More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3848 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_3848  inner-membrane translocator  100 
 
 
420 aa  803    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4238  monosaccharide-transporting ATPase  92.14 
 
 
420 aa  744    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0284678  normal  0.0915708 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2272  inner-membrane translocator  72.62 
 
 
417 aa  563  1.0000000000000001e-159  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.124039 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6739  ABC transporter membrane spanning protein (xylose)  70.95 
 
 
415 aa  547  1e-154  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.29906 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1124  inner-membrane translocator  68.18 
 
 
417 aa  467  9.999999999999999e-131  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0301611  normal  0.175401 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5291  inner-membrane translocator  55.4 
 
 
425 aa  390  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0362789 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2672  inner-membrane translocator  58.27 
 
 
427 aa  379  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00233752  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5346  inner-membrane translocator  52.13 
 
 
428 aa  372  1e-102  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5947  inner-membrane translocator  54.39 
 
 
438 aa  368  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2378  inner-membrane translocator  50.6 
 
 
419 aa  360  2e-98  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24370  ABC-type xylose transport system, permease component  51.58 
 
 
472 aa  337  1.9999999999999998e-91  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132635  normal  0.131719 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1188  inner-membrane translocator  58.13 
 
 
449 aa  329  5.0000000000000004e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.559412  normal  0.103059 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1505  inner-membrane translocator  52.37 
 
 
496 aa  322  8e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.316264  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4338  inner-membrane translocator  45.9 
 
 
411 aa  308  9e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1130  inner-membrane translocator  48.99 
 
 
478 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0384073 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1573  inner-membrane translocator  45.5 
 
 
444 aa  295  1e-78  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.984354  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5338  inner-membrane translocator  42.67 
 
 
409 aa  274  3e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5185  inner-membrane translocator  44.78 
 
 
437 aa  267  2e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.904236  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1920  putative ABC transporter transmembrane transport protein  41.98 
 
 
417 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.471458  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0261  inner-membrane translocator  41.87 
 
 
401 aa  255  1.0000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.183611  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2851  inner-membrane translocator  42.4 
 
 
426 aa  245  8e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.343268  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6695  Monosaccharide-transporting ATPase  41 
 
 
496 aa  244  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.159746  normal  0.276743 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7376  ABC transporter membrane spanning protein (xylose)  38.14 
 
 
419 aa  231  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.271597  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4210  inner-membrane translocator  44.27 
 
 
415 aa  231  2e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6323  inner-membrane translocator  38.41 
 
 
419 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47689  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4591  Monosaccharide-transporting ATPase  38.17 
 
 
419 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.657474  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1971  monosaccharide-transporting ATPase  35.71 
 
 
402 aa  218  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2814  inner-membrane translocator  39.57 
 
 
414 aa  205  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.997066  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3438  inner-membrane translocator  39.04 
 
 
412 aa  194  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0468328  normal  0.179014 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4156  sugar transport system permease  37 
 
 
394 aa  193  6e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0316098 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4099  putative xylose transport system permease protein XylH  37 
 
 
394 aa  193  6e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3703  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  35.86 
 
 
415 aa  192  7e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2020  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
397 aa  192  7e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.232129  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0059  monosaccharide-transporting ATPase  36.73 
 
 
394 aa  191  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4152  inner-membrane translocator  34.94 
 
 
393 aa  190  4e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4283  inner-membrane translocator  40.81 
 
 
410 aa  189  5.999999999999999e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.551304  normal  0.482994 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0267  sugar ABC transporter, permease protein  39.35 
 
 
412 aa  188  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0347113  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0242  sugar ABC transporter, permease protein  39.6 
 
 
412 aa  189  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4434  inner-membrane translocator  34.94 
 
 
393 aa  188  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27970  multiple monosaccharide ABC transporter membrane protein  36.06 
 
 
393 aa  187  3e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284991  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0101  monosaccharide-transporting ATPase  37.5 
 
 
394 aa  186  6e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0153  inner-membrane translocator  35.2 
 
 
393 aa  186  7e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1861  xylose ABC transporter permease  32.63 
 
 
405 aa  186  8e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0485128  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0063  inner-membrane translocator  34.46 
 
 
394 aa  184  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0774  Monosaccharide-transporting ATPase  37.78 
 
 
403 aa  184  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2996  Monosaccharide-transporting ATPase  35.66 
 
 
392 aa  184  3e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2513  inner-membrane translocator  35.08 
 
 
392 aa  182  7e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0843  inner-membrane translocator  38.32 
 
 
407 aa  182  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03420  D-xylose transporter subunit  37.64 
 
 
393 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0142  Monosaccharide-transporting ATPase  37.82 
 
