More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0617 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 131 aa  270  7e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  65.62 
 
 		 133 aa  183  9e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  66.41 
 
 		 134 aa  177  4.999999999999999e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0915  endoribonuclease L-PSP  37.69 
 
 		 140 aa  98.2  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5488  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 140 aa  96.7  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.236112 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3572  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 140 aa  96.7  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.800436  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4795  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 140 aa  96.7  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  36.97 
 
 		 129 aa  94.4  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4178  endoribonuclease L-PSP  36.92 
 
 		 136 aa  93.2  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4700  endoribonuclease L-PSP  36.15 
 
 		 136 aa  91.7  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  34.62 
 
 		 131 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  34.88 
 
 		 131 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  35.38 
 
 		 131 aa  89.7  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 131 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0673  hypothetical protein  45.37 
 
 		 124 aa  89  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  34.62 
 
 		 131 aa  88.2  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  38.58 
 
 		 134 aa  87.8  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 131 aa  87  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 131 aa  87  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  34.11 
 
 		 131 aa  86.3  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  41.07 
 
 		 124 aa  83.6  9e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  36.27 
 
 		 128 aa  82.4  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2374  endoribonuclease L-PSP  35.94 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4587  endoribonuclease L-PSP  35.04 
 
 		 134 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0320417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  39.06 
 
 		 126 aa  81.3  0.000000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  37.86 
 
 		 128 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  36.21 
 
 		 124 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  31.54 
 
 		 132 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 126 aa  80.5  0.000000000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1821  endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 128 aa  80.9  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.623023  normal  0.012204 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  38.6 
 
 		 123 aa  80.5  0.000000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  36.89 
 
 		 128 aa  80.1  0.000000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  37.39 
 
 		 124 aa  80.1  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  40 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2496  endoribonuclease, inhibits protein synthesis  36.75 
 
 		 135 aa  79.3  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.591272  normal  0.661186 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3980  endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 129 aa  79  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  36.72 
 
 		 128 aa  78.2  0.00000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1301  endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 130 aa  77.8  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0508  endoribonuclease L-PSP  36.97 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000880426 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0493  endoribonuclease L-PSP  36.97 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  40.87 
 
 		 143 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3937  pyrimidine utilization protein C  37 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166806  normal  0.0174959 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0414  Endoribonuclease L-PSP  35.92 
 
 		 205 aa  77  0.00000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0954621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9111  endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 140 aa  77  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5501  endoribonuclease L-PSP  35.66 
 
 		 143 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2982  Endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 123 aa  76.6  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 127 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0684  endoribonuclease L-PSP  34.88 
 
 		 138 aa  76.6  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  37.01 
 
 		 135 aa  76.3  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  38.76 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2269  Endoribonuclease L-PSP  35.04 
 
 		 139 aa  75.5  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.420653 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  39.17 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3522  endoribonuclease L-PSP  34.88 
 
 		 143 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.270203 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  37.8 
 
 		 128 aa  75.5  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  40.17 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  36.52 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  32.08 
 
 		 132 aa  75.1  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  35.45 
 
 		 128 aa  74.7  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3898  endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 142 aa  74.3  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.216978 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  37.14 
 
 		 135 aa  74.7  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  34.48 
 
 		 127 aa  74.7  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  29.6 
 
 		 133 aa  74.3  0.0000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1470  Endoribonuclease L-PSP  32.58 
 
 		 143 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  34.82 
 
 		 127 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  36.72 
 
 		 126 aa  73.9  0.0000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  35.45 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 		 132 aa  73.9  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 125 aa  73.6  0.0000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  33.62 
 
 		 128 aa  73.6  0.0000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1409  endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 142 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  36.72 
 
 		 125 aa  72.8  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4748  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0742897  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1155  endoribonuclease L-PSP family protein  35.64 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0997  endoribonuclease L-PSP  36.63 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  42.61 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  38.6 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0376  Endoribonuclease L-PSP  33.96 
 
 		 149 aa  72.4  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7642  endoribonuclease L-PSP  32.58 
 
 		 143 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.882993 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  37 
 
 		 128 aa  72.4  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0234  Endoribonuclease L-PSP  34.48 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1873  translation initiation inhibitor  35.9 
 
 		 151 aa  72  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.595446  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  32.76 
 
 		 128 aa  72  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  34.75 
 
 		 402 aa  71.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  40.59 
 
 		 127 aa  72  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1777  endoribonuclease L-PSP  33.85 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00762  endoribonuclease L-PSP family protein  32.35 
 
 		 127 aa  71.2  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 		 124 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3231  Endoribonuclease L-PSP  37.04 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2416  putative endoribonuclease L-PSP  38.02 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.769165 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  37.17 
 
 		 127 aa  71.2  0.000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  34.62 
 
 		 129 aa  71.2  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1148  2-aminomuconate deaminase  31.01 
 
 		 145 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  31.5 
 
 		 127 aa  70.9  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  37.39 
 
 		 125 aa  70.5  0.000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  35.64 
 
 		 128 aa  70.9  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  36.43 
 
 		 124 aa  70.5  0.000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1799  endoribonuclease L-PSP  35.9 
 
 		 151 aa  70.5  0.000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  36.63 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  27.61 
 
 		 137 aa  70.5  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>