232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02943 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02943  umuC protein  100 
 
 		 233 aa  486  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2344  DNA-directed DNA polymerase  56.33 
 
 		 421 aa  279  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3553  DNA-directed DNA polymerase  53.1 
 
 		 418 aa  236  3e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2682  umuC protein  50.22 
 
 		 418 aa  235  5.0000000000000005e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.261647  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3453  DNA-directed DNA polymerase  52.21 
 
 		 418 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00650413  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2195  DNA-directed DNA polymerase  54.63 
 
 		 417 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.147122  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3210  DNA-directed DNA polymerase  52.65 
 
 		 418 aa  232  3e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000012227 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1636  umuC protein  48.46 
 
 		 417 aa  231  5e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2196  DNA-directed DNA polymerase  52.63 
 
 		 418 aa  227  9e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  52.21 
 
 		 418 aa  227  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  52.19 
 
 		 418 aa  226  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0012  SOS mutagenesis protein RulB  52.78 
 
 		 418 aa  224  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374057  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2120  DNA-repair protein  51.75 
 
 		 339 aa  223  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2605  DNA-directed DNA polymerase  51.33 
 
 		 418 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.733552  normal  0.0235112 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1964  DNA-directed DNA polymerase  50.88 
 
 		 418 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2171  DNA-directed DNA polymerase  51.39 
 
 		 417 aa  216  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08269  DNA-directed DNA polymerase  47.81 
 
 		 418 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2040  DNA-directed DNA polymerase  50.88 
 
 		 418 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939043  normal  0.0886472 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4407  DNA-directed DNA polymerase  50.44 
 
 		 418 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4268  DNA-directed DNA polymerase  50.44 
 
 		 418 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4414  DNA-repair protein  49.55 
 
 		 418 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000291737  decreased coverage  0.00359939 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4570  DNA-repair protein  49.55 
 
 		 418 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4598  DNA-repair protein  49.55 
 
 		 418 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000181511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2466  DNA-repair protein  48.72 
 
 		 417 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0312138  normal  0.965014 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4172  DNA-directed DNA polymerase  49.25 
 
 		 416 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.06239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2005  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 424 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000515421 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  39.47 
 
 		 427 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2458  DNA-directed DNA polymerase  39.57 
 
 		 424 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2342  DNA-directed DNA polymerase  39.3 
 
 		 424 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2353  DNA-directed DNA polymerase  39.46 
 
 		 424 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2284  DNA-directed DNA polymerase  48.3 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.456765  normal  0.647779 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2606  DNA-directed DNA polymerase  37.26 
 
 		 422 aa  147  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.4458 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  38.22 
 
 		 422 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  37.78 
 
 		 422 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.229342 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  37.78 
 
 		 422 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2212  DNA polymerase V subunit UmuC  38.03 
 
 		 422 aa  145  8.000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1671  DNA polymerase V subunit UmuC  36 
 
 		 422 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0525212  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01159  DNA polymerase V subunit UmuC  36 
 
 		 422 aa  143  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000022565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2464  DNA-directed DNA polymerase  36 
 
 		 422 aa  143  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1329  DNA polymerase V subunit UmuC  36 
 
 		 422 aa  143  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024147  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2441  DNA polymerase V subunit UmuC  36 
 
 		 422 aa  143  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000365295  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01169  hypothetical protein  36 
 
 		 422 aa  143  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000148835  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1287  DNA polymerase V subunit UmuC  36 
 
 		 422 aa  142  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000534988  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1965  DNA polymerase V subunit UmuC  35.56 
 
 		 422 aa  142  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000119892  normal  0.867639 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0036  DNA polymerase V subunit UmuC  37.96 
 
 		 424 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0503759 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  35.81 
 
 		 450 aa  141  9e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1369  DNA-directed DNA polymerase  38.64 
 
 		 426 aa  140  9.999999999999999e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.772919  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1908  DNA-directed DNA polymerase  37.95 
 
