More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001430 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001430  transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  609  1e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000301248  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06296  transcriptional regulator  91.86 
 
 		 295 aa  567  1e-160  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0058  LysR family transcriptional regulator  74.06 
 
 		 295 aa  475  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0206813  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0882  HTH-type transcriptional activator, LysR-family  64.71 
 
 		 290 aa  416  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.070631  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2800  LysR, substrate-binding  34.25 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4804  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0414707 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 303 aa  167  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 298 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 335 aa  155  8e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 303 aa  155  8e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.55 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 292 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.93 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  31.44 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.53 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 313 aa  149  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 293 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  31.31 
 
 		 313 aa  149  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 301 aa  148  9e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 298 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 320 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 312 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 320 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 320 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  29.11 
 
 		 288 aa  145  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 309 aa  145  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 314 aa  145  6e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 312 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  30.98 
 
 		 313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 301 aa  145  8.000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  32.42 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 320 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 320 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 291 aa  144  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 337 aa  143  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0830  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.588944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 313 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 301 aa  142  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  28.52 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 347 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  28.97 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.44 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  28.47 
 
 		 293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  27.7 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>