49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0416 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 211 aa  423  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  53.81 
 
 		 223 aa  228  6e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  54.98 
 
 		 213 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  54.5 
 
 		 213 aa  214  7e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  55.35 
 
 		 214 aa  209  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  46.01 
 
 		 213 aa  188  5e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  45.22 
 
 		 230 aa  175  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  36.56 
 
 		 220 aa  136  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  40.74 
 
 		 218 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  36.49 
 
 		 224 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.44 
 
 		 220 aa  125  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  33.63 
 
 		 220 aa  122  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  37.38 
 
 		 223 aa  118  4.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.81 
 
 		 226 aa  116  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.9 
 
 		 227 aa  112  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  41.01 
 
 		 219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.7 
 
 		 231 aa  109  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  32.26 
 
 		 219 aa  107  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.49 
 
 		 212 aa  104  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  30.34 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  32.23 
 
 		 219 aa  101  9e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  29.82 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.5 
 
 		 214 aa  99.4  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  30.23 
 
 		 223 aa  99.8  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  31.42 
 
 		 224 aa  99  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.73 
 
 		 214 aa  96.7  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.05 
 
 		 235 aa  96.7  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.78 
 
 		 212 aa  95.5  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.6 
 
 		 249 aa  94.7  9e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 216 aa  94.7  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.11 
 
 		 216 aa  93.6  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.02 
 
 		 235 aa  90.1  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  27.95 
 
 		 228 aa  89.7  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.8 
 
 		 240 aa  89  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.84 
 
 		 243 aa  89  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.04 
 
 		 231 aa  88.2  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.23 
 
 		 243 aa  87.4  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.23 
 
 		 243 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.81 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.74 
 
 		 214 aa  86.7  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.39 
 
 		 231 aa  86.7  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.97 
 
 		 262 aa  85.9  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.07 
 
 		 231 aa  85.1  6e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.51 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  25.94 
 
 		 246 aa  77.4  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.33 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  44.12 
 
 		 114 aa  50.1  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.65 
 
 		 117 aa  43.1  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.65 
 
 		 117 aa  41.6  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>