 		 420 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0053  mutagenesis and repair protein MucB  35.05 
 
 		 421 aa  139  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000259717  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0002  DNA polymerase V subunit UmuC  36.95 
 
 		 423 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  36.79 
 
 		 430 aa  137  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2378  DNA-directed DNA polymerase  36.41 
 
 		 425 aa  135  5e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0759  DNA-directed DNA polymerase  35.81 
 
 		 423 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1982  DNA-directed DNA polymerase  35.38 
 
 		 423 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.84718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  36.71 
 
 		 426 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5030  DNA-directed DNA polymerase  39.42 
 
 		 426 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0591  impB/mucB/samB family protein  37.98 
 
 		 366 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.110123  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0859  DNA-directed DNA polymerase  35.11 
 
 		 450 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  35.34 
 
 		 421 aa  130  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2745  DNA-directed DNA polymerase  36.71 
 
 		 424 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2950  DNA-directed DNA polymerase  37.2 
 
 		 424 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2761  DNA-directed DNA polymerase  37.2 
 
 		 426 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0282343 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  35.87 
 
 		 449 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  33.49 
 
 		 426 aa  126  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4321  DNA-directed DNA polymerase  35.4 
 
 		 428 aa  126  3e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  36.36 
 
 		 432 aa  126  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4268  DNA-repair protein  35.34 
 
 		 382 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  31.19 
 
 		 422 aa  122  3e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0920  DNA-directed DNA polymerase  33.64 
 
 		 423 aa  122  5e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.21788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0086  ultraviolet light resistance protein B  37.44 
 
 		 360 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  34.74 
 
 		 425 aa  120  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1040  hypothetical protein  32.74 
 
 		 425 aa  120  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1279  DNA-directed DNA polymerase  35.21 
 
 		 423 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0172  DNA-repair protein  52.14 
 
 		 218 aa  119  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1335  DNA-directed DNA polymerase  32.3 
 
 		 419 aa  118  7.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6848  DNA-directed DNA polymerase  36.32 
 
 		 422 aa  118  7.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615058  normal  0.214932 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  35.58 
 
 		 442 aa  118  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  34.6 
 
 		 418 aa  117  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1005  hypothetical protein  33.63 
 
 		 425 aa  115  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2200  DNA-directed DNA polymerase  35.94 
 
 		 424 aa  115  8.999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0220  DNA-directed DNA polymerase  32.39 
 
 		 436 aa  114  8.999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0886  DNA-directed DNA polymerase  34.39 
 
 		 439 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.64 
 
 		 419 aa  113  3e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3841  DNA-directed DNA polymerase  31.53 
 
 		 437 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1031  DNA-directed DNA polymerase  33.49 
 
 		 426 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  31.25 
 
 		 420 aa  110  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1492  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.52 
 
 		 420 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1966  DNA-directed DNA polymerase  32.08 
 
 		 446 aa  108  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.577995  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  31.88 
 
 		 423 aa  108  6e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4498  DNA-directed DNA polymerase  30.99 
 
 		 426 aa  107  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1292  DNA-directed DNA polymerase  29.82 
 
 		 424 aa  105  8e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.355097  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4349  umuC protein  49.11 
 
 		 221 aa  104  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.844535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0274  DNA-directed DNA polymerase  29.96 
 
 		 425 aa  103  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0854208  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  34.31 
 
 		 478 aa  102  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4983  UMUC-like DNA-repair protein  34.48 
 
 		 432 aa  102  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000315583 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09431  putative UmuC protein  30.04 
 
 		 425 aa  102  5e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0552438 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1178  DNA-directed DNA polymerase  28.7 
 
 		 424 aa  102  6e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0736762  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1338  umuC protein  31.51 
 
 		 432 aa  101  1e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3536  DNA-repair protein  28.11 
 
 		 418 aa  100  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07071  putative UmuC protein  28.25 
 
 		 422 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.109713 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>