More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7433 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7433  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  100 
 
 		 363 aa  707    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5535  inner-membrane translocator  68.22 
 
 		 361 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.875545  hitchhiker  0.00000782274 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6137  inner-membrane translocator  42.31 
 
 		 352 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0504355  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4797  inner-membrane translocator  35.01 
 
 		 345 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.305461  normal  0.0281641 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5241  ABC transporter permease  40.06 
 
 		 331 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4886  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 341 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7091  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  37.21 
 
 		 319 aa  143  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  29.8 
 
 		 318 aa  132  9e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3618  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466346  normal  0.345258 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1950  inner-membrane translocator  32.7 
 
 		 328 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1663  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 326 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1849  inner-membrane translocator  33.12 
 
 		 328 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.200349 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  29.84 
 
 		 407 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0115  inner-membrane translocator  31.08 
 
 		 325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2886  putative ABC transporter permiase component  32.18 
 
 		 334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0441971 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  30.32 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.03 
 
 		 424 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  30.43 
 
 		 407 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  27.94 
 
 		 326 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2128  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 344 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212047  normal  0.208516 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.82 
 
 		 428 aa  117  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.15 
 
 		 428 aa  117  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1828  inner-membrane translocator  28.27 
 
 		 331 aa  116  5e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000769607  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.91 
 
 		 418 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.2 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1500  inner-membrane translocator  32.12 
 
 		 336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.26 
 
 		 656 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.13 
 
 		 421 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0851  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.49 
 
 		 333 aa  114  3e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.589569  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.13 
 
 		 421 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  32.36 
 
 		 317 aa  113  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.94 
 
 		 418 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 340 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 340 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1100  inner-membrane translocator  31.99 
 
 		 343 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0111942  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.64 
 
 		 418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.65 
 
 		 418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  29.55 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2587  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.629922  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.64 
 
 		 418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.7 
 
 		 425 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2301  inner-membrane translocator  29.8 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.281867 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  30.49 
 
 		 425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  30.49 
 
 		 425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.49 
 
 		 425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.49 
 
 		 425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.49 
 
 		 425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.49 
 
 		 425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.49 
 
 		 425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3935  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.49 
 
 		 425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  30.49 
 
 		 425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.39 
 
 		 425 aa  110  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.49 
 
 		 425 aa  109  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.39 
 
 		 425 aa  110  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0106  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.49 
 
 		 424 aa  109  7.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  32.46 
 
 		 652 aa  109  7.000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2919  inner-membrane translocator  30.43 
 
 		 332 aa  109  8.000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.43 
 
 		 423 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.43 
 
 		 423 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.43 
 
 		 423 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.39 
 
 		 425 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.08 
 
 		 418 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.25 
 
 		 423 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.39 
 
 		 425 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4422  inner-membrane translocator  28.24 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.136757  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.48 
 
 		 427 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  29.07 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.39 
 
 		 425 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  32.1 
 
 		 407 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  29.94 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  30.16 
 
 		 324 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.28 
 
 		 423 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1090  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 359 aa  107  4e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.538994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  33.2 
 
 		 352 aa  107  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2501  inner-membrane translocator  30.58 
 
 		 345 aa  107  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.97 
 
 		 423 aa  107  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 337 aa  106  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 337 aa  106  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  32.36 
 
 		 330 aa  106  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 332 aa  106  6e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0006  inner-membrane translocator  30.58 
 
 		 344 aa  106  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  hitchhiker  0.0000215345 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 463 aa  105  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.65 
 
 		 424 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  29.7 
 
 		 443 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.08 
 
 		 423 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  29.13 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  29.65 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  33.2 
 
 		 352 aa  105  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.16 
 
 		 423 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  30.28 
 
 		 309 aa  105  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.25 
 
 		 427 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5993  putative branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  32.83 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  0.170989 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1906  inner-membrane translocator  34.18 
 
 		 326 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.257462 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  30.15 
 
 		 324 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.65 
 
 		 423 aa  104  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  28.19 
 
 		 322 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 324 aa  104  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  30.15 
 
 		 324 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.75 
 
 		 323 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>