More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1369 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1369  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 426 aa  890    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.772919  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0759  DNA-directed DNA polymerase  66.59 
 
 		 423 aa  591  1e-167  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2200  DNA-directed DNA polymerase  62.5 
 
 		 424 aa  554  1e-157  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2378  DNA-directed DNA polymerase  60.05 
 
 		 425 aa  538  1e-151  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1031  DNA-directed DNA polymerase  60.24 
 
 		 426 aa  529  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0920  DNA-directed DNA polymerase  57.45 
 
 		 423 aa  501  1e-141  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.21788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1200  DNA-directed DNA polymerase  55.21 
 
 		 432 aa  462  1e-129  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1492  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  45.54 
 
 		 420 aa  395  1e-109  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  48.24 
 
 		 418 aa  367  1e-100  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  44.92 
 
 		 427 aa  367  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  45.15 
 
 		 421 aa  365  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1966  DNA-directed DNA polymerase  43.06 
 
 		 446 aa  361  1e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.577995  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0898  DNA-directed DNA polymerase  46.79 
 
 		 437 aa  360  2e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.694521 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2212  DNA polymerase V subunit UmuC  45.54 
 
 		 422 aa  359  7e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  46.48 
 
 		 422 aa  357  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.229342 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  46.48 
 
 		 422 aa  357  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01159  DNA polymerase V subunit UmuC  45.31 
 
 		 422 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000022565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2464  DNA-directed DNA polymerase  45.31 
 
 		 422 aa  355  1e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050901  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01169  hypothetical protein  45.31 
 
 		 422 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000148835  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2441  DNA polymerase V subunit UmuC  45.31 
 
 		 422 aa  355  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000365295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1329  DNA polymerase V subunit UmuC  45.31 
 
 		 422 aa  355  1e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024147  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1671  DNA polymerase V subunit UmuC  45.07 
 
 		 422 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0525212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1287  DNA polymerase V subunit UmuC  45.07 
 
 		 422 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000534988  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  46.24 
 
 		 422 aa  352  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1965  DNA polymerase V subunit UmuC  44.84 
 
 		 422 aa  351  1e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000119892  normal  0.867639 
 
 
-
 
NC_002950  PG1338  umuC protein  43.76 
 
 		 432 aa  351  2e-95  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1982  DNA-directed DNA polymerase  43.79 
 
 		 423 aa  349  6e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.84718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  44.42 
 
 		 423 aa  343  2.9999999999999997e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6848  DNA-directed DNA polymerase  42.55 
 
 		 422 aa  342  5.999999999999999e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615058  normal  0.214932 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  43.74 
 
 		 450 aa  341  1e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0459  DNA-directed DNA polymerase  46.08 
 
 		 423 aa  340  4e-92  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.204967  normal  0.799613 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  40.38 
 
 		 422 aa  338  8e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2353  DNA-directed DNA polymerase  42.04 
 
 		 424 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  44.24 
 
 		 419 aa  337  3.9999999999999995e-91  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2458  DNA-directed DNA polymerase  41.57 
 
 		 424 aa  335  7e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2342  DNA-directed DNA polymerase  41.57 
 
 		 424 aa  335  7e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2005  DNA-directed DNA polymerase  41.81 
 
 		 424 aa  335  9e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000515421 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1040  hypothetical protein  42.38 
 
 		 425 aa  334  2e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  42.29 
 
 		 425 aa  333  4e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  42.89 
 
 		 449 aa  330  4e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  42.99 
 
 		 430 aa  328  9e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1005  hypothetical protein  41.9 
 
 		 425 aa  327  3e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2606  DNA-directed DNA polymerase  42.82 
 
 		 422 aa  327  3e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.4458 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  40.19 
 
 		 420 aa  322  9.999999999999999e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0886  DNA-directed DNA polymerase  43.87 
 
 		 439 aa  320  3.9999999999999996e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1668  hypothetical protein  44.52 
 
 		 418 aa  318  9e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1662  hypothetical protein  44.21 
 
 		 418 aa  318  9e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  42.73 
 
 		 432 aa  318  9e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1434  DNA-directed DNA polymerase  42.59 
 
 		 497 aa  318  1e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0036  DNA polymerase V subunit UmuC  42.08 
 
 		 424 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0503759 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  39.91 
 
