More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0172 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0172  DNA-repair protein  100 
 
 		 218 aa  454  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0012  SOS mutagenesis protein RulB  90.91 
 
 		 418 aa  395  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2605  DNA-directed DNA polymerase  77.29 
 
 		 418 aa  343  1e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.733552  normal  0.0235112 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3553  DNA-directed DNA polymerase  75.12 
 
 		 418 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3210  DNA-directed DNA polymerase  75.12 
 
 		 418 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000012227 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3453  DNA-directed DNA polymerase  75.12 
 
 		 418 aa  334  5e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00650413  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  72.25 
 
 		 418 aa  329  2e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  69.34 
 
 		 418 aa  322  2e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1964  DNA-directed DNA polymerase  72.73 
 
 		 418 aa  321  6e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2196  DNA-directed DNA polymerase  69.38 
 
 		 418 aa  318  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2040  DNA-directed DNA polymerase  73.68 
 
 		 418 aa  317  7e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939043  normal  0.0886472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2195  DNA-directed DNA polymerase  68.42 
 
 		 417 aa  314  5e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.147122  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4268  DNA-directed DNA polymerase  72.73 
 
 		 418 aa  311  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4407  DNA-directed DNA polymerase  72.73 
 
 		 418 aa  311  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08269  DNA-directed DNA polymerase  69.74 
 
 		 418 aa  301  7.000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2171  DNA-directed DNA polymerase  68.5 
 
 		 417 aa  300  1e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4414  DNA-repair protein  63.16 
 
 		 418 aa  279  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000291737  decreased coverage  0.00359939 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4570  DNA-repair protein  63.16 
 
 		 418 aa  279  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4598  DNA-repair protein  63.16 
 
 		 418 aa  279  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000181511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2466  DNA-repair protein  64.62 
 
 		 417 aa  276  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0312138  normal  0.965014 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2682  umuC protein  56.85 
 
 		 418 aa  232  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.261647  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1636  umuC protein  52.02 
 
 		 417 aa  219  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2344  DNA-directed DNA polymerase  55 
 
 		 421 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  53.06 
 
 		 427 aa  199  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2120  DNA-repair protein  66.15 
 
 		 339 aa  190  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4172  DNA-directed DNA polymerase  46.94 
 
 		 416 aa  189  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.06239 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  48.74 
 
 		 422 aa  188  5.999999999999999e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  45.07 
 
 		 420 aa  185  5e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  48.74 
 
 		 442 aa  185  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1279  DNA-directed DNA polymerase  45.93 
 
 		 423 aa  182  2.0000000000000003e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2378  DNA-directed DNA polymerase  47.69 
 
 		 425 aa  180  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2353  DNA-directed DNA polymerase  46 
 
 		 424 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2005  DNA-directed DNA polymerase  46 
 
 		 424 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000515421 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2458  DNA-directed DNA polymerase  45 
 
 		 424 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2606  DNA-directed DNA polymerase  45.64 
 
 		 422 aa  178  4.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.4458 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2342  DNA-directed DNA polymerase  44.95 
 
 		 424 aa  177  8e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6255  DNA-directed DNA polymerase  47.67 
 
 		 442 aa  177  9e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.983679 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2212  DNA polymerase V subunit UmuC  48.02 
 
 		 422 aa  176  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1369  DNA-directed DNA polymerase  44.85 
 
 		 426 aa  176  3e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.772919  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1492  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  45.5 
 
 		 420 aa  176  3e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1982  DNA-directed DNA polymerase  45.41 
 
 		 423 aa  175  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.84718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2200  DNA-directed DNA polymerase  47.98 
 
 		 424 aa  175  4e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  45.15 
 
 		 449 aa  175  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1965  DNA polymerase V subunit UmuC  49.25 
 
 		 422 aa  175  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000119892  normal  0.867639 
 
 
-
 
NC_002950  PG1338  umuC protein  42.05 
 
 		 432 aa  175  6e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0886  DNA-directed DNA polymerase  50.5 
 
 		 439 aa  174  9e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5030  DNA-directed DNA polymerase  48.47 
 
