More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_1306 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_1306  DNA-repair protein  100 
 
 		 500 aa  1040    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2148  DNA-repair protein  50.88 
 
 		 507 aa  524  1e-147  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000293029  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0871  Nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  48.46 
 
 		 529 aa  498  1e-140  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1266  UV damage repair protein, ImpB/MucB/SamB family  43.56 
 
 		 488 aa  410  1e-113  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.185174  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1465  UMUC domain protein DNA-repair protein  39.22 
 
 		 443 aa  343  5e-93  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1117  UMUC domain protein DNA-repair protein  37.5 
 
 		 447 aa  332  1e-89  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02290  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.63 
 
 		 425 aa  323  6e-87  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.674101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1329  DNA-directed DNA polymerase  33.8 
 
 		 421 aa  301  2e-80  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0935  ImpB/MucB/SamB family protein  28.23 
 
 		 420 aa  191  2e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1425  DNA-directed DNA polymerase  28.17 
 
 		 420 aa  189  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1454  DNA-directed DNA polymerase  28.17 
 
 		 420 aa  189  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0094  ImpB/MucB/SamB family protein  29.2 
 
 		 421 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000984715  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0140  DNA-damage repair protein  28.6 
 
 		 421 aa  179  7e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0241  ImpB/MucB/SamB family protein  27.6 
 
 		 421 aa  178  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.969005  n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0061  DNA-damage repair protein  27.2 
 
 		 421 aa  178  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3053  impB/mucB/samB family protein  28.17 
 
 		 421 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.937265  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3288  impB/mucB/samB family protein  28.17 
 
 		 421 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3154  ImpB/MucB/SamB family protein  28.31 
 
 		 424 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.405487  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3279  impB/mucB/samB family protein  28.17 
 
 		 421 aa  174  5e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1455  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  27.95 
 
 		 439 aa  166  1.0000000000000001e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13250  DNA-directed DNA polymerase  28.02 
 
 		 419 aa  161  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000669241  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0794  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  27.57 
 
 		 420 aa  157  3e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.387249  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3437  DNA-directed DNA polymerase  27.16 
 
 		 417 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000548211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1094  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  27.52 
 
 		 440 aa  142  1.9999999999999998e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.20731  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0974  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  28.46 
 
 		 440 aa  141  3e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0264968  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1339  SOS responce UmuC protein  26.94 
 
 		 471 aa  141  3e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0479412  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1270  ImpB/MucB/SamB family protein  30.45 
 
 		 471 aa  133  6e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.366213  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  27.88 
 
 		 380 aa  87.8  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1670  DNA-directed DNA polymerase  23.6 
 
 		 419 aa  84.7  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000999976  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22180  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  24.85 
 
 		 432 aa  84  0.000000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000141857  normal  0.0200421 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  26.81 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2316  DNA-directed DNA polymerase  23.2 
 
 		 411 aa  81.3  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  25.35 
 
 		 381 aa  79  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3025  DNA-directed DNA polymerase  24.85 
 
 		 418 aa  78.2  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  33.33 
 
 		 351 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  33.33 
 
 		 351 aa  77.4  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  28.79 
 
 		 371 aa  77  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2007  UMUC domain protein DNA-repair protein  23.64 
 
 		 413 aa  77  0.0000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.470929  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2772  DNA polymerase IV  23.14 
 
 		 395 aa  76.6  0.0000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.317028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  33.33 
 
 		 351 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  33.9 
 
 		 351 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  24.6 
 
 		 395 aa  76.3  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  33.33 
 
 		 351 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 351 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  33.33 
 
 		 351 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  33.33 
 
 		 351 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  33.33 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  32.61 
 
 		 352 aa  73.9  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  25.34 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  23.98 
 
 		 369 aa  73.2  0.000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  29.79 
 
 		 358 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  24.3 
 
 		 399 aa  72.4  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  31.87 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  31.87 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  32.2 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  32.2 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  32.2 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3308  DNA polymerase IV  32.97 
 
 		 352 aa  71.2  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00714145  hitchhiker  0.00000429031 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  26.17 
 
 		 363 aa  70.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  23.23 
 
 		 410 aa  70.9  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  28 
 
 		 378 aa  70.5  0.00000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  29.01 
 
 		 378 aa  70.5  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  29.36 
 
 		 358 aa  70.5  0.00000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  31.89 
 
 		 363 aa  70.1  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  29.79 
 
 		 379 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4214  DNA polymerase IV  25.81 
 
 		 412 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000424274  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3157  DNA polymerase IV  32.42 
 
 		 352 aa  69.3  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3296  DNA polymerase IV  32.42 
 
 		 352 aa  69.3  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  24.52 
 
 		 371 aa  69.7  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  25.78 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  26.67 
 
 		 400 aa  68.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  29.86 
 
 		 354 aa  68.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  25.78 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  25.2 
 
 		 355 aa  68.9  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3983  DNA polymerase IV  22.32 
 
 		 412 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  32.2 
 
 		 353 aa  68.2  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  27.49 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  28.51 
 
 		 358 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4256  DNA polymerase IV  27.13 
 
 		 412 aa  67  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0566938  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4277  DNA polymerase IV  25.9 
 
 		 412 aa  67  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.727972  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  26.98 
 
 		 418 aa  67  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  28.09 
 
 		 358 aa  66.6  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  31.47 
 
 		 408 aa  65.9  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4166  DNA polymerase IV  23.45 
 
 		 412 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4051  DNA polymerase IV  23.45 
 
 		 412 aa  65.9  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3889  DNA polymerase IV  23.45 
 
 		 412 aa  65.9  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4366  DNA polymerase IV  23.45 
 
 		 412 aa  65.9  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0423  ImpB/MucB/SamB family protein  22.7 
 
 		 408 aa  65.9  0.000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0327324  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  27.74 
 
 		 359 aa  65.9  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2196  DNA-directed DNA polymerase  27.03 
 
 		 418 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0894  DNA polymerase IV  27.55 
 
 		 352 aa  65.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  25 
 
 		 418 aa  64.7  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3897  DNA polymerase IV  25.54 
 
 		 412 aa  65.1  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  24.08 
 
 		 418 aa  65.1  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  24.82 
 
 		 418 aa  65.1  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  25.58 
 
 		 399 aa  64.7  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  27.3 
 
 		 359 aa  64.7  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  25.78 
 
 		 409 aa  64.7  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0979  DNA polymerase IV  26.17 
 
 		 412 aa  64.3  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  21.91 
 
 		 399 aa  64.3  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>