More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4940 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4940  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  578  1e-164  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000953992  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 297 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  35.71 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  35.71 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  35.71 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 298 aa  148  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.7 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  37.7 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  37.7 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  37.7 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  34.8 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 299 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 301 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  36.61 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  37.3 
 
 		 297 aa  142  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  30.61 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  30.61 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  30.61 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  30.27 
 
 		 301 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  30.27 
 
 		 301 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 328 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 302 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 328 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  37.84 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  37.84 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  38.58 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 302 aa  135  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  34.18 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  38.58 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.83 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.78 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2888  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2052  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 289 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  33.89 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  37.6 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.74 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  27.4 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  36.99 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>