 		 426 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  44.39 
 
 		 450 aa  174  9.999999999999999e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01159  DNA polymerase V subunit UmuC  48.74 
 
 		 422 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000022565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2464  DNA-directed DNA polymerase  48.74 
 
 		 422 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1329  DNA polymerase V subunit UmuC  48.74 
 
 		 422 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024147  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01169  hypothetical protein  48.74 
 
 		 422 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000148835  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2441  DNA polymerase V subunit UmuC  48.74 
 
 		 422 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000365295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1287  DNA polymerase V subunit UmuC  48.74 
 
 		 422 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000534988  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6848  DNA-directed DNA polymerase  44.44 
 
 		 422 aa  172  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615058  normal  0.214932 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0759  DNA-directed DNA polymerase  43.94 
 
 		 423 aa  172  2.9999999999999996e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  46.57 
 
 		 422 aa  171  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1671  DNA polymerase V subunit UmuC  48.24 
 
 		 422 aa  171  5e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0525212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  46.57 
 
 		 422 aa  171  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.229342 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  46.57 
 
 		 422 aa  171  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2973  DNA-directed DNA polymerase  42.38 
 
 		 492 aa  171  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0296388  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  45.18 
 
 		 430 aa  169  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1908  DNA-directed DNA polymerase  48.26 
 
 		 420 aa  169  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1040  hypothetical protein  43.59 
 
 		 425 aa  166  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  45.41 
 
 		 426 aa  166  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  46.15 
 
 		 423 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2761  DNA-directed DNA polymerase  46.43 
 
 		 426 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0282343 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  45.18 
 
 		 418 aa  165  4e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  46.46 
 
 		 478 aa  165  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  44.62 
 
 		 425 aa  165  5.9999999999999996e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1005  hypothetical protein  44.62 
 
 		 425 aa  164  6.9999999999999995e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  46.46 
 
 		 443 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.639091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2950  DNA-directed DNA polymerase  45.92 
 
 		 424 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0920  DNA-directed DNA polymerase  44.27 
 
 		 423 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.21788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  44.72 
 
 		 421 aa  163  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2745  DNA-directed DNA polymerase  42.25 
 
 		 424 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  44.16 
 
 		 419 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4321  DNA-directed DNA polymerase  43.65 
 
 		 428 aa  162  5.0000000000000005e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0898  DNA-directed DNA polymerase  44.5 
 
 		 437 aa  161  6e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.694521 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1966  DNA-directed DNA polymerase  39.62 
 
 		 446 aa  161  7e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.577995  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0002  DNA polymerase V subunit UmuC  43.56 
 
 		 423 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1434  DNA-directed DNA polymerase  43.22 
 
 		 497 aa  160  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  41.18 
 
 		 426 aa  159  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0859  DNA-directed DNA polymerase  41.82 
 
 		 450 aa  158  6e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1031  DNA-directed DNA polymerase  41.54 
 
 		 426 aa  157  9e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3841  DNA-directed DNA polymerase  43.65 
 
 		 437 aa  157  1e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4498  DNA-directed DNA polymerase  44 
 
 		 426 aa  156  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0053  mutagenesis and repair protein MucB  41.03 
 
 		 421 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000259717  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1668  hypothetical protein  41.04 
 
 		 418 aa  156  3e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0036  DNA polymerase V subunit UmuC  42.58 
 
 		 424 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0503759 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0220  DNA-directed DNA polymerase  41.71 
 
 		 436 aa  156  3e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1662  hypothetical protein  41.63 
 
 		 418 aa  155  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3536  DNA-repair protein  41.75 
 
 		 418 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1200  DNA-directed DNA polymerase  47.24 
 
 		 432 aa  154  8e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0459  DNA-directed DNA polymerase  42.86 
 
 		 423 aa  152  4e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.204967  normal  0.799613 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0862  DNA-directed DNA polymerase  38.74 
 
 		 428 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.826564  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  40.78 
 
 		 432 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10201  putative UmuC protein  38.74 
 
 		 430 aa  149  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.31245  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09231  putative UmuC protein  38.22 
 
 		 428 aa  149  4e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09211  putative UmuC protein  38.22 
 
 		 428 aa  147  8e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>