More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2412 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2412  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 386 aa  785    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.462091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 359 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 348 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 		 333 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  28.42 
 
 		 366 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 347 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  27.7 
 
 		 366 aa  107  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  28.37 
 
 		 346 aa  103  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  32.45 
 
 		 348 aa  102  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.41 
 
 		 343 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 332 aa  100  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 360 aa  99.8  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 336 aa  99.4  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 335 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 336 aa  98.6  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  28.35 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 357 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 344 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  28.43 
 
 		 342 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  36.6 
 
 		 341 aa  96.3  8e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 341 aa  96.3  8e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  26.74 
 
 		 343 aa  95.9  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 345 aa  95.9  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 345 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 353 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 376 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 353 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  28.43 
 
 		 353 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 335 aa  94.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 343 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 340 aa  94  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 342 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 343 aa  93.6  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 331 aa  93.2  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 338 aa  92.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 351 aa  92.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  27.11 
 
 		 356 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 338 aa  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 343 aa  91.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 353 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 327 aa  91.3  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 382 aa  91.3  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  26.79 
 
 		 356 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 353 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 346 aa  90.9  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 347 aa  90.5  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 352 aa  90.9  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 358 aa  90.1  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  26.35 
 
 		 362 aa  90.1  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  29.95 
 
 		 358 aa  90.1  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 360 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  29.95 
 
 		 358 aa  90.1  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 336 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  31.61 
 
 		 337 aa  89.7  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3149  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 118 aa  89  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0282952  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 335 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  27.92 
 
 		 339 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 344 aa  89  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 334 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 350 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1260  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.18 
 
 		 339 aa  88.6  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0717392  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3231  helix-turn-helix domain-containing protein  29.24 
 
 		 288 aa  88.6  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.566106  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 375 aa  88.6  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 351 aa  87.8  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 346 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 344 aa  87.4  4e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  27.56 
 
 		 339 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  26.42 
 
 		 366 aa  86.7  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  25.8 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 333 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 343 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  25.91 
 
 		 343 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  28.44 
 
 		 352 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  23.93 
 
 		 345 aa  85.5  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 365 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0399  putative transcriptional regulator  28.78 
 
 		 350 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3409  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 339 aa  85.1  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.804556  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 361 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 339 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 340 aa  84.3  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  24.21 
 
 		 335 aa  84  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 327 aa  83.6  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 346 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 353 aa  83.6  0.000000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0166  helix-turn-helix domain-containing protein  27.01 
 
 		 368 aa  83.6  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 350 aa  83.2  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05257  hypothetical protein  32.2 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 340 aa  82.8  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 331 aa  82.8  0.000000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  26.64 
 
 		 352 aa  82.8  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 337 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 347 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 338 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 336 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 336 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 347 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>