More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2344 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2344  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 421 aa  887    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2682  umuC protein  52.73 
 
 		 418 aa  472  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.261647  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1636  umuC protein  49.88 
 
 		 417 aa  435  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08269  DNA-directed DNA polymerase  51.78 
 
 		 418 aa  435  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3210  DNA-directed DNA polymerase  52.26 
 
 		 418 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000012227 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3553  DNA-directed DNA polymerase  52.26 
 
 		 418 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3453  DNA-directed DNA polymerase  50.83 
 
 		 418 aa  423  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00650413  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 		 418 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2196  DNA-directed DNA polymerase  50.47 
 
 		 418 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  50.24 
 
 		 418 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0012  SOS mutagenesis protein RulB  49.17 
 
 		 418 aa  414  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374057  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1964  DNA-directed DNA polymerase  48.93 
 
 		 418 aa  409  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2605  DNA-directed DNA polymerase  49.88 
 
 		 418 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.733552  normal  0.0235112 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2171  DNA-directed DNA polymerase  48.23 
 
 		 417 aa  392  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4268  DNA-directed DNA polymerase  49.64 
 
 		 418 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4407  DNA-directed DNA polymerase  49.64 
 
 		 418 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4414  DNA-repair protein  48.46 
 
 		 418 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000291737  decreased coverage  0.00359939 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4570  DNA-repair protein  48.46 
 
 		 418 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4598  DNA-repair protein  48.46 
 
 		 418 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000181511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2195  DNA-directed DNA polymerase  46.81 
 
 		 417 aa  390  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.147122  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2040  DNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 		 418 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939043  normal  0.0886472 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2466  DNA-repair protein  46.81 
 
 		 417 aa  365  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0312138  normal  0.965014 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4172  DNA-directed DNA polymerase  43.23 
 
 		 416 aa  331  2e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.06239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2120  DNA-repair protein  47.95 
 
 		 339 aa  319  5e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  41.45 
 
 		 422 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  41.45 
 
 		 422 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.229342 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1671  DNA polymerase V subunit UmuC  41.92 
 
 		 422 aa  316  6e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0525212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1287  DNA polymerase V subunit UmuC  41.69 
 
 		 422 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000534988  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1965  DNA polymerase V subunit UmuC  41.69 
 
 		 422 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000119892  normal  0.867639 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  41.45 
 
 		 422 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01159  DNA polymerase V subunit UmuC  41.69 
 
 		 422 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000022565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2464  DNA-directed DNA polymerase  41.69 
 
 		 422 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1329  DNA polymerase V subunit UmuC  41.69 
 
 		 422 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024147  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01169  hypothetical protein  41.69 
 
 		 422 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000148835  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2441  DNA polymerase V subunit UmuC  41.69 
 
 		 422 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000365295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2606  DNA-directed DNA polymerase  40.38 
 
 		 422 aa  312  9e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.4458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2212  DNA polymerase V subunit UmuC  40.98 
 
 		 422 aa  310  2.9999999999999997e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1982  DNA-directed DNA polymerase  41.38 
 
 		 423 aa  309  5e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.84718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  39.16 
 
 		 427 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  40.9 
 
 		 430 aa  301  1e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2353  DNA-directed DNA polymerase  38.21 
 
 		 424 aa  297  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2458  DNA-directed DNA polymerase  38.21 
 
 		 424 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1908  DNA-directed DNA polymerase  39.76 
 
 		 420 aa  296  6e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2342  DNA-directed DNA polymerase  38.21 
 
 		 424 aa  296  7e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2005  DNA-directed DNA polymerase  37.97 
 
 		 424 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000515421 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  39.72 
 
 		 418 aa  286  5.999999999999999e-76  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0002  DNA polymerase V subunit UmuC  39.29 
 
 		 423 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1040  hypothetical protein  36.79 
 
 		 425 aa  283  3.0000000000000004e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0036  DNA polymerase V subunit UmuC  40.14 
 
 		 424 aa  284  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0503759 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  35.92 
 
 		 425 aa  283  4.0000000000000003e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  37.36 
 
