More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3729 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3729  aminotransferase  100 
 
 		 287 aa  595  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2277  aminotransferase  68.07 
 
 		 287 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.312513 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2837  aminotransferase  69.12 
 
 		 286 aa  398  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0197533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2216  aminotransferase  68.07 
 
 		 287 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0891  aminotransferase  67.02 
 
 		 287 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.413724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0868  aminotransferase  59.93 
 
 		 287 aa  364  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896873 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0300  aminotransferase  56.54 
 
 		 284 aa  344  1e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3773  aminotransferase  58.91 
 
 		 284 aa  343  1e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.783601  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0626  aminotransferase  58.55 
 
 		 284 aa  343  2e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0585  aminotransferase  52.14 
 
 		 293 aa  308  5e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1251  aminotransferase  53.57 
 
 		 293 aa  305  7e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1102  aminotransferase  51.99 
 
 		 290 aa  300  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5073  aminotransferase  51.27 
 
 		 307 aa  295  8e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.068349  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0999  aminotransferase  50.18 
 
 		 290 aa  291  9e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.471878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5063  aminotransferase  52.73 
 
 		 288 aa  290  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.18977 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4602  aminotransferase  52 
 
 		 288 aa  287  1e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.042075 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0951  aminotransferase  50 
 
 		 295 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1805  aminotransferase  49.12 
 
 		 285 aa  280  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.153609  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5485  aminotransferase  48.94 
 
 		 288 aa  277  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.787347  normal  0.0338469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0832  aminotransferase  46.95 
 
 		 295 aa  269  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6433  aminotransferase  39.71 
 
 		 281 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.434397 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0508  aminotransferase  38.08 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2926  branched-chain amino acid aminotransferase  34.33 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.458427  normal  0.684158 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03648  branched-chain amino acid aminotransferase  32.09 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00137757  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4206  branched-chain amino acid aminotransferase  32.09 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.884547  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4281  branched-chain amino acid aminotransferase  32.09 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5204  branched-chain amino acid aminotransferase  32.09 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3987  branched-chain amino acid aminotransferase  32.09 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4232  branched-chain amino acid aminotransferase  32.09 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583001  normal  0.603299 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03597  hypothetical protein  32.09 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0014654  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4150  branched-chain amino acid aminotransferase  32.09 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4136  branched-chain amino acid aminotransferase  32.09 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.405484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4185  branched-chain amino acid aminotransferase  32.09 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4293  branched-chain amino acid aminotransferase  32.09 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4758  branched-chain amino acid aminotransferase  32.06 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.456918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4234  branched-chain amino acid aminotransferase  32.09 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.754469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4128  branched-chain amino acid aminotransferase  32.09 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4113  branched-chain amino acid aminotransferase  31.76 
 
 		 309 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4030  branched-chain amino acid aminotransferase  32.4 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.597878  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3774  branched-chain amino acid aminotransferase  32.06 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.694412  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4219  branched-chain amino acid aminotransferase  32.06 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2602  branched-chain amino acid aminotransferase  32.58 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4059  branched-chain amino acid aminotransferase  31.36 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0484  branched-chain amino acid aminotransferase  31.36 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.308997 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0156  branched-chain amino acid aminotransferase  31.36 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0140  branched-chain amino acid aminotransferase  32.06 
 
 		 308 aa  118  9e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4013  branched-chain amino acid aminotransferase  30.74 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0147074 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2786  branched-chain amino acid aminotransferase  32.08 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2801  branched-chain amino acid aminotransferase  30.94 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1140  branched-chain amino acid aminotransferase  30.94 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.817897  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0094  branched-chain amino acid aminotransferase  31.72 
 
 		 288 aa  113  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1131  branched-chain amino acid aminotransferase  30.51 
 
 		 287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0353  branched-chain amino acid aminotransferase  31.93 
 
 		 304 aa  112  5e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.733524  normal  0.170926 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0347  branched-chain amino acid aminotransferase  30.66 
 
