More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1117 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1117  UMUC domain protein DNA-repair protein  100 
 
 		 447 aa  932    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02290  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  56.26 
 
 		 425 aa  500  1e-140  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.674101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1465  UMUC domain protein DNA-repair protein  46.17 
 
 		 443 aa  402  1e-111  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2148  DNA-repair protein  43.2 
 
 		 507 aa  385  1e-106  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000293029  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1329  DNA-directed DNA polymerase  41.94 
 
 		 421 aa  355  1e-96  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0871  Nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  39.11 
 
 		 529 aa  352  8e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1266  UV damage repair protein, ImpB/MucB/SamB family  40.45 
 
 		 488 aa  335  9e-91  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.185174  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1306  DNA-repair protein  37.5 
 
 		 500 aa  332  1e-89  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3154  ImpB/MucB/SamB family protein  35.09 
 
 		 424 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.405487  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0140  DNA-damage repair protein  32.57 
 
 		 421 aa  230  4e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0061  DNA-damage repair protein  33.03 
 
 		 421 aa  223  4e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0241  ImpB/MucB/SamB family protein  32.79 
 
 		 421 aa  223  6e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.969005  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1094  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  34.17 
 
 		 440 aa  223  6e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.20731  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3053  impB/mucB/samB family protein  32.56 
 
 		 421 aa  222  9e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.937265  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3288  impB/mucB/samB family protein  32.56 
 
 		 421 aa  222  9e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0094  ImpB/MucB/SamB family protein  32.79 
 
 		 421 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000984715  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1425  DNA-directed DNA polymerase  31.32 
 
 		 420 aa  221  3e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1454  DNA-directed DNA polymerase  31.32 
 
 		 420 aa  221  3e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0935  ImpB/MucB/SamB family protein  31.32 
 
 		 420 aa  218  2e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3279  impB/mucB/samB family protein  32.33 
 
 		 421 aa  218  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0974  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  32.49 
 
 		 440 aa  216  5.9999999999999996e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0264968  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1455  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  31.84 
 
 		 439 aa  199  7e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1339  SOS responce UmuC protein  32.15 
 
 		 471 aa  199  7e-50  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0479412  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3437  DNA-directed DNA polymerase  30.14 
 
 		 417 aa  182  1e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000548211  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1270  ImpB/MucB/SamB family protein  28.96 
 
 		 471 aa  177  3e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.366213  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13250  DNA-directed DNA polymerase  28.28 
 
 		 419 aa  177  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000669241  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0794  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  28.18 
 
 		 420 aa  175  1.9999999999999998e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.387249  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2772  DNA polymerase IV  25.3 
 
 		 395 aa  101  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.317028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  27.42 
 
 		 400 aa  100  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  27.65 
 
 		 399 aa  99.4  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  25.06 
 
 		 395 aa  96.7  8e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  30.62 
 
 		 409 aa  94.7  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  29.84 
 
 		 409 aa  94.4  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  24.58 
 
 		 408 aa  92.4  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  27.3 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  24.94 
 
 		 418 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1670  DNA-directed DNA polymerase  21.93 
 
 		 419 aa  91.3  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000999976  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  29.62 
 
 		 408 aa  90.1  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2007  UMUC domain protein DNA-repair protein  23.17 
 
 		 413 aa  90.1  8e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.470929  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  27.62 
 
 		 413 aa  89.4  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  28.68 
 
 		 450 aa  86.7  8e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2605  DNA-directed DNA polymerase  31.74 
 
 		 418 aa  86.7  8e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.733552  normal  0.0235112 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1279  DNA-directed DNA polymerase  23.84 
 
 		 423 aa  86.3  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2364  DNA-directed DNA polymerase  24.28 
 
 		 409 aa  84.3  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.259486  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  23.42 
 
 		 414 aa  84.3  0.000000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  23.46 
 
 		 418 aa  84  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2195  DNA-directed DNA polymerase  25.64 
 
 		 417 aa  84  0.000000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.147122  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  25.42 
 
 		 399 aa  83.6  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  24.46 
 
 		 410 aa  82.8  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3025  DNA-directed DNA polymerase  25.77 
 
 		 418 aa  82.4  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2196  DNA-directed DNA polymerase  24.27 
 
 		 418 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  26.4 
 
 		 364 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  27.5 
 
 		 410 aa  81.3  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2682  umuC protein  29.34 
 
 		 418 aa  80.9  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.261647  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2840  DNA polymerase IV  25.69 
 
 		 412 aa  81.3  0.00000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.527026  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  25.24 
 
 		 422 aa  80.9  0.00000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1636  umuC protein  30.13 
 
 		 417 aa  80.9  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  27.21 
 
 		 422 aa  80.5  0.00000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  26.95 
 
 		 410 aa  80.5  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  25.24 
 
 		 432 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  26.07 
 
 		 393 aa  80.5  0.00000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  24.58 
 
 		 429 aa  80.1  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  22.76 
 
 		 411 aa  80.1  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  24.1 
 
 		 414 aa  80.1  0.00000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2727  DNA-directed DNA polymerase  23.78 
 
 		 400 aa  80.1  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115509  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  25.9 
 
 		 369 aa  79.7  0.00000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  29.05 
 
 		 442 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  24.1 
 
 		 407 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  25.78 
 
 		 409 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2316  DNA-directed DNA polymerase  21.77 
 
 		 411 aa  79  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  30.71 
 
 		 478 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  23.22 
 
 		 408 aa  78.2  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  30.3 
 
 		 418 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  26.27 
 
 		 381 aa  79  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2344  DNA-directed DNA polymerase  25.93 
 
 		 421 aa  79  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  23.28 
 
 		 408 aa  78.6  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  24.82 
 
 		 425 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl328  DNA polymerase IV (PolIV)  22.96 
 
 		 370 aa  77.8  0.0000000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  2.9387500000000003e-26  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2342  DNA-directed DNA polymerase  30.27 
 
 		 424 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  24.23 
 
 		 413 aa  78.2  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  25.66 
 
 		 429 aa  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  28.16 
 
 		 421 aa  78.2  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  22.97 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  26.85 
 
 		 365 aa  77  0.0000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1370  DNA-directed DNA polymerase  27.24 
 
 		 385 aa  76.6  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.67195 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0370  DNA-directed DNA polymerase  25.06 
 
 		 423 aa  75.9  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  30.71 
 
 		 420 aa  75.9  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3983  DNA polymerase IV  24.11 
 
 		 412 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  23.34 
 
 		 435 aa  75.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  30.8 
 
 		 443 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.639091 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1177  DNA-directed DNA polymerase  27.92 
 
 		 448 aa  75.5  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.515065  normal  0.177083 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  25.89 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2458  DNA-directed DNA polymerase  29.89 
 
 		 424 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  25 
 
 		 384 aa  75.5  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  31.36 
 
 		 426 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  29.84 
 
 		 430 aa  75.1  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2353  DNA-directed DNA polymerase  29.89 
 
 		 424 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  26 
 
 		 419 aa  75.5  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0224  DNA-directed DNA polymerase  22.25 
 
 		 413 aa  75.5  0.000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2005  DNA-directed DNA polymerase  29.89 
 
 		 424 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000515421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>