52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3656 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3656  GumN family protein  100 
 
 		 352 aa  699    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.748072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0983  GumN family protein  46.06 
 
 		 351 aa  298  9e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2191  GumN family protein  47.48 
 
 		 328 aa  297  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2309  hypothetical protein  45.77 
 
 		 351 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0594  GumN  32.84 
 
 		 356 aa  159  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.241158  normal  0.100531 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0593  GumN  28.87 
 
 		 353 aa  125  9e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.166744  normal  0.0303049 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3662  GumN family protein  28.83 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3961  GumN family protein  29.04 
 
 		 358 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0233081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1846  hypothetical protein  28.53 
 
 		 333 aa  89.7  7e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.123218  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1917  hypothetical protein  28.21 
 
 		 333 aa  87.8  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.696719  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2752  GumN family protein  26.78 
 
 		 318 aa  86.3  8e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.898186  normal  0.597499 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4115  hypothetical protein  27.33 
 
 		 371 aa  85.9  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3402  GumN  25.57 
 
 		 346 aa  84  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.697467  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0941  GumN family protein  27.36 
 
 		 335 aa  80.9  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00408  GumN protein  23.63 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2934  GumN family protein  26.28 
 
 		 363 aa  77  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1668  GumN family protein  25.19 
 
 		 294 aa  65.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2749  hypothetical protein  26.69 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3077  GumN family protein  23.1 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.916248  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4776  GumN family protein  28.18 
 
 		 401 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1648  GumN family protein  22.48 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.54931  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2380  GumN family protein  27.11 
 
 		 340 aa  57.4  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538777 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4245  GumN family protein  25.42 
 
 		 340 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4133  GumN family protein  25.42 
 
 		 340 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.528275 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6387  GumN family protein  24.58 
 
 		 381 aa  55.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3040  GumN family protein  25.33 
 
 		 381 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2426  GumN  25.33 
 
 		 381 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.686082  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0615  hypothetical protein  20.42 
 
 		 293 aa  55.5  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3059  GumN family protein  25.33 
 
 		 381 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0473829 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6668  GumN family protein  26.42 
 
 		 340 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00152898  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004192  hypothetical protein  22.84 
 
 		 290 aa  54.3  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000160824  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1812  hypothetical protein  19.86 
 
 		 298 aa  53.9  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5931  GumN family protein  22.22 
 
 		 292 aa  53.5  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.547952  normal  0.744768 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1615  GumN  24.65 
 
 		 323 aa  53.9  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.733049  normal  0.353745 
 
 
-
 
NC_002950  PG2155  putative lipoprotein  23.38 
 
 		 296 aa  53.5  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5855  GumN family protein  23.34 
 
 		 352 aa  52.8  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2951  GumN family protein  25.58 
 
 		 381 aa  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4096  GumN  23.29 
 
 		 287 aa  51.6  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.33248 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3035  GumN family protein  24.67 
 
 		 382 aa  50.8  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282978 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3085  GumN family protein  25.25 
 
 		 381 aa  50.4  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4737  hypothetical protein  19.86 
 
 		 296 aa  50.4  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2676  GumN  20.96 
 
 		 476 aa  49.7  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000184674  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01264  hypothetical protein  23.76 
 
 		 310 aa  48.9  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03569  GumN  23 
 
 		 295 aa  49.3  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0208188  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1113  GumN family protein  21.93 
 
 		 323 aa  47.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.052625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2909  GumN family protein  24.92 
 
 		 397 aa  47  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1616  GumN  27.53 
 
 		 299 aa  46.6  0.0006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.545787 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6313  GumN family protein  38.33 
 
 		 285 aa  45.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5932  GumN family protein  22.73 
 
 		 296 aa  44.7  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350873  normal  0.726501 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1567  GumN family protein  23.15 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000169985 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2340  hypothetical protein  22.04 
 
 		 328 aa  43.5  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.868577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2113  GumN  26.99 
 
 		 302 aa  43.1  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>