 		 309 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3301  branched-chain amino acid aminotransferase  32.09 
 
 		 289 aa  112  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0291  branched-chain amino acid aminotransferase  30.88 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0820  branched-chain amino acid aminotransferase  29.86 
 
 		 287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.354842  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2686  branched-chain amino acid aminotransferase  31.01 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0947  branched-chain amino acid aminotransferase  32.27 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.506532  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2099  branched-chain amino acid aminotransferase  29.82 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104874  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1735  branched-chain amino acid aminotransferase  33.09 
 
 		 289 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1756  branched-chain amino acid aminotransferase  31.94 
 
 		 303 aa  108  7.000000000000001e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000715407 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0549  branched-chain amino acid aminotransferase  28.28 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000680418  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1721  branched-chain amino acid aminotransferase  30.04 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0205647 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2223  branched-chain amino acid aminotransferase  30.22 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0444  branched-chain amino acid aminotransferase  29.62 
 
 		 307 aa  106  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.976398 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002039  branched-chain amino acid aminotransferase  28.22 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4163  branched-chain amino acid aminotransferase  30.07 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1306  branched-chain amino acid aminotransferase  29.68 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0672  branched-chain amino acid aminotransferase  30.11 
 
 		 297 aa  105  7e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2140  branched-chain amino acid aminotransferase  29.86 
 
 		 322 aa  105  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0846884  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00412  branched-chain amino acid aminotransferase  28.92 
 
 		 312 aa  105  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1779  branched-chain amino acid aminotransferase  26.62 
 
 		 303 aa  105  8e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.059153  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2232  branched-chain amino acid aminotransferase  28.77 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1195  branched-chain amino acid aminotransferase  27.92 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1546  branched-chain amino acid aminotransferase  28.82 
 
 		 287 aa  103  2e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.452382  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2490  branched-chain amino acid aminotransferase  28.18 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0286  branched-chain amino acid aminotransferase  29.82 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0618931  normal  0.476236 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3033  branched-chain amino acid aminotransferase  27.37 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0183291 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0716  branched-chain amino acid aminotransferase  25.84 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.470563  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3367  Branched-chain-amino-acid transaminase  27.21 
 
 		 291 aa  100  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1543  branched-chain amino acid aminotransferase  31.25 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0588  branched-chain amino acid aminotransferase  28.98 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000572339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2148  branched-chain amino acid aminotransferase  28.32 
 
 		 292 aa  99.4  6e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1137  branched-chain amino acid aminotransferase  27.37 
 
 		 286 aa  99  8e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0677  branched-chain amino acid aminotransferase  28.99 
 
 		 288 aa  99  9e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.566486 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1869  branched-chain amino acid aminotransferase  26.17 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000706765  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2019  branched-chain amino acid aminotransferase  28.08 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0588  branched-chain amino acid aminotransferase  26.17 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0351  branched-chain amino acid aminotransferase  29.24 
 
 		 293 aa  97.4  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.544925  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2260  branched-chain amino acid aminotransferase  28.98 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.576365 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1818  branched-chain amino acid aminotransferase  27.4 
 
 		 307 aa  97.4  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.774485  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3604  branched-chain amino acid aminotransferase  27.99 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0493  branched-chain amino acid aminotransferase  28.87 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.785071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7270  branched-chain amino acid aminotransferase  30.39 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2675  branched-chain amino acid aminotransferase  28.16 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1421  branched-chain amino acid aminotransferase  30.88 
 
 		 347 aa  96.7  4e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0222648 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2143  branched-chain amino acid aminotransferase  28.12 
 
 		 306 aa  96.3  5e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3219  branched-chain amino acid aminotransferase  26.28 
 
 		 306 aa  95.9  6e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000260212  normal  0.0812213 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6017  branched-chain amino acid aminotransferase  28.62 
 
 		 295 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0299425 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>