 
393 aa  181  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3771  D-xylose ABC transporter, permease protein  37.82 
 
 
393 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03371  hypothetical protein  37.64 
 
 
393 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0146  monosaccharide-transporting ATPase  37.82 
 
 
393 aa  181  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4064  D-xylose ABC transporter, permease protein  37.64 
 
 
393 aa  181  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3954  D-xylose ABC transporter, permease protein  37.82 
 
 
393 aa  181  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4944  D-xylose ABC transporter, permease protein  37.82 
 
 
393 aa  181  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0184849 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3891  D-xylose ABC transporter, permease protein  37.82 
 
 
393 aa  181  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0081  inner-membrane translocator  37.36 
 
 
390 aa  178  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.806759  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0905  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.18 
 
 
400 aa  177  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0660544 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4108  monosaccharide-transporting ATPase  31.95 
 
 
399 aa  177  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000328051 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19480  Monosaccharide-transporting ATPase  35.08 
 
 
383 aa  176  5e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0406  inner-membrane translocator  36.14 
 
 
393 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.335145  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0107  Monosaccharide-transporting ATPase  35.03 
 
 
373 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0935  sugar ABC transporter, permease protein  31.48 
 
 
396 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.968429  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0877  sugar ABC transporter, permease protein  32.15 
 
 
383 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3416  monosaccharide-transporting ATPase  36.77 
 
 
389 aa  173  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00105488  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1034  inner-membrane translocator  36.51 
 
 
404 aa  173  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1426  monosaccharide-transporting ATPase  31.04 
 
 
400 aa  173  5.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0240  inner-membrane translocator  36.78 
 
 
420 aa  170  6e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0784827  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1867  monosaccharide-transporting ATPase  32.77 
 
 
376 aa  169  8e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.576017 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3403  inner-membrane translocator  34.85 
 
 
452 aa  167  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.22909 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0584  D-xylose ABC transporter, permease  34.54 
 
 
357 aa  167  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3838  Monosaccharide-transporting ATPase  37.11 
 
 
402 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.557863  normal  0.660821 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4915  Monosaccharide-transporting ATPase  37.11 
 
 
402 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0840  inner-membrane translocator  32.08 
 
 
410 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0229373  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0504  Monosaccharide-transporting ATPase  35.23 
 
 
392 aa  167  4e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.106522 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2944  Monosaccharide-transporting ATPase  35.44 
 
 
408 aa  166  6.9999999999999995e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.293964  normal  0.495103 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0158  monosaccharide-transporting ATPase  33.51 
 
 
388 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3040  inner-membrane translocator  32.71 
 
 
381 aa  162  1e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1057  D-xylose ABC transporter, permease protein  35.71 
 
 
427 aa  160  4e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.483345  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3072  monosaccharide-transporting ATPase  31.59 
 
 
396 aa  157  4e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.372878  normal  0.819045 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29460  multiple monosaccharide ABC transporter membrane protein  34.29 
 
 
393 aa  157  5.0000000000000005e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2747  inner-membrane translocator  32.21 
 
 
394 aa  156  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.884064 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6622  inner-membrane translocator  31.75 
 
 
369 aa  155  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000790892 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3005  D-xylose ABC transporter, permease protein  36.93 
 
 
378 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121536  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1152  D-xylose ABC transporter, permease protein  35.71 
 
 
389 aa  153  5.9999999999999996e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3175  inner-membrane translocator  30.43 
 
 
432 aa  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.235979  normal  0.918158 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1999  xylose transport system permease protein  31.93 
 
 
435 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.222102  normal  0.247707 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2886  inner-membrane translocator  37.78 
 
 
378 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.120464  normal  0.844103 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2139  putative L-arabinose transport system permease protein araH  32.24 
 
 
396 aa  151  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2300  inner-membrane translocator  37.46 
 
 
378 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.891192  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1635  xylose transmembrane ABC transporter protein  36.54 
 
 
398 aa  150  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.5562  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3198  monosaccharide-transporting ATPase  32.81 
 
 
414 aa  150  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.126152 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1179  ABC sugar (xylose) transporter, inner membrane subunit  30.98 
 
 
432 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2841  inner-membrane translocator  30.98 
 
 
432 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2618  inner-membrane translocator  30.73 
 
 
432 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40748  normal  0.342974 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2891  inner-membrane translocator  30.95 
 
 
408 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.122245  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0385  inner-membrane translocator  33.83 
 
 
429 aa  147  3e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6325  monosaccharide-transporting ATPase  35.75 
 
 
399 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.38895 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1587  monosaccharide-transporting ATPase  28.87 
 
 
392 aa  145  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042672  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>