 		 449 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  38.3 
 
 		 421 aa  283  4.0000000000000003e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1279  DNA-directed DNA polymerase  39.95 
 
 		 423 aa  281  1e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02943  umuC protein  56.33 
 
 		 233 aa  279  5e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5030  DNA-directed DNA polymerase  37.85 
 
 		 426 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1662  hypothetical protein  38.35 
 
 		 418 aa  277  3e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1668  hypothetical protein  38.35 
 
 		 418 aa  276  5e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1005  hypothetical protein  35.85 
 
 		 425 aa  275  1.0000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2745  DNA-directed DNA polymerase  37.93 
 
 		 424 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  38.8 
 
 		 432 aa  271  1e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0886  DNA-directed DNA polymerase  37.97 
 
 		 439 aa  271  2e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1369  DNA-directed DNA polymerase  37.67 
 
 		 426 aa  271  2e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.772919  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  37.24 
 
 		 422 aa  270  4e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  37.24 
 
 		 420 aa  269  8.999999999999999e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  35.55 
 
 		 450 aa  267  2.9999999999999995e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  36.07 
 
 		 426 aa  265  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2378  DNA-directed DNA polymerase  37.93 
 
 		 425 aa  265  1e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0053  mutagenesis and repair protein MucB  35.36 
 
 		 421 aa  263  6e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000259717  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  39.68 
 
 		 443 aa  260  3e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.639091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2950  DNA-directed DNA polymerase  36.95 
 
 		 424 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4321  DNA-directed DNA polymerase  35.53 
 
 		 428 aa  259  6e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  34.72 
 
 		 426 aa  258  9e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2761  DNA-directed DNA polymerase  37.15 
 
 		 426 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0282343 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1492  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.35 
 
 		 420 aa  258  1e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6848  DNA-directed DNA polymerase  37.38 
 
 		 422 aa  256  5e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615058  normal  0.214932 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1031  DNA-directed DNA polymerase  37.07 
 
 		 426 aa  256  6e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2200  DNA-directed DNA polymerase  38.08 
 
 		 424 aa  255  8e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0859  DNA-directed DNA polymerase  35.89 
 
 		 450 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0759  DNA-directed DNA polymerase  37.24 
 
 		 423 aa  251  1e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10201  putative UmuC protein  34.75 
 
 		 430 aa  251  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.31245  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1178  DNA-directed DNA polymerase  34.75 
 
 		 424 aa  250  3e-65  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0736762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  38.37 
 
 		 442 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  38.05 
 
 		 478 aa  248  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  35.45 
 
 		 423 aa  247  3e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1292  DNA-directed DNA polymerase  35.46 
 
 		 424 aa  246  4e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.355097  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1434  DNA-directed DNA polymerase  36.34 
 
 		 497 aa  246  4e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07071  putative UmuC protein  34.43 
 
 		 422 aa  246  6e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.109713 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09231  putative UmuC protein  34.28 
 
 		 428 aa  246  6e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09211  putative UmuC protein  34.52 
 
 		 428 aa  246  6.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.1 
 
 		 419 aa  245  9.999999999999999e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0220  DNA-directed DNA polymerase  34.59 
 
 		 436 aa  244  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2973  DNA-directed DNA polymerase  33.11 
 
 		 492 aa  243  6e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0296388  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3841  DNA-directed DNA polymerase  34.89 
 
 		 437 aa  242  7e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0898  DNA-directed DNA polymerase  34.74 
 
 		 437 aa  241  2e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.694521 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1335  DNA-directed DNA polymerase  32.94 
 
 		 419 aa  238  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6255  DNA-directed DNA polymerase  36.85 
 
 		 442 aa  238  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.983679 
 
 
-
 
NC_002950  PG1338  umuC protein  34.29 
 
 		 432 aa  237  3e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0862  DNA-directed DNA polymerase  33.81 
 
 		 428 aa  237  3e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.826564  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1966  DNA-directed DNA polymerase  32.71 
 
 		 446 aa  234  2.0000000000000002e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.577995  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4983  UMUC-like DNA-repair protein  35.09 
 
 		 432 aa  232  7.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000315583 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>