More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_24370 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_24370  ABC-type xylose transport system, permease component  100 
 
 		 472 aa  902    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132635  normal  0.131719 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1505  inner-membrane translocator  71.34 
 
 		 496 aa  559  1e-158  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.316264  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4238  monosaccharide-transporting ATPase  49.79 
 
 		 420 aa  369  1e-101  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0284678  normal  0.0915708 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3848  inner-membrane translocator  51.58 
 
 		 420 aa  368  1e-100  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1130  inner-membrane translocator  49.68 
 
 		 478 aa  365  1e-99  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0384073 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2272  inner-membrane translocator  46.41 
 
 		 417 aa  342  7e-93  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.124039 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2378  inner-membrane translocator  46.17 
 
 		 419 aa  325  1e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5291  inner-membrane translocator  47.21 
 
 		 425 aa  324  2e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0362789 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6739  ABC transporter membrane spanning protein (xylose)  48.34 
 
 		 415 aa  322  9.999999999999999e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.29906 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2672  inner-membrane translocator  47.03 
 
 		 427 aa  318  1e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00233752  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5346  inner-membrane translocator  45.8 
 
 		 428 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1124  inner-membrane translocator  47.02 
 
 		 417 aa  290  3e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0301611  normal  0.175401 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1573  inner-membrane translocator  40.17 
 
 		 444 aa  289  8e-77  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.984354  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5947  inner-membrane translocator  42.22 
 
 		 438 aa  288  2e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4338  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 411 aa  251  2e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1188  inner-membrane translocator  54.26 
 
 		 449 aa  238  2e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.559412  normal  0.103059 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5338  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 409 aa  237  4e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2851  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 426 aa  209  1e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.343268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1920  putative ABC transporter transmembrane transport protein  33.4 
 
 		 417 aa  207  2e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.471458  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6695  Monosaccharide-transporting ATPase  34.91 
 
 		 496 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.159746  normal  0.276743 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7376  ABC transporter membrane spanning protein (xylose)  34.39 
 
 		 419 aa  202  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.271597  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2814  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 414 aa  190  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.997066  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3703  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  35.79 
 
 		 415 aa  188  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4591  Monosaccharide-transporting ATPase  32.85 
 
 		 419 aa  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.657474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0261  inner-membrane translocator  33.18 
 
 		 401 aa  187  4e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.183611  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3438  inner-membrane translocator  37 
 
 		 412 aa  186  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0468328  normal  0.179014 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6323  inner-membrane translocator  31.81 
 
 		 419 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1971  monosaccharide-transporting ATPase  33.18 
 
 		 402 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0843  inner-membrane translocator  32.5 
 
 		 407 aa  160  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0905  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  32.14 
 
 		 400 aa  156  6e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0660544 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5185  inner-membrane translocator  42.53 
 
 		 437 aa  156  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.904236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4156  sugar transport system permease  32.28 
 
 		 394 aa  153  5e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0316098 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4099  putative xylose transport system permease protein XylH  32.28 
 
 		 394 aa  153  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0059  monosaccharide-transporting ATPase  32.05 
 
 		 394 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4210  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1861  xylose ABC transporter permease  30.56 
 
 		 405 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0485128  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27970  multiple monosaccharide ABC transporter membrane protein  30.56 
 
 		 393 aa  146  6e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1999  xylose transport system permease protein  29.77 
 
 		 435 aa  145  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.222102  normal  0.247707 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0158  monosaccharide-transporting ATPase  30.17 
 
 		 388 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0406  inner-membrane translocator  32.03 
 
 		 393 aa  144  3e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.335145  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0584  D-xylose ABC transporter, permease  31.22 
 
 		 357 aa  144  4e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2513  inner-membrane translocator  29.58 
 
 		 392 aa  142  9.999999999999999e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0101  monosaccharide-transporting ATPase  31.32 
 
 		 394 aa  142  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1867  monosaccharide-transporting ATPase  30.14 
 
 		 376 aa  141  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.576017 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2996  Monosaccharide-transporting ATPase  31.93 
 
 		 392 aa  140  3.9999999999999997e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3403  inner-membrane translocator  29.95 
 
 		 452 aa  140  7e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.22909 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0877  sugar ABC transporter, permease protein  29.89 
 
 		 383 aa  140  7e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0935  sugar ABC transporter, permease protein  30.25 
 
