More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2120 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2120  DNA-repair protein  100 
 
 		 339 aa  708    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2196  DNA-directed DNA polymerase  98.23 
 
 		 418 aa  693    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  92.04 
 
 		 418 aa  662    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2605  DNA-directed DNA polymerase  76.7 
 
 		 418 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.733552  normal  0.0235112 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3210  DNA-directed DNA polymerase  73.45 
 
 		 418 aa  535  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000012227 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3553  DNA-directed DNA polymerase  72.57 
 
 		 418 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  71.09 
 
 		 418 aa  523  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1964  DNA-directed DNA polymerase  71.09 
 
 		 418 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3453  DNA-directed DNA polymerase  70.8 
 
 		 418 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00650413  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2040  DNA-directed DNA polymerase  72.27 
 
 		 418 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939043  normal  0.0886472 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4407  DNA-directed DNA polymerase  71.98 
 
 		 418 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4268  DNA-directed DNA polymerase  71.98 
 
 		 418 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0012  SOS mutagenesis protein RulB  67.55 
 
 		 418 aa  487  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374057  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2195  DNA-directed DNA polymerase  64.6 
 
 		 417 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.147122  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2171  DNA-directed DNA polymerase  64.9 
 
 		 417 aa  457  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08269  DNA-directed DNA polymerase  57.82 
 
 		 418 aa  420  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4414  DNA-repair protein  61.54 
 
 		 418 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000291737  decreased coverage  0.00359939 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4598  DNA-repair protein  61.54 
 
 		 418 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000181511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4570  DNA-repair protein  61.54 
 
 		 418 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2466  DNA-repair protein  58.41 
 
 		 417 aa  402  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0312138  normal  0.965014 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2284  DNA-directed DNA polymerase  70.7 
 
 		 256 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.456765  normal  0.647779 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4349  umuC protein  80.09 
 
 		 221 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.844535  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2682  umuC protein  47.51 
 
 		 418 aa  324  1e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.261647  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2344  DNA-directed DNA polymerase  47.95 
 
 		 421 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1636  umuC protein  44.84 
 
 		 417 aa  315  6e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4172  DNA-directed DNA polymerase  44.41 
 
 		 416 aa  279  4e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.06239 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02943  umuC protein  51.75 
 
 		 233 aa  223  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2441  DNA polymerase V subunit UmuC  38.33 
 
 		 422 aa  222  6e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000365295  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01159  DNA polymerase V subunit UmuC  38.33 
 
 		 422 aa  222  6e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000022565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2464  DNA-directed DNA polymerase  38.33 
 
 		 422 aa  222  6e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1329  DNA polymerase V subunit UmuC  38.33 
 
 		 422 aa  222  6e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024147  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01169  hypothetical protein  38.33 
 
 		 422 aa  222  6e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000148835  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1287  DNA polymerase V subunit UmuC  38.33 
 
 		 422 aa  222  6e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000534988  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2606  DNA-directed DNA polymerase  37.61 
 
 		 422 aa  222  7e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.4458 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1671  DNA polymerase V subunit UmuC  38.33 
 
 		 422 aa  222  8e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0525212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  38.79 
 
 		 422 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.229342 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  38.79 
 
 		 422 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1965  DNA polymerase V subunit UmuC  38.04 
 
 		 422 aa  220  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000119892  normal  0.867639 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1982  DNA-directed DNA polymerase  38.66 
 
 		 423 aa  217  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.84718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  38.51 
 
 		 422 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2212  DNA polymerase V subunit UmuC  37.64 
 
 		 422 aa  210  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5030  DNA-directed DNA polymerase  36.05 
 
 		 426 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2353  DNA-directed DNA polymerase  39.19 
 
 		 424 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2458  DNA-directed DNA polymerase  38.9 
 
 		 424 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2342  DNA-directed DNA polymerase  38.84 
 
 		 424 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2005  DNA-directed DNA polymerase  38.9 
 
 		 424 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000515421 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  36.73 
 