 		 426 aa  317  4e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0002  DNA polymerase V subunit UmuC  42.55 
 
 		 423 aa  316  6e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2745  DNA-directed DNA polymerase  41.18 
 
 		 424 aa  315  8e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  42.39 
 
 		 442 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  41.22 
 
 		 426 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2950  DNA-directed DNA polymerase  41.03 
 
 		 424 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3536  DNA-repair protein  42.04 
 
 		 418 aa  308  9e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5030  DNA-directed DNA polymerase  41.98 
 
 		 426 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1292  DNA-directed DNA polymerase  40.8 
 
 		 424 aa  307  3e-82  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.355097  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1908  DNA-directed DNA polymerase  41.57 
 
 		 420 aa  306  3e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1279  DNA-directed DNA polymerase  41.61 
 
 		 423 aa  306  4.0000000000000004e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  42.76 
 
 		 443 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.639091 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4321  DNA-directed DNA polymerase  40.89 
 
 		 428 aa  303  3.0000000000000004e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2761  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 426 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0282343 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1178  DNA-directed DNA polymerase  40.47 
 
 		 424 aa  303  4.0000000000000003e-81  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0736762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2973  DNA-directed DNA polymerase  42.63 
 
 		 492 aa  302  9e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0296388  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0859  DNA-directed DNA polymerase  38.89 
 
 		 450 aa  301  2e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  39.72 
 
 		 418 aa  300  3e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  42.29 
 
 		 478 aa  299  6e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4983  UMUC-like DNA-repair protein  42.96 
 
 		 432 aa  297  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000315583 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4498  DNA-directed DNA polymerase  39.63 
 
 		 426 aa  293  4e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2605  DNA-directed DNA polymerase  38.95 
 
 		 418 aa  289  8e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.733552  normal  0.0235112 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6255  DNA-directed DNA polymerase  39.81 
 
 		 442 aa  288  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.983679 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3841  DNA-directed DNA polymerase  39.16 
 
 		 437 aa  287  2e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3210  DNA-directed DNA polymerase  39.57 
 
 		 418 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000012227 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07071  putative UmuC protein  38.3 
 
 		 422 aa  283  3.0000000000000004e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.109713 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4268  DNA-directed DNA polymerase  39.95 
 
 		 418 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4407  DNA-directed DNA polymerase  39.95 
 
 		 418 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2196  DNA-directed DNA polymerase  38.32 
 
 		 418 aa  280  2e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  38.5 
 
 		 418 aa  281  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0053  mutagenesis and repair protein MucB  37.41 
 
 		 421 aa  280  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000259717  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08269  DNA-directed DNA polymerase  37.06 
 
 		 418 aa  279  5e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2040  DNA-directed DNA polymerase  39.72 
 
 		 418 aa  279  9e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939043  normal  0.0886472 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0220  DNA-directed DNA polymerase  39.81 
 
 		 436 aa  278  1e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3553  DNA-directed DNA polymerase  38.97 
 
 		 418 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0012  SOS mutagenesis protein RulB  38.08 
 
 		 418 aa  275  9e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374057  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1335  DNA-directed DNA polymerase  39.44 
 
 		 419 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2171  DNA-directed DNA polymerase  37.32 
 
 		 417 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4570  DNA-repair protein  37.09 
 
 		 418 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4598  DNA-repair protein  37.09 
 
 		 418 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000181511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4414  DNA-repair protein  37.09 
 
 		 418 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000291737  decreased coverage  0.00359939 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09231  putative UmuC protein  36.47 
 
 		 428 aa  273  4.0000000000000004e-72  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15961  putative UmuC protein  38.98 
 
 		 424 aa  273  5.000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2344  DNA-directed DNA polymerase  37.67 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10201  putative UmuC protein  36.28 
 
 		 430 aa  269  8.999999999999999e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.31245  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09211  putative UmuC protein  35.32 
 
 		 428 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2682  umuC protein  34.58 
 
 		 418 aa  267  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.261647  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0862  DNA-directed DNA polymerase  36.47 
 
 		 428 aa  265  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.826564  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3453  DNA-directed DNA polymerase  37.71 
 
 		 418 aa  262  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00650413  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1964  DNA-directed DNA polymerase  36.85 
 
 		 418 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>