More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4341 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 432 aa  890    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4983  UMUC-like DNA-repair protein  70.37 
 
 		 432 aa  613  9.999999999999999e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000315583 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4268  DNA-repair protein  71.73 
 
 		 382 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  58.64 
 
 		 449 aa  529  1e-149  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0886  DNA-directed DNA polymerase  49.76 
 
 		 439 aa  390  1e-107  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  47.54 
 
 		 427 aa  391  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  43.35 
 
 		 450 aa  371  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1982  DNA-directed DNA polymerase  44.08 
 
 		 423 aa  365  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.84718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  46.21 
 
 		 423 aa  363  5.0000000000000005e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  44.55 
 
 		 421 aa  361  1e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2606  DNA-directed DNA polymerase  43.55 
 
 		 422 aa  356  5e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.4458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2745  DNA-directed DNA polymerase  43.87 
 
 		 424 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2950  DNA-directed DNA polymerase  43.4 
 
 		 424 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  43.26 
 
 		 426 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1965  DNA polymerase V subunit UmuC  45.07 
 
 		 422 aa  347  3e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000119892  normal  0.867639 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0002  DNA polymerase V subunit UmuC  43.55 
 
 		 423 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1671  DNA polymerase V subunit UmuC  44.84 
 
 		 422 aa  345  8e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0525212  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01159  DNA polymerase V subunit UmuC  44.6 
 
 		 422 aa  343  5e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000022565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2464  DNA-directed DNA polymerase  44.6 
 
 		 422 aa  343  5e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050901  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2441  DNA polymerase V subunit UmuC  44.6 
 
 		 422 aa  343  5e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000365295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1329  DNA polymerase V subunit UmuC  44.6 
 
 		 422 aa  343  5e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024147  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01169  hypothetical protein  44.6 
 
 		 422 aa  343  5e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000148835  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1287  DNA polymerase V subunit UmuC  44.6 
 
 		 422 aa  342  5.999999999999999e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000534988  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2212  DNA polymerase V subunit UmuC  43.25 
 
 		 422 aa  342  7e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2458  DNA-directed DNA polymerase  44.7 
 
 		 424 aa  342  7e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2353  DNA-directed DNA polymerase  44.7 
 
 		 424 aa  342  7e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2342  DNA-directed DNA polymerase  44.7 
 
 		 424 aa  342  8e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0036  DNA polymerase V subunit UmuC  42.63 
 
 		 424 aa  342  8e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0503759 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2005  DNA-directed DNA polymerase  44.47 
 
 		 424 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000515421 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  39.77 
 
 		 425 aa  338  1.9999999999999998e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1040  hypothetical protein  39.63 
 
 		 425 aa  335  7e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1005  hypothetical protein  39.91 
 
 		 425 aa  335  9e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5030  DNA-directed DNA polymerase  43.97 
 
 		 426 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2761  DNA-directed DNA polymerase  40.65 
 
 		 426 aa  330  3e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0282343 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  40.74 
 
 		 418 aa  330  3e-89  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  42.4 
 
 		 430 aa  327  3e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  42.36 
 
 		 422 aa  326  5e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  42.03 
 
 		 426 aa  326  5e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0459  DNA-directed DNA polymerase  42.92 
 
 		 423 aa  325  7e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.204967  normal  0.799613 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  42.13 
 
 		 422 aa  323  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.229342 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  42.36 
 
 		 422 aa  322  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  42.95 
 
 		 443 aa  322  9.000000000000001e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.639091 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1434  DNA-directed DNA polymerase  42.95 
 
 		 497 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  43.94 
 
 		 478 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1908  DNA-directed DNA polymerase  43.09 
 
 		 420 aa  320  3.9999999999999996e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1369  DNA-directed DNA polymerase  42.73 
 
 		 426 aa  318  9e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.772919  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0053  mutagenesis and repair protein MucB  41.42 
 
 		 421 aa  318  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000259717  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0898  DNA-directed DNA polymerase  43.06 
 
 		 437 aa  317  2e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.694521 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3841  DNA-directed DNA polymerase  43.06 
 
 		 437 aa  318  2e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0759  DNA-directed DNA polymerase  42.73 
 
 		 423 aa  316  6e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6848  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 422 aa  312  6.999999999999999e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615058  normal  0.214932 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1668  hypothetical protein  41.06 
 