 		 396 aa  139  7.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.968429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0774  Monosaccharide-transporting ATPase  33.17 
 
 		 403 aa  139  7.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2020  inner-membrane translocator  28.64 
 
 		 397 aa  139  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.232129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0153  inner-membrane translocator  30.75 
 
 		 393 aa  138  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4152  inner-membrane translocator  29.82 
 
 		 393 aa  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4283  inner-membrane translocator  35.73 
 
 		 410 aa  135  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.551304  normal  0.482994 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4434  inner-membrane translocator  29.59 
 
 		 393 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19480  Monosaccharide-transporting ATPase  28.99 
 
 		 383 aa  133  6e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0063  inner-membrane translocator  31.26 
 
 		 394 aa  133  6.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1426  monosaccharide-transporting ATPase  29.1 
 
 		 400 aa  133  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0107  Monosaccharide-transporting ATPase  28.57 
 
 		 373 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3175  inner-membrane translocator  28.94 
 
 		 432 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.235979  normal  0.918158 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03420  D-xylose transporter subunit  30.52 
 
 		 393 aa  130  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03371  hypothetical protein  30.52 
 
 		 393 aa  130  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0142  Monosaccharide-transporting ATPase  30.52 
 
 		 393 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3891  D-xylose ABC transporter, permease protein  30.52 
 
 		 393 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3954  D-xylose ABC transporter, permease protein  30.52 
 
 		 393 aa  129  9.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3771  D-xylose ABC transporter, permease protein  30.52 
 
 		 393 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0146  monosaccharide-transporting ATPase  30.52 
 
 		 393 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4944  D-xylose ABC transporter, permease protein  30.52 
 
 		 393 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0184849 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4064  D-xylose ABC transporter, permease protein  31.55 
 
 		 393 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0753  inner-membrane translocator  32.67 
 
 		 390 aa  127  6e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0682219  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2841  inner-membrane translocator  28.77 
 
 		 432 aa  127  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3072  monosaccharide-transporting ATPase  28.99 
 
 		 396 aa  126  7e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.372878  normal  0.819045 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0081  inner-membrane translocator  31.69 
 
 		 390 aa  126  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.806759  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1179  ABC sugar (xylose) transporter, inner membrane subunit  28.37 
 
 		 432 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0840  inner-membrane translocator  27.78 
 
 		 410 aa  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0229373  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4108  monosaccharide-transporting ATPase  26.79 
 
 		 399 aa  123  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000328051 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2747  inner-membrane translocator  28.92 
 
 		 394 aa  123  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.884064 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0240  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 420 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0784827  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3040  inner-membrane translocator  26.64 
 
 		 381 aa  120  6e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2944  Monosaccharide-transporting ATPase  30.58 
 
 		 408 aa  119  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.293964  normal  0.495103 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1668  monosaccharide-transporting ATPase  29.69 
 
 		 390 aa  119  1.9999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.120598  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  47.06 
 
 		 348 aa  117  3e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1211  ABC transporter membrane spanning protein (xylose)  28.44 
 
 		 437 aa  118  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.462112  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2702  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 407 aa  117  3.9999999999999997e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2618  inner-membrane translocator  28.29 
 
 		 432 aa  117  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40748  normal  0.342974 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0504  Monosaccharide-transporting ATPase  33.55 
 
 		 392 aa  116  7.999999999999999e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.106522 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3047  inner-membrane translocator  41.07 
 
 		 321 aa  116  7.999999999999999e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.853041  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29460  multiple monosaccharide ABC transporter membrane protein  30.63 
 
 		 393 aa  116  8.999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  40.13 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3416  monosaccharide-transporting ATPase  31.51 
 
 		 389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00105488  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6622  inner-membrane translocator  29.04 
 
 		 369 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000790892 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3198  monosaccharide-transporting ATPase  28.8 
 
 		 414 aa  114  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.126152 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1034  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 404 aa  114  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  42.77 
 
 		 346 aa  114  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  39.47 
 
 		 327 aa  113  8.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3346  monosaccharide-transporting ATPase  28.54 
 
 		 345 aa  113  9e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0869656  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0258  Monosaccharide-transporting ATPase  28.86 
 
 		 420 aa  113  9e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.501075  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6815  monosaccharide-transporting ATPase  31.79 
 
 		 384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.395614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  39.47 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  40.13 
 
 		 322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6630  Monosaccharide-transporting ATPase  29.74 
 
 		 399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>