogenase  29.34 
 
 
287 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0506548  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 
339 aa  104  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0518  short chain dehydrogenase  29.34 
 
 
287 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.693984  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2823  short chain dehydrogenase  32.35 
 
 
292 aa  103  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00207351  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.12 
 
 
258 aa  103  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.95 
 
 
285 aa  104  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  31.67 
 
 
334 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
274 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
246 aa  103  3e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 
238 aa  103  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.78 
 
 
264 aa  102  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.78 
 
 
264 aa  102  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  32.17 
 
 
264 aa  103  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  32.17 
 
 
264 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.78 
 
 
264 aa  102  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 
258 aa  103  4e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
281 aa  103  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
298 aa  102  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
239 aa  102  5e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.785555  normal  0.162372 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.03 
 
 
270 aa  102  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 
268 aa  102  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.552464 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
351 aa  102  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.358421  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.23 
 
 
257 aa  102  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
291 aa  102  6e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0300911  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
253 aa  102  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2965  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 
293 aa  102  7e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4855  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.05 
 
 
274 aa  102  8e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0217  short chain dehydrogenase  30.74 
 
 
286 aa  102  8e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.743608  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.77 
 
 
269 aa  102  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.73 
 
 
275 aa  102  9e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.12 
 
 
267 aa  102  9e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
247 aa  102  9e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3735  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 
281 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
283 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.46 
 
 
334 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 
268 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.690113 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 
278 aa  101  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000000841338  hitchhiker  0.00141318 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>