 		 418 aa  311  1e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1279  DNA-directed DNA polymerase  41.9 
 
 		 423 aa  309  5e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4498  DNA-directed DNA polymerase  41.3 
 
 		 426 aa  308  1.0000000000000001e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6255  DNA-directed DNA polymerase  43.18 
 
 		 442 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.983679 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1662  hypothetical protein  40.42 
 
 		 418 aa  306  3e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1178  DNA-directed DNA polymerase  41.84 
 
 		 424 aa  303  3.0000000000000004e-81  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0736762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2200  DNA-directed DNA polymerase  41.8 
 
 		 424 aa  303  4.0000000000000003e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0220  DNA-directed DNA polymerase  42.56 
 
 		 436 aa  302  7.000000000000001e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15961  putative UmuC protein  43.19 
 
 		 424 aa  302  8.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  42.37 
 
 		 442 aa  300  4e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3536  DNA-repair protein  42.03 
 
 		 418 aa  300  4e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2973  DNA-directed DNA polymerase  41.89 
 
 		 492 aa  299  7e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0296388  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  40.23 
 
 		 420 aa  298  1e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08269  DNA-directed DNA polymerase  38.66 
 
 		 418 aa  297  3e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1492  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.09 
 
 		 420 aa  297  3e-79  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.17 
 
 		 419 aa  296  3e-79  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0920  DNA-directed DNA polymerase  41.32 
 
 		 423 aa  296  4e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.21788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1966  DNA-directed DNA polymerase  38.39 
 
 		 446 aa  295  7e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.577995  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1031  DNA-directed DNA polymerase  40.69 
 
 		 426 aa  295  8e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2378  DNA-directed DNA polymerase  41.24 
 
 		 425 aa  295  9e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0859  DNA-directed DNA polymerase  36.98 
 
 		 450 aa  295  2e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1292  DNA-directed DNA polymerase  41.61 
 
 		 424 aa  293  5e-78  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.355097  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4321  DNA-directed DNA polymerase  38.14 
 
 		 428 aa  290  4e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  37.82 
 
 		 418 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2682  umuC protein  37.59 
 
 		 418 aa  286  5e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.261647  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0012  SOS mutagenesis protein RulB  37.96 
 
 		 418 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374057  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1335  DNA-directed DNA polymerase  39.49 
 
 		 419 aa  283  6.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07071  putative UmuC protein  37.73 
 
 		 422 aa  280  5e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.109713 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  38.37 
 
 		 422 aa  279  8e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10201  putative UmuC protein  36.66 
 
 		 430 aa  278  9e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.31245  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2171  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 		 417 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1338  umuC protein  37.24 
 
 		 432 aa  274  3e-72  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2344  DNA-directed DNA polymerase  38.8 
 
 		 421 aa  271  1e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4598  DNA-repair protein  36.93 
 
 		 418 aa  269  7e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000181511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4414  DNA-repair protein  36.93 
 
 		 418 aa  269  7e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000291737  decreased coverage  0.00359939 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4570  DNA-repair protein  36.93 
 
 		 418 aa  269  7e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2196  DNA-directed DNA polymerase  35.71 
 
 		 418 aa  269  8e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  35.8 
 
 		 418 aa  269  8e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2195  DNA-directed DNA polymerase  36.55 
 
 		 417 aa  268  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.147122  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1200  DNA-directed DNA polymerase  41.44 
 
 		 432 aa  268  1e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0086  ultraviolet light resistance protein B  41.64 
 
 		 360 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3453  DNA-directed DNA polymerase  34.95 
 
 		 418 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00650413  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09231  putative UmuC protein  35.03 
 
 		 428 aa  262  8.999999999999999e-69  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09211  putative UmuC protein  35.35 
 
 		 428 aa  261  2e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2605  DNA-directed DNA polymerase  35.09 
 
 		 418 aa  260  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.733552  normal  0.0235112 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3210  DNA-directed DNA polymerase  34.94 
 
 		 418 aa  259  4e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000012227 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0862  DNA-directed DNA polymerase  35.12 
 
 		 428 aa  258  2e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.826564  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2466  DNA-repair protein  37.41 
 
 		 417 aa  257  3e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0312138  normal  0.965014 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3553  DNA-directed DNA polymerase  35.42 
 
 		 418 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>