More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6137 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6137  inner-membrane translocator  100 
 
 		 352 aa  696    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0504355  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5535  inner-membrane translocator  45.71 
 
 		 361 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.875545  hitchhiker  0.00000782274 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4886  inner-membrane translocator  40.12 
 
 		 341 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7433  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  42.31 
 
 		 363 aa  237  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4797  inner-membrane translocator  40.85 
 
 		 345 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.305461  normal  0.0281641 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5241  ABC transporter permease  37.69 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7091  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  40.6 
 
 		 319 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  31.84 
 
 		 318 aa  126  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0115  inner-membrane translocator  30.69 
 
 		 325 aa  123  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0006  inner-membrane translocator  29.59 
 
 		 344 aa  123  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  hitchhiker  0.0000215345 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2301  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 328 aa  122  9e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.281867 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  30.52 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  31.79 
 
 		 326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  31.46 
 
 		 314 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  28.3 
 
 		 407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  31.37 
 
 		 339 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.82 
 
 		 656 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1828  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 331 aa  116  6e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000769607  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  31.89 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  29.73 
 
 		 323 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  33.98 
 
 		 327 aa  112  7.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 329 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  32.34 
 
 		 838 aa  112  9e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1708  inner-membrane translocator  30.06 
 
 		 348 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550604  normal  0.0112984 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  35 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  35 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2886  putative ABC transporter permiase component  33.74 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0441971 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1090  inner-membrane translocator  29.6 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.538994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1935  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.45 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3058  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.473649  normal  0.417432 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.56 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1893  branched-chain amino acid ABC transporter permease  28.2 
 
 		 362 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00991478  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3273  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  32.75 
 
 		 594 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.841496  normal  0.164323 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0851  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.75 
 
 		 333 aa  109  9.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.589569  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3618  inner-membrane translocator  30.28 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466346  normal  0.345258 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.68 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2919  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 339 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0092  ABC transporter related  31.6 
 
 		 594 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.500773 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  29.35 
 
 		 309 aa  108  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1891  ABC transporter related  30.58 
 
 		 589 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.553447  normal  0.571968 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0082  ABC transporter related  31.92 
 
 		 594 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.999385  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0091  ABC transporter related  32.39 
 
 		 594 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  30.93 
 
 		 324 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1663  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 326 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.93 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  32.16 
 
 		 315 aa  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  28.7 
 
 		 401 aa  106  5e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 340 aa  106  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  30.34 
 
 		 331 aa  107  5e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  28.67 
 
 		 324 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0801  inner-membrane translocator  33.46 
 
 		 326 aa  106  7e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  29.56 
 
 		 326 aa  105  8e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1618  ABC transporter related  31.2 
 
 		 616 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.103337  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.02 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.03 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  28.67 
 
 		 324 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  28.76 
 
 		 603 aa  105  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2964  ABC transporter related  31.6 
 
 		 594 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0091  ABC transporter related  31.6 
 
 		 594 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2014  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.75 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.383431  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  31.85 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0108  ABC transporter related  31.6 
 
 		 594 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  30.9 
 
 		 328 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5640  inner-membrane translocator  30.26 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 407 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0026  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  29.66 
 
 		 594 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  29.03 
 
 		 323 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  27.6 
 
 		 322 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 315 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0364  inner-membrane translocator  37.6 
 
 		 327 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0908  inner-membrane translocator  31.01 
 
 		 338 aa  103  3e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.579851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4608  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7086  ABC tranpsorter, permease protein / ATP-binding protein  32.18 
 
 		 589 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.900499  normal  0.610004 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 340 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3041  ABC transporter related  30.54 
 
 		 594 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.07 
 
 		 646 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  31.01 
 
 		 324 aa  103  6e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 319 aa  103  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  31.02 
 
 		 327 aa  102  7e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  29.13 
 
 		 343 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 349 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  29.84 
 
 		 353 aa  102  8e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3907  ABC transporter related  29.66 
 
 		 594 aa  102  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3572  branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  33.21 
 
 		 589 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.317873 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  30.92 
 
 		 317 aa  102  9e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  32.09 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2035  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.95 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.226919  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  33.71 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  31.33 
 
 		 628 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2587  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.629922  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2252  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2752  inner-membrane translocator  30.26 
 
 		 330 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  28.95 
 
 		 415 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2128  inner-membrane translocator  33.61 
 
 		 344 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212047  normal  0.208516 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>