94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4115 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4115  hypothetical protein  100 
 
 		 371 aa  751    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3961  GumN family protein  61.34 
 
 		 358 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0233081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3662  GumN family protein  61.49 
 
 		 357 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2934  GumN family protein  55.94 
 
 		 363 aa  348  7e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0941  GumN family protein  43.33 
 
 		 335 aa  299  4e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3402  GumN  46.01 
 
 		 346 aa  292  8e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.697467  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1846  hypothetical protein  47.42 
 
 		 333 aa  290  3e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.123218  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1917  hypothetical protein  47.1 
 
 		 333 aa  288  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.696719  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2380  GumN family protein  34.94 
 
 		 340 aa  142  7e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538777 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6668  GumN family protein  29.13 
 
 		 340 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00152898  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2191  GumN family protein  29.28 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2340  hypothetical protein  30.58 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.868577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0983  GumN family protein  28.57 
 
 		 351 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2309  hypothetical protein  28.57 
 
 		 351 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0594  GumN  25.97 
 
 		 356 aa  103  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.241158  normal  0.100531 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3656  GumN family protein  27.24 
 
 		 352 aa  99.4  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.748072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1615  GumN  31.2 
 
 		 323 aa  99.4  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.733049  normal  0.353745 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1113  GumN family protein  27.24 
 
 		 323 aa  96.3  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.052625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6313  GumN family protein  27.66 
 
 		 285 aa  91.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2126  GumN family protein  27.51 
 
 		 1196 aa  90.1  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2749  hypothetical protein  26.83 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0593  GumN  26.07 
 
 		 353 aa  83.6  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.166744  normal  0.0303049 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4096  GumN  25.18 
 
 		 287 aa  82.4  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.33248 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3396  GumN family protein  25.68 
 
 		 286 aa  82  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2752  GumN family protein  23.64 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.898186  normal  0.597499 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00408  GumN protein  26.64 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2155  putative lipoprotein  26.46 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2909  GumN family protein  29.3 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6387  GumN family protein  29.89 
 
 		 381 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5855  GumN family protein  25.36 
 
 		 352 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3040  GumN family protein  29.54 
 
 		 381 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2426  GumN  29.54 
 
 		 381 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.686082  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3059  GumN family protein  29.54 
 
 		 381 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0473829 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2951  GumN family protein  28.37 
 
 		 381 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3085  GumN family protein  28.37 
 
 		 381 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3035  GumN family protein  28.32 
 
 		 382 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282978 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1567  GumN family protein  25.63 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000169985 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2114  GumN  29.05 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1648  GumN family protein  23.16 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.54931  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4737  hypothetical protein  23.69 
 
 		 296 aa  66.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0187  hypothetical protein  27.39 
 
 		 383 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2535  GumN  23 
 
 		 293 aa  64.7  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0181444  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3749  GumN family protein  26.42 
 
 		 387 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.972239 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0812  GumN family protein  24.1 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5931  GumN family protein  21.28 
 
 		 292 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.547952  normal  0.744768 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0225  GumN family protein  26.95 
 
 		 378 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3077  GumN family protein  22.93 
 
 		 310 aa  62.8  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.916248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3524  GumN family protein  23.19 
 
 		 302 aa  62  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0261  GumN family protein  26.43 
 
 		 378 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1668  GumN family protein  26.4 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4245  GumN family protein  25.25 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0443  GumN family protein  26.43 
 
 		 382 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.997916  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0248  GumN family protein  26.43 
 
 		 382 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.49134  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4133  GumN family protein  25.25 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.528275 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3306  GumN family protein  26.06 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2974  GumN family protein  25.68 
 
 		 382 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.562874  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2116  GumN family protein  25.68 
 
 		 382 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3373  GumN family protein  25.68 
 
 		 382 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1616  GumN  28.2 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.545787 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2113  GumN  27.34 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0961  GumN family protein  25.38 
 
 		 264 aa  57  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.361716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1812  hypothetical protein  21.75 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2676  GumN  19.87 
 
 		 476 aa  56.2  0.0000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000184674  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01264  hypothetical protein  25.81 
 
 		 310 aa  53.9  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5932  GumN family protein  22.92 
 
 		 296 aa  53.1  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350873  normal  0.726501 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1264  hypothetical protein  27.17 
 
 		 269 aa  52.4  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0145609 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3166  GumN family protein  27.17 
 
 		 269 aa  52.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.288645  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0272  GumN family protein  23.84 
 
 		 312 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03569  GumN  21.05 
 
 		 295 aa  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0208188  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1084  hypothetical protein  25.17 
 
 		 184 aa  50.1  0.00006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0940  hypothetical protein  25.17 
 
 		 184 aa  50.1  0.00006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.571188 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3028  GumN family protein  24.34 
 
 		 269 aa  49.7  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.842605  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0615  hypothetical protein  24.29 
 
 		 293 aa  49.7  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0939  putative lipoprotein  22.8 
 
 		 311 aa  49.7  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.344741  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004192  hypothetical protein  23.27 
 
 		 290 aa  48.5  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000160824  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1127  GumN family protein  43.75 
 
 		 337 aa  47.4  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1149  GumN family protein  24.82 
 
 		 267 aa  47  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0189733  hitchhiker  0.000000336245 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3151  hypothetical protein  23.77 
 
 		 303 aa  46.6  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3128  GumN family protein  23.49 
 
 		 264 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.485746  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00433  hypothetical protein  23.49 
 
 		 264 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.270779  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00438  hypothetical protein  23.49 
 
 		 264 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.33911  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3134  GumN family protein  23.49 
 
 		 264 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0811672  unclonable  0.0000000151783 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3317  GumN family protein  22.81 
 
 		 299 aa  46.2  0.0008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.174561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0526  GumN family protein  24.56 
 
 		 264 aa  46.2  0.0009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0941  GCN5-related N-acetyltransferase  36.05 
 
 		 330 aa  45.8  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.588429 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1085  GCN5-related N-acetyltransferase  36.05 
 
 		 330 aa  45.8  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0574  GumN family protein  23.84 
 
 		 264 aa  45.1  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.911473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0559  GumN family protein  23.13 
 
 		 264 aa  45.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0417  GumN family protein  23.13 
 
 		 264 aa  45.1  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0609  GumN family protein  23.19 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000097988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4856  GumN family protein  25.65 
 
 		 307 aa  44.3  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0521  GumN family protein  23.13 
 
 		 264 aa  44.7  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0556  GumN family protein  25.36 
 
 		 298 aa  42.7  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0557  hypothetical protein  23.99 
 
 		 298 aa  42.7  0.01  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>