 		 421 aa  207  1e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  35.47 
 
 		 450 aa  207  2e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2950  DNA-directed DNA polymerase  36.52 
 
 		 424 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0053  mutagenesis and repair protein MucB  36.34 
 
 		 421 aa  206  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000259717  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0086  ultraviolet light resistance protein B  36.55 
 
 		 360 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  37.1 
 
 		 427 aa  204  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2745  DNA-directed DNA polymerase  36.63 
 
 		 424 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1908  DNA-directed DNA polymerase  38.08 
 
 		 420 aa  203  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  36.07 
 
 		 426 aa  203  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  33.72 
 
 		 420 aa  202  5e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0591  impB/mucB/samB family protein  36.47 
 
 		 366 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.110123  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  35.92 
 
 		 425 aa  200  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 449 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1369  DNA-directed DNA polymerase  36.68 
 
 		 426 aa  200  3e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.772919  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2761  DNA-directed DNA polymerase  36.95 
 
 		 426 aa  199  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0282343 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0886  DNA-directed DNA polymerase  37.24 
 
 		 439 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1492  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  34.2 
 
 		 420 aa  196  6e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1005  hypothetical protein  35.55 
 
 		 425 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0898  DNA-directed DNA polymerase  35.45 
 
 		 437 aa  194  3e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.694521 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  37.72 
 
 		 430 aa  192  8e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1040  hypothetical protein  34.97 
 
 		 425 aa  192  8e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  34.09 
 
 		 426 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0172  DNA-repair protein  66.15 
 
 		 218 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4268  DNA-repair protein  35.39 
 
 		 382 aa  190  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6848  DNA-directed DNA polymerase  33.63 
 
 		 422 aa  189  4e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615058  normal  0.214932 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0759  DNA-directed DNA polymerase  36.57 
 
 		 423 aa  189  5e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1668  hypothetical protein  37.29 
 
 		 418 aa  188  9e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1662  hypothetical protein  37.29 
 
 		 418 aa  188  9e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0036  DNA polymerase V subunit UmuC  36.13 
 
 		 424 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0503759 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0859  DNA-directed DNA polymerase  32.76 
 
 		 450 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  33.05 
 
 		 432 aa  183  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0002  DNA polymerase V subunit UmuC  33.62 
 
 		 423 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1279  DNA-directed DNA polymerase  34.38 
 
 		 423 aa  181  2e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1966  DNA-directed DNA polymerase  31.98 
 
 		 446 aa  180  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.577995  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0220  DNA-directed DNA polymerase  33.43 
 
 		 436 aa  178  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2378  DNA-directed DNA polymerase  33.43 
 
 		 425 aa  178  1e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  31.4 
 
 		 422 aa  178  1e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1031  DNA-directed DNA polymerase  33.91 
 
 		 426 aa  176  4e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4983  UMUC-like DNA-repair protein  34.08 
 
 		 432 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000315583 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  33.62 
 
 		 442 aa  176  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3841  DNA-directed DNA polymerase  33.04 
 
 		 437 aa  176  7e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1338  umuC protein  33.64 
 
 		 432 aa  172  9e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  34.99 
 
 		 423 aa  171  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  32.74 
 
 		 418 aa  169  5e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2200  DNA-directed DNA polymerase  35.16 
 
 		 424 aa  168  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4498  DNA-directed DNA polymerase  31.88 
 
 		 426 aa  166  5.9999999999999996e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.45 
 
 		 419 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1335  DNA-directed DNA polymerase  32.66 
 
 		 419 aa  164  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6255  DNA-directed DNA polymerase  31.7 
 
 		 442 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.983679 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4321  DNA-directed DNA polymerase  31.79 
 
 		 428 aa  162  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1434  DNA-directed DNA polymerase  31.2 
 
 		 497 aa  159  7e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  32.76 
 
 		 478 aa  159  7e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3536  DNA-repair protein  32.26 
 
 		 418 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  31.09 
 
 		 443 aa  155  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.639091 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>