More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5365 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5365  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  607  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  59.59 
 
 		 301 aa  368  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4320  transcriptional regulator, LysR family  49.28 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3843  transcriptional regulator, LysR family  48.26 
 
 		 348 aa  259  5.0000000000000005e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 335 aa  198  9e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.25 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.79 
 
 		 293 aa  193  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 320 aa  186  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 309 aa  185  6e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 338 aa  181  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  39.38 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  36.36 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  37.29 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  36.52 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  35.1 
 
 		 299 aa  179  8e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 313 aa  178  9e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 302 aa  177  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 293 aa  176  6e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 302 aa  175  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  175  9.999999999999999e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.75 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0931  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.65 
 
 		 297 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 344 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 297 aa  172  6.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 294 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 322 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0988  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 300 aa  172  9e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.882538  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.9 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.38 
 
 		 317 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  35.64 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.64 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0991  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00933399  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.14 
 
 		 289 aa  169  4e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  33.22 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  36.43 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 349 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 349 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 349 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>