More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5239 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  620  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  70.71 
 
 		 306 aa  408  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  65.55 
 
 		 303 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  65.87 
 
 		 303 aa  391  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  55.1 
 
 		 297 aa  313  2.9999999999999996e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7382  LysR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 307 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6486  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 307 aa  258  6e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5995  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 307 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.422064 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5630  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 307 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.231247  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  43.58 
 
 		 304 aa  205  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  43.86 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 298 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 306 aa  187  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.01 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.07 
 
 		 305 aa  186  6e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 289 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 291 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 292 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1665  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.8 
 
 		 293 aa  179  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.9 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1541  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 292 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 292 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1127  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 328 aa  178  8e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 298 aa  178  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 291 aa  178  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 293 aa  177  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4263  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 293 aa  176  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 289 aa  176  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 309 aa  176  6e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2154  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.224535  normal  0.610808 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.76 
 
 		 290 aa  175  7e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 292 aa  175  7e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  37.8 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  33.22 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 345 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 317 aa  172  5e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 312 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.19 
 
 		 290 aa  172  6.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 295 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 304 aa  172  9e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.49 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>